著者別アーカイブ： kiyotaka

macOSでのSPM12のコンパイル方法

ある方から、Apple M1のmacでSPMを起動しようとするとspm_check_installation(‘basic’)でエラーが出て起動しないという相談を受けました。

コンパイルしたら問題は解決しました。コンパイル方法を共有します。

ただし、その後、SPMのMLでこのディスカッションに乗ってみたところ、コンパイルは不要だよということも教えていただきました。なので、コンパイルに挑戦してみたい人向けと思ってください。（普通は不要です）

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2021-09-12リンクURL コメントを残す

格安パルスオキシメーターは使えるのか？

久しぶりに脳画像以外のネタを。

COVID-19が猛威をふるう中、動脈血酸素飽和度 (SpO2) を測定できるパルスオキシメーターの需要が増えています。
万が一自宅療養になる時などにそなえてパルスオキシメーターが家にあるといいなと思いましたが、
一般的に購入できる1万円未満のパルスオキシメーターのレビューを見ると、みなさん、様々なことを書いていて、判断に困るなぁと思いました。

そこで、実際どうなのかと思い、自ら人柱になって、自腹で購入して実験してみました。

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2021-08-27リンクURL コメントを残す

CONNチュートリアル (20.b対応): SETUP – Covariates (2nd-level)

前処理のQAで今回準備したサンプルデータでは、Subject 16は解析に不適ということがわかりました。なので、これを省きたいと思いますが、その前に準備している Covariates を登録しておきます。（そうでないと Covariates を入れてある subjects.txt を編集し直さないといけないからです。）

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2021-08-15リンクURL コメントを残す

CONNチュートリアル (20.b対応): ワーキングディレクトリの設定

脳画像解析を行う際には、「ワーキングディレクトリ」を意識することがとても大切になります。なぜならば、ワーキングディレクトリの中に画像データが保存されていくからです。CONNも例外ではありません。

そして、忘れられがちですが、Matlabでまずワーキングディレクトリに移動してからCONNやSPMを起動すると、ファイルの選択などが非常に容易になります。

今は、conn_practice.zip を展開してできた conn_practice をワーキングディレクトリとして設定したいと思います。

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2021-08-14リンクURL コメントを残す

CONNチュートリアル (20.b対応): 必要なデータ

CONNのために必要なMRIデータ

CONNを使うために必要なデータは、3次元T1強調画像と安静時脳機能画像です。安静時脳機能画像は、4次元画像の方がとりまわしがしやすいです。3次元fMRIデータを4次元fMRIデータに変換する方法は、こちらの記事にまとめましたので、そちらをご参照ください。

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2021-08-13リンクURL コメントを残す

3次元fMRI データセットを4次元fMRIデータセットに変換する方法: SPMとFSLの比較

fMRIデータは3次元データで取り扱う場合と4次元データで取り扱う場合があります。

3次元データの場合、たとえば1つのセッションが240ボリュームで構成されているとすると、240のniftiファイルで構成されます。

4次元データの場合、1つのniftiファイルに240ボリュームがすべておさめられています。

個人的には、データ管理という点では、4次元データの方が取り扱いやすいと思っています。

そこで3次元データを4次元データに変換する方法をSPMの場合とFSLの場合でまとめたいと思います。

必要な情報としては、TRです。この情報がないといくつかのソフトはうまく動かなくなります。

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2021-08-08リンクURL 1 コメント

Linuxで特定の時間より後に生成されたファイルを列挙する方法

画像解析などをしていると、しばしば、「今の作業で新しくできたファイルは何だろう？」と思うことがあります。

Linuxでは、find コマンドに、-newer というオプションがあります。findのmanページには以下の記載があります。

-newer file
ファイルが file よりも最近に内容を更新されていれば、真を返す。

であるならば、あるファイルを作成して、作業をして、その後に、findをかければ列挙できるはずです。

いろいろ調べた結果、touchコマンドで -t オプションを使うとタイムスタンプを決められるので、それをスクリプトに組み込めるなと思いました。

以下のスクリプトで、新たに生成されたファイルの一覧が generated_from_タイムスタンプ.txt に作成されます。

#!/bin/bash

#generate timestamp
ts=$(date +%Y%m%d%H%M.%S)

#generate a temporary file with current timestamp for find
touch -t $ts /tmp/_timestamp

# BEGIN commands to generate new files
#
# END

# list files which is generated after /tmp/_timestamp
find . -type f -newer /tmp/_timestamp | tee -a generated_from_${ts}.txt
2021-08-08リンクURL コメントを残す

それって多重比較？

ある方から、「脳画像解析の他に心理検査と認知機能検査をやっているんだけれども、それらの検定を行う際は多重比較補正はしなくていいのでしょうか？」という質問をいただきました。

私がいつもいろいろ教わっている統計の専門家の佐賀大学の川口淳先生にお聞きしたところ、とてもわかりやすい説明をいただきました。川口先生の許可を得ましたので公開させていただきます。

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2021-05-06リンクURL 7 コメント