CONNのために必要なMRIデータ
CONNを使うために必要なデータは、3次元T1強調画像と安静時脳機能画像です。安静時脳機能画像は、4次元画像の方がとりまわしがしやすいです。3次元fMRIデータを4次元fMRIデータに変換する方法は、こちらの記事にまとめましたので、そちらをご参照ください。
処理のために必要なパラメータ
最低限、2つのパラメータを知っておく必要があります。それは、”TR” と “Slice order” です。TRはCONNの最初で指定します。Slice Orderは、前処理のパラメータで設定します。”ascending”, “descending”, “interleaved (Siemens)” などありますので、自分のfMRIデータのSlice Orderはどれなのかを確認しておくことが必要です。残念ながらSlice Orderは、DICOMヘッダーからは知ることができません。
サンプルデータ
CONNを試したいけれどもデータがないという方のためにデータを準備しました。
COBREデータセットから、30代の健常者と統合失調症患者をそれぞれ10例ずつ集めてあります。
データはこちらからダウンロードしてください。500MB強あります。
conn_practice.zipファイルをダウンロードし、展開すると、そこにconn_practiceフォルダが作成されます。Windowsの方はconn_practiceフォルダの中にconn_practiceフォルダができるかもしれませんので、適宜整理してください。
conn_practiceフォルダの中に subjects.txt と README.txt があります。subjects.txt は、被験者の年齢や診断の情報が入っており、統計のところで使います。README.txt にはTRとSlice Orderを記載しておきました。このデータのTRは 2.0s で、Slice Order は、Siemens interleaved となっています。この情報を後に使っていきます。
ハードディスクの使用量
CONNを使ううえで、念頭に置いていただきたいことは、「ハードディスクをめちゃくちゃ使う」ということです。上記のサンプルデータで基本的な統計結果まで出すと、約42GB使います。20例で42GBですから、1人あたり2.1GB使用していることになります。私はだいたい被験者1人あたり3GBを目安にしています。もし、100人のデータを処理するとなったら300GB使うことは覚悟しておいた方がいいです。
