ANTsのRへの移植版であるANTsRのインストール方法を聞かれましたので、Ubuntu 18.04へのインストール方法を以下にまとめます。現在、Ubuntu 18.04では、Rのバージョンはデフォルトで3.6になっていますので、Rは3.6がインストールされていると仮定します。
ソースはANTsRの本家サイトです。
cmakeのインストール
コンパイルのためにcmakeが必要です。
sudo apt install cmake
ユーザー権限でパッケージを入れられるための設定
以下の設定をしておくことで、Rのパッケージをユーザー権限でホームディレクトリの下のRにインストールできるのでとても便利です。AFNIもこの方法を使っています。
mkdir ~/R echo 'export R_LIBS=$HOME/R' >> ~/.bash_aliases source ~/.bashrc
devtoolsのインストール
Rを起動した後に以下を実行します。
install.packages("devtools")
ANTsRに推奨されているRパッケージのインストール
Rで以下を実行します。
mydeps <- c( "Rcpp", "RcppEigen", "magrittr", "rsvd", "magic", "psych" ) install.packages( pkgs = mydeps, dependencies = TRUE )
ANTsRのインストール
ターミナルからRを起動し、以下を実行します。（RStudioなどではうまくいかない可能性があるとのことで、ターミナルからいきます）
library(devtools)
install_github("stnava/ANTsR")
これで、ITKR, ANTsRCore, ANTsRがインストールされます。時間が相当かかりますが、辛抱強く待てばコンパイルされます。
~/Rの下にANTsR, ANTsRCore, ITKR ディレクトリができます。
以上です。
