Lin4Neuro日本語版

24 Sep 2022: Ubuntu 22.04ベースのLin4Neuroを公開しました(現時点ではVirtualBoxの仮想マシンのみの公開です)。

Download

  • 仮想マシンのユーザ名は “brain” でパスワードは “lin4neuro” となります。
バージョン タイプ ファイル ファイルサイズ md5
L4N 22.04 スタンダード l4n-22.04.1-amd64-20220924-ja.ova 18.5GB a421ebda436a20dc24b360d784747f63
L4N 20.04 スタンダード l4n-22.04.5-amd64-20220924-ja.ova 16.6GB 51b4aa958b77db2b6da9de88ac55d869

L4N-xenial-screenshot

新着情報

  • 24 Sep 2022: l4n-22.04.1-amd64-20220924-ja がリリースされました。
  • 10 Aug 2021: l4n-20.04.2-amd64-20210810-ja がリリースされました。
  • 16 May 2020: l4n-18.04.4-amd64-20200516-ja がリリースされました。
  • 18 Jan 2016: l4n-14.04-x64-ja-20160118 と と l4n-14.04-x64-en-2016011816 がリリースされました。
  • 31 Aug 2013: l4n-12.04-x64-ja-20130829 と l4n-12.04-x86-ja-20130829 がリリースされました。
  • Lin4Neuro日本語版はダウンロードページからダウンロードできます。
  • 01 Dec 2012: Xubuntu 12.04ベースのLin4Neuroがリリースされました。ということで、Ubuntu 10.04ベースとXubuntu 12.04ベースの双方が利用できます。
  • 20 Sep 2012: Lin4Neuroの日本語版解説ページを作成しました。
  • 18 Sep 2012: lin4neuro-lucid-amd64-Ja-20120918 と lin4neuro-lucid-i386-Ja-20120918がリリースされました。

Lin4Neuroとは

今までにこんな経験をしたことがありませんか?

  • いいソフトを発見したけれども、Linuxでしか動かないというのであきらめた。
  • Linuxに興味はあるんだけれども、最初に何をすればいいのかわからない。
  • Linuxを自分でいれてみたけれども、ソフトの設定に苦慮している。

様々な方々の助けを得て、画像解析に特化したLinuxを作成しました。

Lin4NeuroはUbuntu をベースに、XFCEを実装しています。Lin4Neuroには様々な画像解析ソフトがプリインストールされています。どんなソフトがインストールされているかは、こちら(英語ですが…)をごらんください。

これらのソフトはいずれも有名で画像解析研究において広く使われています。また、GNU GPL (General Public License), BSD (Berkeley Software Distribution) ライセンスや営利目的でなく研究目的であれば再配布可能とされているライセンスのものをインストールしてあります。

Lin4Neuroがあれば、画像解析ソフトにすぐ利用することができ、画像解析に集中することができます。その点で、Lin4Neuroは画像解析にこれからとりかかろうとする方々には格好の入門OSになると思われます。また、多施設共同研究においても有用です。

ハードウェアの要件

Lin4NeuroはUbuntu 18.04ベースですので、システム要件はUbuntuと同じです。しかし、画像解析にはできるだけ高性能のCPUと大容量メモリをおすすめします。Freesurferのためのシステム要件が参考になるかもしれません。

  • 2GHz以上のプロセッサ
  • 最低8GBのメモリ
  • 3Dグラフィックスカード (グラフィックボードにGPUとビデオメモリを搭載しているものはなお可)とaccelerated OpenGLドライバ
  • 画面解像度1920×1080以上

Lin4Neuroの入手

Lin4Neuroは、本ページの一番最初にあるリンクから入手できます。

現在は、VirtualBoxで動作する仮想アプライアンスを配布しています。ダウンロードにはしばらく時間がかかることをご容赦ください。

Lin4Neuroのセットアップ

  • VirtualBoxのインストール
    Lin4NeuroはVirtualbox上で動作します。VirtualBoxのメニュー→仮想アプライアンスのインポートから、ダウンロードしたovaファイルを指定すれば完了です。
    ログイン名は”brain”, パスワードは “lin4neuro” となります。

