カテゴリ別アーカイブ： FSL

Workaround for FSL 6.0.4 python dependencies

imglob or imcp provided with FSL requires numpy.testing.decorators. However, numpy.testing.decorators has been deprecated from numpy 1.18. So, if you use numpy >=1.18, you see the following error:

ModuleNotFoundError: No module named 'numpy.testing.decorators'

Paul Mccarthy kindly suggested a workaround for this problem.

The below is his original message.
https://www.jiscmail.ac.uk/cgi-bin/wa-jisc.exe?A2=FSL;a26a0779.2010

1. Move $FSLDIR/fslpython/envs/fslpython/bin/python3.7 to $FSLDIR/fslpython/envs/fslpython/bin/python3.7_bin
2. Replace $FSLDIR/fslpython/envs/fslpython/bin/python3.7 with a script containing this:

#!/usr/bin/env bash
thisdir=$(cd $(dirname $0) && pwd)
$thisdir/python3.7_bin -I "$@"

3. Change the permissions of the new $FSLDIR/fslpython/envs/fslpython/bin/python3.7 to make it executable

With this suggestion, I wrote a tiny script.

#!/bin/bash

cd $FSLDIR/fslpython/envs/fslpython/bin/
sudo mv python3.7 python3.7_bin

cat << 'EOF' | sudo tee python3.7 > /dev/null
#!/usr/bin/env bash
thisdir=$(cd $(dirname $0) && pwd)
$thisdir/python3.7_bin -I "$@"
EOF

sudo chmod 755 python3.7

This script will make FSL use internal python within FSL.

2020-10-21リンクURL コメントを残す

macOS 10.15 (Catalina) でFSLのインストールがうまくいかない時の解決方法

FSLのMLに最近、macOS 10.15の方々がインストールがうまくいかないという相談がたくさんなされています。

エラーメッセージは以下のような感じです。

Stage 1
By installing this python distribution you agree to the license terms in
/usr/local/fsl/fslpython/LICENSE.txt
100%
/usr/local/fsl/etc/fslconf/fslpython_install.sh: line 188: /usr/local/fsl/fslpython/bin/conda: No such file or directory
/usr/local/fsl/etc/fslconf/fslpython_install.sh: line 189: /usr/local/fsl/fslpython/bin/conda: No such file or directory
/usr/local/fsl/etc/fslconf/fslpython_install.sh: line 190: /usr/local/fsl/fslpython/bin/conda: No such file or directory
/usr/local/fsl/etc/fslconf/fslpython_install.sh: line 191: /usr/local/fsl/fslpython/bin/conda: No such file or directory

これに対する解決法がFSLの中の人から示されています。

https://www.jiscmail.ac.uk/cgi-bin/webadmin?A2=FSL;bd0fa8bf.2004

具体的には以下になります。

  1. テキストエディタで fslpython_install.sh を開きます。管理者権限が必要です。
    2. sudo open -e /usr/local/fsl/etc/fslconf/fslpython_install.sh
  2. コードの修正

    3. 149行目が以下のようになっているはずです。

    dl_cmd_opts=”–fail”

    これを以下のように修正します。( -L を追加するだけです )

    dl_cmd_opts=”–fail -L”

  3. コマンドの実行

    4. 以下のコマンドを実行します。

    sudo rm -r /usr/local/fsl/fslpython
sudo /usr/local/fsl/etc/fslconf/fslpython_install.sh  -f  /usr/local/fsl

私はCatalinaをまだ使っていませんが、たぶんはまる人がたくさんいると思いますので、掲載しておきます。

2020-05-26リンクURL 10 コメント

FSLをCPUによる並列処理で高速化する（Chris Rorden版fsl_subの使用）

FSL(FMRIB Software Library)には、fsl_subというプログラムがあります。これは並列処理をするためのプログラムですが、基本、クラスターコンピューティングを想定しており、CPUによる並列処理に対応していません。
Chris Rorden先生が、CPUでの並列処理に対応したfsl_subを公開されています。CPUでの高速化の手順を研究室の黒下君がまとめてくれましたので、公開します。

