Lin4Neuroは現在、Ubuntu 22.04版がメインとなっています。
FreeSurferがまだUbuntu 24.04に対応していないためです。
しばらく前からLin4Neuroを使っている方は、Ubuntu 20.04版をお使いの可能性があります。
これをUbuntu 22.04版に更新する方法を説明します。
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Lin4Neuroアンケート結果
Lin4Neuroのアンケートについてご協力いただきありがとうございました。アンケート結果を公開します。コメントは随時ここに追加していきます。
- 研究目的に限らず、ご自分が普段使用していて一番慣れているPC・OSを教えて下さい
- 実機・VirtualBox問わず、現在、研究にLin4Neuroを使用していますか？
- Linuxの初心者向けセミナーが開催されたら、参加したいですか？
- Lin4Neuroをどの機器で使用したいですか？（複数選択可）
- 今後Lin4Neuroを使用するにあたり、気になることや、心配なことはありますか？（複数選択可）
- その他、Lin4Neuroの使用にあたり、気になる点やご要望などありましたらご自由にお書きください。
- Lin4Neuroと研究仮説が整えば研究ができそうなので、頑張るしかないです。
- メモリ、GPUの種類などある程度選択肢があると嬉しいです
- Linuxを使い始めばかりで質問するのにハードルが高く感じるときがあります。
- GPUの計算能力に興味があるものの、脳画像解析では使用できていません。ハードウェアの選択とソフトウェアのセットアップのハードルの高さであると思いますが、その辺りが解消されるとありがたいです。
- また仮想環境の手軽さも捨てがたく、複数の環境を使い分けている状況です。
- 仮想環境というものがよく理解できないので、通常環境で使用できるとありがたいです。
- FreeSurferのAIを用いていくのにメモリが大量に必要とするとハードウェアがかなり限られてくるように思います 複数のハードウェアを用意するのは簡単ではなくなってくるかもしれませんね
- 導入に大体どれくらいお金がかかるものなのでしょうか？初歩的な質問で失礼致します。
- いつも利用しています、とても助かっています。日本のMRI技術の発展を支える重要なお仕事です。
- VirtualBoxで使う際に、複数画面表示に対応していただけたら嬉しいです。
- 現在のデスクトップ型のwindows11（intel core i7-13700 コア16、24スレッド,2.10GHz-5.20GHz,32G,）で仮想環境でlin4neuroを扱うとき、作業（今はTBSSを考えていますが）にどれくらい時間がかかるのか、それがlinux実機だと多少緩和されるのか
- 昔ノートパソコンに入れていたので、性能的な問題で今は使っていません。ただ初心者が最初にLinuxに慣れるという意味では大変ありがたく、非常に感謝しております。一方で研究施設内ですでにクラスタの環境が整っているというところもあり、その場合の使い分けが気になります。
- Appleシリコンに対応していただけるとありがたいです
Lin4Neuroのイメージファイル(isoファイル)を用いてVirtualBoxにインストールする方法
Lin4Neuro (L4N)は、isoイメージファイルおよびVirtualBoxの仮想アプライアンスを配布しています。
ここでは、isoイメージファイルを用いてVirtualBoxにL4Nをインストールする方法を解説します。
この方法は若干だけ手間がかかりますが、以下のメリットがあります。
- ハードディスクの容量を自分で設定できる
- ログイン名などを自分の好みにあわせられる
これが一番大きいメリットかと思われます。
ご自身で設定できます。
具体的な方法を以下に示します。Acknowledgmentとして、我々の研究室の山田典子さんが以下を準備してくださいました。
VirtualBoxのインストールまでは済んでいるものとして話をすすめます。なお、この方法では、VirtualBox Extension Packは不要です。
New Lin4Neuro based on Xubuntu 12.04
I am pleased to announce the new release of Lin4Neuro based on Xubuntu 12.04LTS.
Only 64-bit version is released this time, but I’m working on 32-bit version so hopefully I will be able to release the 32-bit version in the near future.