Lin4Neuroの使い方

  1. GUIメニュー
  2. GUIメニューをもつ画像解析ソフトはすべてメニューからアクセスできます。Windowsユーザでも直感的にいじることができるようにメニューがカスタマイズされています。「スタート」ボタンは画面の左下にあります。スタートボタンをクリックしていただければ、カスタマイズされたメニューが表示されます。メニューに”脳画像解析”があると思います。画像解析ソフトのショートカットはすべてこの中に入っています。

  3. CUI(コマンドラインインターフェース)
  4. スタートボタンのすぐ右側にあるアイコンを押すと、ウィンドウにある全ての画面を最小化することができます。その右側にあるボタンが「端末」を起動させるボタンです。GUIメニューがないソフトや、直接コマンドをうつことでプログラムを起動したい場合は、端末を使って下さい。

    例をあげましょう。もし、端末からMRIcroGLをたちあげたいとします。その場合、端末をたちあげて以下のようにタイプしてください。

    $ MRIcroGL
    

    これによってMRIcroGLを起動することができます。

  5. インストーラー
  6. AFNI や FreeSurfer など、様々な画像解析ソフトのインストーラーを準備しています。
    デスクトップ上の”installer”からアクセスしていただき、インストールしたいソフトのインストーラーをダブルクリックしていただくとインストールがはじまります。

  7. 自習用チュートリアル
  8. Chris Rorden教授が親切にMRI解析チュートリアルをLin4Neuroに掲載することを許可してくださいました。
    チュートリアルは、ホームディレクトリの下の tutorial に入っています。データもすべてそこに入っています。

ライセンス・文献

Lin4Neuro自体はGPLで配布します。ただし、Lin4Neuroに収載されているソフトは独自のライセンスがありますので、使用するためにはそれぞれ同意していただく必要があります。クリス・ローデン教授のデータに関しては、配布することの了承を得ています。

Lin4Neuroが便利と思われ、データ解析に使用された場合、以下の論文を引用していただけるとありがたいです。

Nemoto K, Dan I, Rorden C, Ohnishi T, Tsuzuki D, Okamoto M, Yamashita F, and Asada T. Lin4Neuro: a customized Linux distribution ready for neuroimaging analysis. BMC Medical Imaging 2011, 11:3

謝辞

  • Lin4NeuroはNeuroDebianリポジトリを使用しています。Lin4Neuroにインストールされている画像解析ソフトのいくつかはこのNeuroDebianを利用しています。NeuroDebianの開発者たちに心より感謝申し上げます。

  • 2019年4月以降は、科研費の支援を受けています。

  • 2015年6月から2019年3月まで、このプロジェクトは、内閣府の革新的研究開発推進プログラム(ImPACT)による支援を受けています。山川義徳プロジェクトマネージャーに御礼申し上げます。

  • Lin4Neuroの開発には、株式会社ディアイティ様にもご協力いただきました。ディアイティ社の協力のおかげで、より洗練されたシステムになりました。

  • また、過去には2009年〜2011年まで、このプロジェクトは厚生労働科学研究費事業から研究費をいただきました。福田正人先生、檀一平太先生はこのプロジェクトに対するご理解をいただき、多くの支援を頂いております。この場を借りて厚く御礼申し上げます。

  • クリス・ローデン教授はサンプルデータやチュートリアルを提供してくださいました。また、有用な提案をいくつもしてくださいました。感謝申し上げます。

  • 續木大介先生および小林正人氏もLin4Neuroを作り上げる上で多くの助けをくださっています。彼らがいなければLin4Neuroは陽の目をみることができませんでした。感謝申し上げます。

フィードバック

Lin4Neuroについてぜひご意見をおきかせ下さい。連絡先は、kiyotaka_at_nemotos.net です。atを@に置き換えて下さい。

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42 thoughts on “Lin4Neuro日本語版

  1. 平素より大変お世話になります。
    VBM解析のためにN3をインストールしたかったのですが、Lin4NeuroにはもともとPreinstallされておりませんでした。どのようにインストールすれば良いかご教示いただけますと幸いです。

    • Lin4Neuroでは、今はN3はプリインストールしていません。
      ただ、以下で簡単にできます。
      Lin4Neuro 20.04 版をお使いと仮定します。