続きを読む →

2019-09-09リンクURL コメントを残す

FSLやSPMを用いて画像の左右を反転する方法

DICOM→NIFTIに変換する際に、MRI画像の左右を反転する方法はありますか？というご質問をいただきました。

DICOM→NIFTIの際に変換する方法は私が知る限りあまりないと思いますが、NIFTI画像に対する方法はあります。

この方法を紹介します。

FSLに、”MNI152_T1_2mm_LR-masked” というファイルがあります。

画像の反転の確認にはわかりやすいファイルなので、今回はこれを使用します。

Mangoで見ると、画像に埋め込まれている”R”が実際にR側にあることに気をつけてください。

続きを読む →

2019-06-20リンクURL コメントを残す

FSL で imglob: command not found と出た時の対処方法

FSLをきちんとインストールしたつもりなのに、imglob, imcp, immv のいずれかを実行したり、eddy などのコマンドを実行すると、

imglob: command not found

というエラーが出ることがあります。

これは、FSLのインストールがうまくいっていないサインです。

FSLのサイトにも記載があります。

しかし、もうひと工夫必要なので記載します。

続きを読む →

2019-01-04リンクURL 3 コメント

FSLの異なるバージョンのインストール

2018年10月26日、FSL 6.0.0がリリースされました。
メジャーバージョンアップなのでこれからいろいろ調べないといけませんが、
FSLのインストーラー、fslinstaller.pyをそのまま実行するとFSL 6.0.0がインストールされます。
しかし、従来のFSL 5.0.11をインストールしたい人もいます。
fslinstaller.pyのオプションで、指定できることがわかりました。
なお、fslinstaller.pyはPython2のスクリプトです。最近は、pythonとタイプするとpython3が起動する人も多いので、
python2.7 fslinstaller.py としてあげるといいでしょう。(Linuxはpython2でいいのですが、MacOSはpython2.7と明示しないとうまく動きません)

続きを読む →

2018-10-27リンクURL 1 コメント

CUDAのバージョンの切り替え方

使いたいGPU計算ソフトがCUDAの特定のバージョンでしか動かないことがあると思います。
CUDAのバージョンの切り替え方を書いておきます。
切り替え先のバージョンがインストールしてある必要があります。

現在のCUDAのバージョンを確認します。

nvcc -V

/usr/local/cuda へのリンクを切り替え先のバージョンのインストール場所に変更します。
例：CUDA5.0に切り替える場合

sudo unlink /usr/local/cuda
sudo ln -s /usr/local/cuda-5.0 /usr/local/cuda

切り替え後のバージョンを確認します。

nvcc -V

なおrebootは不要です。

2018-06-21リンクURL コメントを残す

FSLのインストーラー、fslinstaller.py はすぐに捨てない！

今、MacもLinux (RedHat系, Debian系) もFSLのインストールはfslinstaller.pyを使うようになりました。
これは、インストールだけかと思いきや、アップデートにも使えます。

https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/FslInstallation/MacOsX

https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/FslInstallation/Linux

にfslinstaller.pyのオプションが説明されています。

そのまま引用します。

  • -d specify folder to install FSL into (without ‘fsl’), e.g. /usr/local
  • -e only configure your account for running FSL
  • -E configure FSL for all users (Linux)
  • -v print installer version number and exit
  • -c check for updated versions of FSL
  • -l list versions of FSL available for download
  • -V install specified version number e.g. 5.0.10
  • -s download the source code for the current, or specified version of FSL
  • -f download the FEEDS data set for the current, or specified version of FSL
  • -q silence all messages
  • -p skip environment setup
  • -D switch on debug messages – use this option to generate logging that can be included when requesting installation support

-c がアップデートを確認となっています。

試してみます。

python fslinstaller.py -c

--- FSL Installer - Version 3.0.11 ---
[Warning] Some operations of the installer require administative rights,
    for example installing into the default folder of /usr/local.
    If your account is an 'Administrator' (you have 'sudo' rights)
    then you will be prompted for your administrator password
    when necessary.
When asked a question, the default answer is given in square brackets.
Hit the Enter key to accept this default answer.
Where is the FSL folder (e.g. /usr/local/fsl)? [/usr/local/fsl]:

ここでそのままEnterを押します。

Looking for new version.
[OK] Version 5.0.11 available.
Would you like to install update? [yes]:

