カテゴリ別アーカイブ： neuroimaging

macOSでのSPM12のコンパイル方法

ある方から、Apple M1のmacでSPMを起動しようとするとspm_check_installation(‘basic’)でエラーが出て起動しないという相談を受けました。

コンパイルしたら問題は解決しました。コンパイル方法を共有します。

ただし、その後、SPMのMLでこのディスカッションに乗ってみたところ、コンパイルは不要だよということも教えていただきました。なので、コンパイルに挑戦してみたい人向けと思ってください。（普通は不要です）

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2021-09-12リンクURL コメントを残す

MRIcroGLのインストールと使い方

目次


1. 目的
2. MRIcroGLとは
3. インストール方法
4. PATHの設定
5. 基本的な使い方
5.1. DICOM/NIfTI画像の読み込み
5.2. 画像の操作
5.3. 基本的なツールウィンドウの使い方
5.4. 表示したい断面の選択
5.5. 複数の断面を一度に表示
5.6. ボリュームレンダリング（脳表の表示）
5.7. 標準脳の開き方
5.8. アトラスの重ね合わせ（Overlay）
5.9. 用意した画像を重ね合わせ（Overlay）
5.10. 開いている（重ね合わせている）画像を消去
5.11. 画像の向きの変更
5.12. 画像のリサイズ
5.13. 画像の切り取り
5.14. 画像の鮮鋭化・平滑化
5.15. 頭蓋除去（Skull-stripping）
5.16. 表示されている断面をBMP形式で保存
5.17. Pythonスクリプトを用いた処理
5.18. 画像の保存
6. DICOM形式をNIfTI形式に変換
6.1. マウスを使って操作する場合（GUI）
6.2. 端末（ターミナル）を使って操作する場合（CUI）
7. 関心領域（ROI/VOI）の設定と計測
7.1. 関心領域の定義
7.2. しきい値処理（Intensity Filter）を用いた関心領域の定義
7.3. 関心領域内の値の計測
7.4. 関心領域を用いた画像の切り取り
7.5. 関心領域の拡大・縮小
7.6. 関心領域の保存
7.7. 関心領域を閉じる
7.8. 関心領域の読み込み


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2021-08-19リンクURL 1 コメント

脳画像解析のための環境構築

目次


1. 目的
2. はじめに
3. Lin4Neuroに必要なPCのスペック
4. Lin4Neuroを動かすためのソフト（VirtualBox）をインストール
5. Lin4Neuro（ovaファイル）をダウンロード
6. VirtualBoxに、Lin4Neuro（ovaファイル）をインポート
7. Lin4Neuroの設定
7.1. CPUとメモリ（RAM）の設定
7.2. 共有フォルダの設定
8. Lin4NeuroをVirtualBoxから起動
9. ソフトのインストール
9.1. 3D Slicerのインストール
9.2. ITK-SNAPのインストール
9.3. FSLのインストール
9.4. MRtrix3のインストール
9.5. FreeSurferのインストール
9.6. ANTsのインストール
9.7. SPMのインストール
9.8. CONNのインストール
9.9. 機械学習の環境構築
10. トラブルシューティング
10.1. 起動時に、「仮想マシン”L4N-1804-abis”のセッションを開けませんでした。」という警告


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2021-08-17リンクURL 4 コメント

CONNチュートリアル (20.b対応): SETUP – Covariates (2nd-level)

前処理のQAで今回準備したサンプルデータでは、Subject 16は解析に不適ということがわかりました。なので、これを省きたいと思いますが、その前に準備している Covariates を登録しておきます。（そうでないと Covariates を入れてある subjects.txt を編集し直さないといけないからです。）

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2021-08-15リンクURL コメントを残す