      以下から minc-toolkit をダウンロードしてください。

      https://packages.bic.mni.mcgill.ca/minc-toolkit/Debian/minc-toolkit-1.9.18-20220625-Ubuntu_20.04-x86_64.deb

      これが Downloads に保存されたとすると、以下で、インストールします。

      cd ~/Downloads
      sudo apt install ./minc-toolkit-1.9.18-20220625-Ubuntu_20.04-x86_64.deb
      

      そうすると、/opt/minc/1.9.18 以下にminc-toolkit がインストールされます。

      その後、MINC toolkitをパスに追加します。.bash_aliases に以下を追加してください。

      #MINC
      export PATH=$PATH:/opt/minc/1.9.18/bin

      これでターミナルを立ち上げなおせば、 nu_correct でN3が実行できます。

      ご参考まで。

      • ご連絡ありがとうございます。
        無事インストールすることができました。
        パスの設定の件で追加質問させてください。

        ===
        その後、MINC toolkitをパスに追加します。.bash_aliases に以下を追加してください。
        #MINC
        export PATH=$PATH:/opt/minc/1.9.18/bin
        ===

        ↑を実行するためのコマンドは以下で良いでしょうか?

        $ export PATH=$PATH:/opt/minc/1.9.18/bin

        初歩的な質問で申し訳ありません。
        どうぞよろしくお願いします。

        • export PATH=$PATH:/opt/minc/1.9.18/bin

          一時的にパスを設定するときにはこれで大丈夫です。

          いつも使う場合は、

          gedit ~/.bash_aliases としたうえで、

          #MINC
          export PATH=$PATH:/opt/minc/1.9.18/bin

          この2行を記載して保存してください。

          そうすれば、ターミナルを起動したあとから常にMINCのコマンドが使えるようになります。

          • ありがとうございます。

            nu_correct とコマンドで実行したところ以下のような表示となりました。

            ___

            brain@l4n:~$ nu_correct
            nu_correct, version 1.12.0

            Usage: nu_correct [-help] [options] in.mnc out.mnc

            ___

            こちらでN3は実行できているのでしょうか。
            また現在手元にDicom形式のMRIデータがあり、今後Niiのファイルに変換予定です。これらのNii形式の画像データを具体的にどのようにN3の処理をかけて行ったら良いでしょうか?
            何か良い方法などございましたら教えていただけると幸いです。
            どうぞ宜しくお願いします。

          • – N3の実行はできています。
            – nu_correct の実行方法は、Usageに書いてあるように nu_correct 入力画像.mnc 出力画像.mnc となります。オプションでいろいろ設定したりもします。
            – mnc というのはMINC形式というものになります。NIFTIファイルをMINC形式に変換するソフトにnii2mnc というプログラムがあります。

            以下の流れになります。

            – DICOMをNIFTIに変換します。
            – NIFTIをMINC形式に変換します。
            nii2mnc 入力画像.nii
            – 入力画像.mnc ができますので、それをN3にかけます。
            nu_correct 入力画像.mnc 出力画像.mnc
             ただ、ここでパラメータをいくつか設定する必要があります。
            – 最後、mnc形式をNIFTI形式に戻します。
            mnc2nii 出力画像.mnc

            ただ、N3はもう古い変換方法です。
            今は、N3のあとに出てきたN4を使うことが多いです。
            N3にこだわらなくてはいけない理由があるのでしょうか?

          • ありがとうございます。
            N3は既に古い変換方法になっていたとは存じ上げませんでした。
            現在、前におられたラボの先輩のデータを使用させていただいており、その際にN3補正を行っていたとのことで、自分も同じことをやってみて同じ結果が得られるかどうか確認したいと思った次第です。
            N4補正がスタンダードとなっているのであれば、今後はそちらを使うのが良さそうですね。

          • いつもお世話になります。
            本年もどうぞ宜しくお願い致します。

            以前、先輩が持っていた実行ファイルを用いLin4NeuroにてN3の補正を行うことができました。ありがとうございました。

            現在主流のN4の処理を今後行いたいと思っています。
            VBMにかける前の画像T1WI(またはT2WI)をN4補正するのに、以下でご紹介されているようにMRtrixを用いて処理するのが良いでしょうか?拡散MRIと異なる設定などありますでしょうか?