5.0.11があるのでアップデートする？と聞かれますので、そのままEnterキーを押すか、もしくは yes とタイプすると5.0.11のアップデートがはじまります。

fslinstaller.py自体は自分自身でプログラムをアップデートする機能を持っています。したがって、インストールした後も捨てないということが大事です。

なお、-f がFSL FEEDSのダウンロードとなっていますが、これは -F の間違いです。今度、FSLのMLに投稿しようと思います。

また、このプログラムはpython 2.x系のみで動作しますので、そのことも覚えておいた方がいいでしょう。

2018-04-10リンクURL コメントを残す

FSLのGLMで対応のあるt検定のdesign matrixを作成・修正する方法

私がもっているデータのひとつに縦断DTIデータがあり、東京都健康長寿医療センターの下地先生が包括脳/ABiSチュートリアルで教えてくださっているTBSSを用いて解析を行っています。（下地先生は非常にわかりやすい講義をしてくださることで人気の先生です。）

GLMでDesign matrixを作成する時にひとつ困ったことに遭遇しました。

FSLのGLM Wizardでは、対応のあるt検定のDesign matrixを簡単に作成することができます。

続きを読む →

2017-01-25リンクURL 2 コメント

How to run FSL on Windows 10 using Bash on Ubuntu on Windows

FSL_on_Windows

Since Aug 2016, Bash is available inside Windows.
That means, several neuroimaging software such as FSL or AFNI can be run from Windows.

I gave a try and confirmed FSL can run on Windows 10.

Below is what I did.

  1. Install Bash on Ubuntu on Windows

    2. First of all, we need to install bash on Windows.

    There is a good tutorial on this topic, so please follow the link below.

    How to Install and Use the Linux Bash Shell on Windows 10

  2. Install Xming

    3. Next, we neet to get Xming and install it. It seems the latest version is not free, but FSL can run with free version.

    You can get free version of Xming from here.

    Installation is simple. Default setting should work.

    After reboot, run xming. Though nothing seems to happen, please check the task bar of Windows on the right bottom corner.

    xming

    If you move cursor on the icon of Xming, it shows something like “Xming Server:0.0”. We use the information “0.0” later.

  3. Install FSL

    4. Next we run bash. type

    bash

    in the command prompt. (You already did this when you install bash on the first step)

    Ubuntu on Windows is based on Ubuntu 14.04 LTS, so we utilize Neurodebian repository for installation.

    Type the following in the command prompt.

    sudo apt-get update
sudo apt-get dist-upgrade
wget -O- http://neuro.debian.net/lists/trusty.us-nh.full | sudo tee /etc/apt/sources.list.d/neurodebian.sources.list
sudo apt-key adv --recv-keys --keyserver hkp://pgp.mit.edu:80 0xA5D32F012649A5A9
sudo apt-get update
sudo apt-get install fsl

    (There are some mirrors of Neurodebian, so please check http://neuro.debian.net/ to find the closest mirror for you.)

    Here we do

    • Update repository
    • Update the system to the latest
    • Setup neurodebian repository
    • Get key for neurodebian repository
    • update repository again to enable neurodebian
    • Install FSL
  4. Add some lines to .bashrc

    5. Finally, type the following.

    echo ". /etc/fsl/fsl.sh" >> ~/.bashrc
echo "export DISPLAY=localhost:0.0" >> ~/.bashrc

    This operation writes the following lines to .bashrc

    . /etc/fsl/fsl.sh
export DISPLAY=localhost:0.0

    First line is necessary to run FSL, and the second line is to show the system where display is for GUI.

  5. Check the installation

    6. To enable change on .bashrc you need to exit bash once.

    exit

    Then type “bash” again.

    bash

    Then type

    fsl

    will bring up FSL menu.

    fslview

    will bring up FSLView.

