ANTsR の Ubuntu 18.04へのインストール方法

ANTsのRへの移植版であるANTsRのインストール方法を聞かれましたので、Ubuntu 18.04へのインストール方法を以下にまとめます。現在、Ubuntu 18.04では、Rのバージョンはデフォルトで3.6になっていますので、Rは3.6がインストールされていると仮定します。

ソースはANTsRの本家サイトです。
 

cmakeのインストール

コンパイルのためにcmakeが必要です。

sudo apt install cmake

ユーザー権限でパッケージを入れられるための設定

以下の設定をしておくことで、Rのパッケージをユーザー権限でホームディレクトリの下のRにインストールできるのでとても便利です。AFNIもこの方法を使っています。

mkdir ~/R
echo 'export R_LIBS=$HOME/R' >> ~/.bash_aliases
source ~/.bashrc

devtoolsのインストール

Rを起動した後に以下を実行します。

install.packages("devtools")

ANTsRに推奨されているRパッケージのインストール

Rで以下を実行します。

mydeps <- c( "Rcpp", "RcppEigen", "magrittr", "rsvd", "magic", "psych" )
install.packages( pkgs = mydeps, dependencies = TRUE )

ANTsRのインストール

ターミナルからRを起動し、以下を実行します。(RStudioなどではうまくいかない可能性があるとのことで、ターミナルからいきます)

library(devtools)
install_github("stnava/ANTsR")

これで、ITKR, ANTsRCore, ANTsRがインストールされます。時間が相当かかりますが、辛抱強く待てばコンパイルされます。
~/Rの下にANTsR, ANTsRCore, ITKR ディレクトリができます。

以上です。

コメントを残す

このサイトはスパムを低減するために Akismet を使っています。コメントデータの処理方法の詳細はこちらをご覧ください