            https://www.nemotos.net/?p=4767

            どうぞ宜しくお願いいたします。

          • N3が無事に走ったとのこと、よかったです。

            N4はANTsというプログラムに入っているものを使います。MRtrix3もANTsのものを使っています。

            Lin4NeuroはANTsのインストーラーを準備してあります。デスクトップにある installer から”ANTsのインストール”をダブルクリックしていただければインストールされます。
            もし、デスクトップにないようであれば、

            cd ~/git/lin4neuro-focal/installer-scripts
            ./ants_installer.sh
            

            でもインストールできます。

            ターミナルを一度閉じて、その後、再度立ち上げたのち、以下のコマンドをタイプしてください。
            これはANTsの公式ホームページにのっているコマンドです。
            https://github.com/ANTsX/ANTs/wiki/N4BiasFieldCorrection

            N4BiasFieldCorrection -d 3 -v 1 -s 4 -b [ 180 ] -c [ 50x50x50x50, 0.0 ] \
              -i T1w.nii.gz -o [ corrected_T1w.nii.gz, T1w_BiasField.nii.gz ]
            

            T1w.nii.gz だけ、ご自身のファイル名にあわせて修正していただけたらと思います。
            出力は corrected_T1w.nii.gz になるので、これも適宜修正してもらってもいいかもしれません。

            デフォルトでかなりいい感じに修正されます。

          • 年始のお忙しい中、ご連絡くださりありがとうございます。
            ANTsをインストールし、教えて頂きましたコマンドから無事N4を走らすことができました!
            いつもご指導いただき誠にありがとうございます。
            今後ともどうぞ宜しくおねがいします。

          • よかったです。ANTsは強力なツールですがコマンドラインだけなので、なかなかとっつきづらいところがあります。
            N4だけでもまずは動かせると幅は広がると思います。

  2. 根本先生

    いつもK-Labで勉強をさせて頂いております。L4Nを開こうとしたところ、以下のようなErrorメッセージが出て開くことができません。VirtualBoxをアンインストール・再インストールしても同様のErrorメッセージが出てくる状況です。

    The virtual machine ‘L4N-1804-abis’ has terminated unexpectedly during startup with exit code 1 (0x1). More details may be available in ‘C:\Users\uchid\VirtualBox VMs\L4N-1804-abis\Logs\VBoxHardening.log’.

    何か思い当たる解決方法がございましたらご教示を頂ければ幸いです。
    どうかよろしくお願い申し上げます。

    打田佑人

    • ホストのOSを教えていただけますか?Windowsですか、macOSですか?
      あと、最近、アンチウイルスソフトを変更したりしていらっしゃいませんか?
      まず頭に浮かぶのはこれですね。exit code 1 (0x1) というのは、ちょっとgeneralすぎるエラーコードで、問題特定がすぐにできそうになくどうしたものかと考えています。

      • OSはWindowsです。アンチウィルスソフトは変更していないのですが、もともと契約していたマカフィーの契約が切れた(更新未)ということが関係あるでしょうか。実は、このErrorメッセージの前に、もう少しspecificなErrorメッセージ画面が立ち上がるのですが、スクリーンショットを撮ったものの、こちらのコメント欄に貼り付けることができませんでした。この画面をお送りした方が解決策に繋がるかもしれませんので、できればお送りしたいのですが、どのようにお送りすればよろしいでしょうか。

        • 私のメールにお送りいただければ。kiyotakaあっとnemotos.netです。

  3. 相澤病院放射線診断科 金子と申します。
    ABISでは大変お世話になりました。お陰様で臨床研究を開始することができました。

    MacBook(M1,OS11.6)にlinn4neuro最新版をインストールさせていただきたいと思ったのですが、ovaファイルがenとjaの二つあり、どちらをダウンロードしたらいいかわかりません。何が違うのでしょうか?素人質問で恐縮ですが、ご教示いただければ幸いです。