2016-08-24リンクURL 1 コメント

Windows 10でFSLをネイティブ環境で起動する方法

FSL_on_Windows

2016年8月1日、Windows 10がAnniversary updateされました。
そこで、かねてから話題になっていたことですが、ついにUbuntuがWindowsに搭載されました。
ここ数年Ubuntuユーザーである私からしたら、別にどうってことないんですが、
これはWindowsで画像解析をやってきた方々には、すごく意味のある変化です。

Windows上でFSLが動かせる可能性が出てきた

ということですので。

早速、人柱的にやってみました。

普通に起動するところまでは成功しました！

  1. Windows 10 Anniversary Updateの入手(2016年9月9日現在、これはもうしなくて大丈夫です)

    2. まずはこれをしないことには話がはじまりません。（と書いていますが、2016年9月にはAnniversary Updateは普通に配布されているので、最新版に更新していただければ、終了です）

    Windows 10の「設定」→「更新とセキュリティ」に進んだ後、一番下にある「詳細情報」をクリックします。

    そうすると、Windows10の更新履歴のページが立ち上がるはずです。（直接左のリンクをクリックするのもありです）

    そこに「Anniversary Updateを入手する」とありますので、素直にクリックします。

    そうするとアップデートがはじまります。素直に従えば30分程度ですべて起動するはずです。

  2. Windows Subsystem for Linux(beta)の有効化

    3. 再起動後、スタートボタンを右クリックし、コントロールパネルを開きます。

    「プログラム」→「Windowsの機能の有効化または無効化」をクリックします。

    そうすると、ダイアログが開きますので、Windows Subsystem for Linux(beta)のチェックボックスにチェックを入れて「OK」とします。
    再起動を求められますので、再起動します。

  3. 開発者モードの有効化

    4. 次に、また「設定」→「更新とセキュリティ」に行きます。
    左側のメニューに「開発者向け」というものがあります。
    そこをクリックし、出てきた画面で、「開発者モード」を選択します。

    また再起動を要求されますので、再起動します。

  4. Xmingの入手

    5. 次に、Xmingを入手します。最新版はお金を寄付しないと入手できないようなので、無料版を手に入れます。
    こちらから入手できます。

    インストールはシンプルです。すべてデフォルトのままでOKです。

    早速起動します。といっても何もおきません。
    ただ、Windowsの右端のタスクバーを見ると、そこにちゃっかりといます。

    xming

    Xmingの上にマウスをもってくると、今の場合、Xming Server:0.0となっています。この0.0をあとで使います。

  5. bashの起動

    6. ここまで来たら、bashを起動します。

    まず、Windowsからコマンドプロンプトを起動します。簡単な方法は、メニュー左下の「何でもきいてください」というところに cmd とタイプすることです。
    そうすると、コマンドプロンプトが起動します。

    そこで

    bash

    とタイプしてください。
    そうすると、質問されますので “y” と答えると、bashのインストールがはじまります。
    そのうちに、ユーザー名とパスワードを設定するようにたずねられますので、それぞれ設定してください。

    ここでインストールされるものはUbuntu 14.04となります。

  6. FSLのインストール

    7. 次に、FSLをインストールします。

    下記をそのままコピペしてください。

    sudo apt-get update
sudo apt-get dist-upgrade
wget -O- http://neuro.debian.net/lists/trusty.jp.full | sudo tee /etc/apt/sources.list.d/neurodebian.sources.list
sudo apt-key adv --recv-keys --keyserver hkp://pgp.mit.edu:80 0xA5D32F012649A5A9
sudo apt-get update
sudo apt-get install fsl

    何をしているかというと、

    ・リポジトリを更新します
    ・Ubuntuを最新の状態にアップデートします
    ・Neurodebianリポジトリを有効にします
    ・Neurodebianリポジトリのための鍵を入手します
    ・上記の作業を有効にするためにリポジトリを更新します
    ・FSLをインストールします

  7. .bashrcへの追記

    8. 最後に以下をタイプしてください。

    echo ". /etc/fsl/fsl.sh" >> ~/.bashrc
echo "export DISPLAY=localhost:0.0" >> ~/.bashrc

    これは

    . /etc/fsl/fsl.sh
    export DISPLAY=localhost:0.0

    という2行を.bashrcというファイルに書き込みます。

    最初の行は、FSLの起動のために必要なコマンドで、
    2行目は、GUIを起動するためにbashにXmingがどこにあるかを伝えています。
    0.0は先ほどXmingで確認した数値です。もし、自分の環境で異なっていたら適宜修正してください。