I chose Xubuntu 12.04 as a base of Lin4Neuro simply because I don’t like Unity. If you look at the screenshot of new Lin4Neuro, you can tell that I made UI as simple as I could.
At the same time, I keep working on Lin4Neuro based on Ubuntu 10.04LTS, because FSLView doesn’t work on Ubuntu 12.04… I know some of users like to use FSLView, so I keep working on it.
Other than FSLView, there are some differences between versions.
- New Lin4Neuro (L4N12.04) includes DSI studio in response to a request by Renaud Nicolas.
- L4N12.04 doesn’t includ N3 tools. I haven’t been able to install the software yet.
So Now you have three options. From now on I will name the each version as following (I do not change the file name of old versions);
- Lin4Neuro-64bit-based-on-Xubuntu-12.04: l4n-12.04-x64-xxxxxxxx.iso
- Lin4Neuro-64bit-based-on-Ubuntu-10.04: l4n-10.04-x64-xxxxxxxx.iso
- Lin4Neuro-32bit-based-on-Ubuntu-10.04: l4n-10.04-x86-xxxxxxxx.iso
You can download each version from http://www.nemotos.net/lin4neuro/
Hope Lin4Neuro will help you enjoy playing with your images.
Lin4NeuroをUSBメモリから起動する方法
普段Windowsを使っているけれども、Linuxを使ってみたい。そんな人はある程度いると思います。特に、画像解析をする人は特にそうかもしれません。
そんなとき、3つのオプションがあります。
- WindowsにVMware playerやVirtualboxなどの仮想化ソフトをインストールし、その中にLinuxをインストールする。
- USBメモリにインストール
- Macに乗り換える
これはなかなか便利です。私も普段、これで仕事をしています。Lin4Neuroの開発はVMware上で行なっています。何度も試行錯誤がきくからです。具体的な方法はこちらに記載しましたので、そちらを御覧ください。
これが今から示す方法です。これが便利なのは、自分のPCでなく、手元に転がっているPCで同じ環境を再現できるということです。もしくは、チュートリアルなどで人に何かを伝えたい場合に、自分で環境を準備しておいて、USBメモリを準備することで他の人が全く同一の環境を再現することができます。
Mac OSXはBSDベースで、Bシェルが普通に走ります。これは結構便利で、最近、Macに乗り換えようかどうか真剣に考えています。でも、一つのことに傾倒しすぎるのはどうかなとも思っているので、MacBookProを持ってはいますが、まだメインマシンとはなっていません…。
LinuxをUSBメモリにインストールする方法は知っておくと何かと役に立つことがあります。Windowsのファイルが壊れてしまい、Windowsが立ち上がらなくなった時、LinuxブートのUSBメモリを持っておけば、それから起動してPCから多くのファイルを救出することができます。なので、Lin4Neuroに限ったことではないのですが、便利なのでその起動方法をPDFドキュメントにまとめてみました。下のリンクからどうぞ。
VMware player上でのLin4Neuroの使い方
画像解析に特化したカスタマイズOSのLin4Neuro。一定の需要があるようで、便利という声をいただいております。
画像解析のためだけにWindowsからLinuxに乗り換えることを躊躇している人も多いと思います。正直、私も画像解析のメインマシンはLinuxですが、日頃の雑多な仕事はまだWindows上で行なっています。Linuxは基本いいのですが、つまずいたときにすぐにトラブルシューティングできるだけの能力がまだないからです。
64bitでメモリもたくさんのっかる世の中、仮想環境がずいぶん充実してきました。Lin4Neuroも仮想環境でけっこういい感じで動きます。めちゃくちゃメモリを使う仕事でなければ、ノートPCに8GBのメモリを載せ、そのうち4GBを仮想に割り当ててそこでLin4Neuroを走らせれば、けっこういい感じで解析ができます。
ということで、VMware player（無償で入手できます）上でのLin4Neuroの動かし方をPDFドキュメントにしてみました。必要な方はダウンロードしてください。