    • 金子先生

      ご連絡ありがとうございます。
      enとjaは、EnglishとJapaneseの違いで、jaが日本語化をしてあります。

      しかし…

      まだ、VirtualBoxがApple M1には対応していないんですね。
      なので、VirtualBoxが入らないかと…。

      • 根本先生

        早速のご返信ありがとうございます。
        よく分かりました。単純なことに気付かなくてお恥ずかしいです。
        研究用のPC(非M1)に入っているlin4neuroをいじるのがちょっと怖くて、とりあえず私用のPC(M1)に入れてみようかと思ったのですが、VirtualBoxはM1に対応していないんですね。既にインストールしたのですが、(見かけは)動いています。実際使ってみて不具合があれば、またご報告いたします。

        • 金子先生

          はい、Virtualboxは入るのですが仮想マシンが動かないのです…

          • 根本先生

            そうなんですね。重ね重ねありがとうございます。M1にはまだまだ市民権がないんですね・・・
            気を取り直して非M1の方に入れようと思います。

          • 金子先生

            M1はCPUがこれまでのものと全然違うんですね。
            なので、それをエミュレートすることがなかなか大変なようです。

            といっても、現在、M1上で動作するLinuxが開発されているので、
            もう少ししたら、いろいろ状況が変わってくるのではないかと思います。

            非M1のmacOSに入っているVirtualBoxには、(ハードディスクに余裕があることを確認したうえで)複数の仮想マシンを入れることができます。
            私のワークステーションでは、10以上の仮想マシンが入っていて、適宜動いています。

            なので、目的にあった使い分けもありですね。

          • 根本先生

            ご返信ありがとうございます。M1もそのうち使えるようになるのを待とうと思います。

            VirtualBox上には複数の仮想マシンを入れることができるということですね。重ねての質問で大変申し訳ないのですが、今のlin4neuroをそのままにして新しいバージョンも入れることができるということでしょうか。それともデータだけ残して、まるっと入れ替えた方がいいのでしょうか。まだ数例なので、入れ替えるなら早い方がいいかと考えております。初歩的な質問で申し訳ありませんが、よろしくお願いいたします。

          • はい、おっしゃるとおりです。
            データは、共有フォルダを使えば、どのバージョンからでも同じところにアクセスできますよね。

          • 根本先生

            ありがとうございます!分かりました。そうさせていただきます。

  4. ピングバック: 脳画像解析のための環境構築

  5. 根本先生

    いつも大変お世話になっております。
    最近work stationを購入し、Lin4Neuroの最新版(14n-16.04-x64-ja-20170627.iso)をOSとしてインストールしようとしたのですが、以前こちらでコメントを残されている瀬尾先生と同様に最後に「インストーラーがクラッシュしました」と表示されてしまいます(usbメモリとDVDでやってみたのですがだめでした)。もし対処方法がありましたらご教授していただけますと幸いです。
    ご多忙のところ誠に恐縮ですが、よろしくお願い申し上げます。

    • 吉田先生

      ご連絡ありがとうございます。
      この件、新しいバージョンを準備していますので、あと数日で公開しますね。
      どうぞよろしくお願いします。

      根本清貴

      • 根本先生

        ご多忙のところ早急に返信いただき、誠にありがとうございます。
        よろしくお願い申し上げます。

        吉田

        • 吉田先生

          準備したので試してみていただけますでしょうか。

          1. ダウンロード
          2. http://www.lin4neuro.net/lin4neuro/16.04xenial/ja/l4n-16.04-x64-ja-20180206.iso

            上記のリンクから l4n-16.04-x64-ja-20180206.iso をダウンロードしてください。

            今回、コンパクト版にしていますので、ファイルサイズは1.6GB程度です。

          3. USBメモリの作成・起動
          4. USBメモリを作成し、そこから起動してください。

          5. インストール
          6. インストーラーを改善したはずですので、インストールできるはずです。ここでクラッシュが起きないことを願います。
            ちなみに、これまでの報告でデュアルブートではうまくいかないことが認識されています。

          7. インストール後再起動
          8. 再起動します。

          9. FSLのインストール
          10. FSLが5.0.10になってから、ファイルサイズがばかでかくなりました。そのため、別にインストールします。

            ターミナルを起動してください。

            その後、以下をタイプします。

            python fslinstaller.py
            

            あとはデフォルトの指示のまま従っていただければインストールできます。
            ダウンロードに1時間ぐらいかかる可能性がありますので、辛抱強く待ってください。