  8. 起動確認

    9. 一度bashを終了します。

    exit

    とタイプしてください。
    そうすると普通にコマンドラインに戻るので、改めて

    bash

    とタイプしてください。

    そのうえで

    fsl

    とタイプすると、FSLが起動しないでしょうか。

    fslview

    でFSLViewも起動します。

    お試しあれ。
    今後、いろいろ動きが起こりそうです。
    ここ最近何回かやってきたシェルスクリプトの講習会などもより意味を持つようになってきますね。

2016-08-09リンクURL 43 コメント

FSLを用いたシェルスクリプト演習：３次元脳MRIの水平断一覧画像の作成

あるプロジェクトにおいて、「MRI画像の一覧画像を作成してもらいたい」という依頼を受けました。

イメージとしては、下記のようなものです。

LB_example

以前、FSLのシェルスクリプトチュートリアルを翻訳していた際に、演習に
Lightbox Viewerがあったのを思い出して、改めて、それを見ながら、さらに機能を追加したスクリプトを考えてみました。

作成しながら勉強になることがいくつもあったので、細かくわけてみたいと思います。

続きを読む →

2016-06-18リンクURL 4 コメント

覚えておくと便利なFSLViewのオプション3つ

FSLViewを使うと、2つの画像を簡単に重ねあわせて表示できるわけですが、その際に様々なオプションを組み合わせることで画像をわかりやすく見せることができます。

主に3つ覚えておけば、結構いけるなと思いましたので、その3つを紹介します。

その3つとは、

  • -l (Lookup table)
  • -b (Brightness)
  • -t (Transparency)

です。

続きを読む →

2016-01-24リンクURL 14 コメント

AFNIの3dresampleを使った画像のボクセルサイズの変更

これまで、MRI画像のボクセルサイズを変更する時に、簡単な方法がないなと思っていました。

コマンドひとつで簡単にできないかなといろいろ検索したところ、AFNIの3dresampleというプログラムに行き着きました。

書式は簡単です。
たとえば、ボクセルサイズを2mm x 2mm x 2mm にしたいとしたら、

$ 3dresample -dxyz 2 2 2 -prefix 出力画像 -inset 入力画像

となります。

入力画像、出力画像、ともにNIFTI画像(.nii, .nii.gz)が使えます。

FSLViewやITK-SNAPでは、2つの画像を重ねあわせる時、ボクセルサイズが一致していることが必須ですので、これを知っていることで、作業が簡単になるかもしれません。

続きを読む →

2016-01-24リンクURL 5 コメント

fslmathsでproportional scalingをするワンライナー

Proportional scalingは割り算するだけなので大変ではありません。
スクリプトを書くまでもなく、ワンライナーでいけないかと思いました。
次のような感じでばっちりいけました。

必要なものはファイル名となんらかのglobalが記載されているテキストファイルです。ここでは、id_volume.txtとします。

$ cat id_volume.txt

filename1 1.34
filename2 1.43
filename3 1.36
...
filename4 1.47

それでは、本題です。

$ cat id_volume.txt | while read line; \
do id=`echo $line | awk '{ print $1 }'`; \
icv=`echo $line | awk '{ print $2 }'`; \
echo "ID=${id} and ICV=${icv}"; \
fslmaths ${id} -div ${icv} p${id}; done

これで、ファイル名の前にpがついたファイルができます。

2015-11-15リンクURL コメントを残す

Mac OSX YosemiteにアップグレードしたらFSLが動かなくなった場合の対処法

私自身も遭遇しましたし、他の方からも問い合わせがありましたので、簡単に記載しておきます。

MacをYosemiteにアップグレードした際に、FSLが動作しなくなることがあります。
その際には、バタバタする前に、まず、XQuartzを再インストールしてみてください。
それだけで問題が解決することがあります。

本家にも情報がありました。

Note for Yosemite (10.10) users: even if you have previously installed X11, you will need to reinstall it from the XQuartz web page to get FSL to work.

これで、問題解決といって大丈夫そうです。

2014-12-08リンクURL コメントを残す

Scripts to convert hdr/img format into nii format

Nifti file havs two kinds of extensions, hdr/img or nii.
Sometimes hdr/file nifti files can be confusing because the extension is the same as ANALYZE format.
There are some ways to convert hdr/img into nifti.
One is to use fslchfiletype included in FSL. This is the easiest, but it requires FSL.
The other is to use SPM. However, some scripting is needed.
So I wrote tiny scripts for converting hdr/img format into nii format.

