月別アーカイブ： 8月 2021

CONNチュートリアル (20.b対応): SETUP – Covariates (2nd-level)

前処理のQAで今回準備したサンプルデータでは、Subject 16は解析に不適ということがわかりました。なので、これを省きたいと思いますが、その前に準備している Covariates を登録しておきます。（そうでないと Covariates を入れてある subjects.txt を編集し直さないといけないからです。）

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2021-08-15リンクURL 6 コメント

CONNチュートリアル (20.b対応): ワーキングディレクトリの設定

脳画像解析を行う際には、「ワーキングディレクトリ」を意識することがとても大切になります。なぜならば、ワーキングディレクトリの中に画像データが保存されていくからです。CONNも例外ではありません。

そして、忘れられがちですが、Matlabでまずワーキングディレクトリに移動してからCONNやSPMを起動すると、ファイルの選択などが非常に容易になります。

今は、conn_practice.zip を展開してできた conn_practice をワーキングディレクトリとして設定したいと思います。

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2021-08-14リンクURL コメントを残す

CONNチュートリアル (20.b対応): 必要なデータ

CONNのために必要なMRIデータ

CONNを使うために必要なデータは、3次元T1強調画像と安静時脳機能画像です。安静時脳機能画像は、4次元画像の方がとりまわしがしやすいです。3次元fMRIデータを4次元fMRIデータに変換する方法は、こちらの記事にまとめましたので、そちらをご参照ください。

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2021-08-13リンクURL コメントを残す

3次元fMRI データセットを4次元fMRIデータセットに変換する方法: SPMとFSLの比較

fMRIデータは3次元データで取り扱う場合と4次元データで取り扱う場合があります。

3次元データの場合、たとえば1つのセッションが240ボリュームで構成されているとすると、240のniftiファイルで構成されます。

4次元データの場合、1つのniftiファイルに240ボリュームがすべておさめられています。

個人的には、データ管理という点では、4次元データの方が取り扱いやすいと思っています。

そこで3次元データを4次元データに変換する方法をSPMの場合とFSLの場合でまとめたいと思います。

必要な情報としては、TRです。この情報がないといくつかのソフトはうまく動かなくなります。

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2021-08-08リンクURL 1 コメント

Linuxで特定の時間より後に生成されたファイルを列挙する方法

画像解析などをしていると、しばしば、「今の作業で新しくできたファイルは何だろう？」と思うことがあります。

Linuxでは、find コマンドに、-newer というオプションがあります。findのmanページには以下の記載があります。

-newer file
ファイルが file よりも最近に内容を更新されていれば、真を返す。

であるならば、あるファイルを作成して、作業をして、その後に、findをかければ列挙できるはずです。

いろいろ調べた結果、touchコマンドで -t オプションを使うとタイムスタンプを決められるので、それをスクリプトに組み込めるなと思いました。

以下のスクリプトで、新たに生成されたファイルの一覧が generated_from_タイムスタンプ.txt に作成されます。

#!/bin/bash

#generate timestamp
ts=$(date +%Y%m%d%H%M.%S)

#generate a temporary file with current timestamp for find
touch -t $ts /tmp/_timestamp

# BEGIN commands to generate new files
#
# END

# list files which is generated after /tmp/_timestamp
find . -type f -newer /tmp/_timestamp | tee -a generated_from_${ts}.txt
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