          11. AFNIのインストール
          12. 今回、ISOを小さくしたかったので、AFNIに関しても小さくしてあります。

            同じくターミナルから行きます。

            cd ~/git/lin4neuro-xenial/installer
            ./afni_installer_ubuntu1604_1.sh
            

            これでAFNIのベースがインストールされます。

            再起動します。

            cd ~/git/lin4neuro-xenial/installer
            ./afni_installer_ubuntu1604_2.sh
            

            これで追加のインストールも行われます。

            以上、よろしくお願いします。

            根本清貴

          • 根本先生

            ありがとうございます。
            早速やってみたのですが、やはり前回と同じところで「インストーラーがクラッシュしました」となってしまいました。。。

            吉田

          • 吉田先生

            ご報告、どうもありがとうございます。
            ちなみに、USBメモリはどのように作成されていらっしゃいますか?
            ご教示いただけたらと思います。

            今、2パターンあります。

            • BIOSの場合
            • UEFIの場合

            BIOSの場合、クラッシュせずにインストールできていることを報告受けています。
            UEFIの場合、マザーボードの設定の変更が必要かもしれません。

          • 根本先生

            昨日はUSBとDVDにISOイメージを入れて行いましたが、本日はUSBメモリがなかったためDVDを用いました。

            USBメモリはISOデータをダウンロードし、UNetbootinを用いてデータを保存しました。DVDは昨日も本日もISOデータをそのままDVDに入れた状態でインストールを行いました。

            USBメモリに保存する場合、他にやり方はありますでしょうか?

            吉田

          • 吉田先生

            どうもありがとうございます。

            UNetbootinはプログラムそのものにバグがあるのでおすすめできないです。
            ちょっとまとめてみますので少しお時間をいただけたらと思います。
            どうぞよろしくお願いします。

            根本清貴

  6. いつもお世話になっております。埼玉医大病院神経内科の瀬尾です。
    今回、Lin4Neuro日本語版を使わせていただこうと思いまして、インストールしたのですが、エラーが出てしまいましてインストールが完了しないため、ご質問させていただきました。
    自分が使用中のPCはMAC OS 10.12.5でvirtualboxでのLin4Neuro日本語版の起動となっています。

    エラー内容なのですが、先生がHPにて解説していただいているように進めていき、Lin4Neuro-amd64-Ja-20120507 – のインストールのファイルを実行しインストールが始まるまではうまく行くのですが、インストールが完了する寸前で『インストーラーがクラッシュしました。』と表示され、そこで終わってしまいます。isoイメージを再ダウンロードするなどで対処を試みたのですが、結果は同じでした。

    お忙しいところ恐縮ですが、宜しくお願い致します。

    • 瀬尾先生

      ご報告ありがとうございます。
      すみません、これはバグでして、先週、バグの原因を突き止めることができました。
      来週頭にはバグを修正したバージョンをリリースできると思います。
      もう少しだけお待ちいただけますか。
      どうぞよろしくお願いします。

      • 根本先生

        早速のお返事ありがとうございます。
        修正バージョンが出るのを楽しみにしております。
        いつも、ご教授してくださりましてありがとうございます。

        • 瀬尾先生

          Lin4Neuroの修正バージョンができました。

          現在アップ中ですので、あと2時間ぐらいで利用可能かと思います。
          よろしくお願いします。

          • 根本先生

            ご連絡してくださり、ありがとうございます。
            さっそく、使わせていただきます。
            宜しくお願い致します。

  7. 平素よりL4Nをとても便利に使わせて頂いています。
    東京大学医学部 放射線部 鈴木 雄一と申します。
    連絡先にうまくメールできませんでしたので、こちらに書かせていただきました。
    今度、機会がありましてFSLの歪み補正の話(講演)をさせていただくのですが、先生のHPおよびL4Nの紹介をさせていただいても差し支えないでしょうか?
    何卒よろしくお願いいたします。

    • 鈴木さん

      ご連絡どうもありがとうございます。
      紹介していただけたら、たいへんありがたいです。
      どうぞよろしくお願いします。

      根本清貴

      • 早々のご返信とご快諾ありがとうございます。
        今後ともよろしくお願いいたします。

  8. ピングバック: Lin4Neuro日本語版ページの開設

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