If you prefer SPM, use img2nii_spm.m. Save the script into a folder under MATLAB path and type “img2nii_spm” from MATLAB command window.

%%img2nii.m--------------------------------------------
%Script to convert hdr/img files to nii.
%This script uses SPM function, so you need to install SPM5 or later.
%Kiyotaka Nemoto 05-Nov-2014

%select files
f = spm_select(Inf,'img$','Select img files to be converted');

%convert img files to nii
for i=1:size(f,1)
	input = deblank(f(i,:));
	[pathstr,fname,ext] = fileparts(input);
    output = strcat(fname,'.nii');
    V=spm_vol(input);
    ima=spm_read_vols(V);
    V.fname=output;
    spm_write_vol(V,ima);
end

If you prefer FSL, use img2nii_fsl.sh. Save the script into a folder, add executable attribute using “chmod 755 img2nii_fsl.sh”.
Wild card can be used for selecting files.

#!/bin/sh

#Image file type converter using fslchfiletype
#This script converts various image files into NIFTI format (.nii) files.
#K. Nemoto 19 Jan 2013

if [ $# -lt 1 ] ; then
	echo "Please specify the files you want to convert!"
	echo "Usage: $0 filename"
	exit 1
fi

for file in "$@" ; do
	if [ -f $file ] ; then
		fslchfiletype NIFTI $file
	else
		echo "$file: No such file"
	fi
done

Download img2nii_spm.m (Right-click and save).
Download img2nii_fsl.sh (Right-click and save).

2014-11-09リンクURL コメントを残す

FSLユーザーのためのシェルスクリプトチュートリアル

FSLを開発しているFMRIBグループは、FSL courseのスライドおよびデータセットを公開してくださっています。ここで勉強しているときに、さりげなくシェルスクリプトのチュートリアルもあることが気になっていました。

先日、時間をとってこのチュートリアルを丁寧に見ていったところ、非常に勉強になることが多く、シェルスクリプトの理解が深まりました。FSLユーザーのみならず、脳画像解析でUNIX系のOS(Macも含む)を使う方々にとって有益な情報が多いと思いましたので、日本語にしておきたいと思い、FMRIBのSteve Smith教授の承諾を得て、このチュートリアルを翻訳させていただきました。

オリジナルのサイト自体は、スライド形式になっており、レクチャーと演習部分にわかれています。しかし、翻訳していく段階でこれを完全に模倣するよりは、レクチャーと演習をそれぞれ別の媒体として準備するのも勉強するのには都合がいいかもと考え、それぞれ別のPDFを準備しました。

関心のある方は、以下のリンクからPDFをご覧いただけたらと思います。

FSL course: シェルスクリプト
FSL course: シェルスクリプト演習

2014-02-19リンクURL 9 コメント

FSLViewで画像が正しい向きで表示されない時

FSLViewで画像を表示すると、思ったような向きで表示されないときがあります。
下に例を示します。

fslview01

ここでは、上にある水平断、冠状断が角度が変になってしまっています。

しかし、よくみると、FSLViewは画像の前後をきちんと認識しています。
画像のまわりにあるアルファベットはそれぞれ

A: anterior
P: posterior
L: left
R: right
I: inferior
S: superior

を意味しますが、正しくなっています。

それでは、「正しく」表示するにはどうしたらよいでしょうか。

fslにはfslreorient2stdというコマンドがあります。

元画像のファイル名をv001、向きを変えた画像をv001_stdとします。
次のように端末でタイプします。

$ fslreorient2std v001 v001_std

この結果作成されるv001_std.nii.gzをFSLで表示すると下のようになります。

fslview02

すっきりする表示の仕方ですね。

FSLViewでは、MRIのスキャナで撮影した通りに画像を表示するとのことです。
その向きが左下に表示されます。

例で使った画像は矢状断の画像ですので、左下が矢状断となったわけです。

詳しい説明はFSL−Wikiにあります。下記のリンクが参考になります。


http://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/Orientation Explained

2014-01-29リンクURL 1 コメント