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SPM12で、ひとつバグがあることがわかっています。
モデル作成の時に、maskにexplicit maskを指定すると、estimateができずに失敗するというものです。

以下のようなエラーが出ます。

Running ‘Model estimation’

SPM12: spm_spm (v6842) 11:34:04 – 25/11/2016
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SPM12: spm_est_non_sphericity (v6827) 11:34:05 – 25/11/2016
========================================================================
Failed ‘Model estimation’
存在しないフィールド ‘xVol’ を参照しています。
In file “/Users/psymacpro3/Documents/MATLAB/spm12/spm_est_non_sphericity.m” (v6827), function “spm_est_non_sphericity” at line 105.
In file “/Users/psymacpro3/Documents/MATLAB/spm12/spm_spm.m” (v6842), function “spm_spm” at line 431.
In file “/Users/psymacpro3/Documents/MATLAB/spm12/config/spm_run_fmri_est.m” (v5809), function “spm_run_fmri_est” at line 33.

The following modules did not run:
Failed: Model estimation

これは、バグであることが知られており、解決方法として、spm_est_non_sphericity.mを差し替えることが推奨されています。

下記リンクのものをダウンロードし、SPM12のフォルダに上書きしてください。
これで問題なくなります。

バグフィクスされたspm_est_non_sphericity.mをダウンロード(右クリック→名前をつけて保存で保存してください)
リソースはこちら：
https://www.jiscmail.ac.uk/cgi-bin/webadmin?A2=spm;2c0ae193.1611

SPM12のアップデートが公開されました。
今回のアップデートでMatlab R2016a日本語版でSPM12が起動しないバグが解消されています。

SPM12をすでにインストールされている方は、Matlabからの簡単なコマンドでアップデートできます。spm_update(1)とタイプするだけです。

spm_update(1)
         A new version of SPM12 is available on:
   http://www.fil.ion.ucl.ac.uk/spm/download/spm12_updates/
        (Your version: 6685 - New version: 6906)
          Download and install in progress...
         Success: 2152 files have been updated.

SPM12から、Display機能にあったReset Originがなくなりましたが、
先ほど、SPMのMLで、コマンドが紹介されていたので、紹介します。

spm_image('resetorient');

spm_imageで、SPMのDisplay機能を呼び出すことができるのですね。
そして、引数に’resetorient’を指定することでオリジン情報をクリアできます。

これは、とんでもない位置合わせをやってしまった時に、元に戻す便利な機能なので、共有しておきます。

SPM12では、灰白質(GM)、白質(WM)、脳脊髄液(CSF)容積もプラグインなしで算出できるようになりました。

まず、segmentationを行います。そうすると、seg8.matというファイルができます。これには、MRIをGM, WM, CSFにどのように分割したかという情報が入っています。
SPM12ではこれを用いて、これらの容積を求めることができます。

SPMのBatch editorを起動し、メニューから、SPM -> Util -> Tissue Volumesと選択します。

そうすると、下図のような内容が出てきます。

Segmentation mat-files: ここにseg8.matを指定します。
Maximum tissue class, Mask image: これはともにデフォルトのままでOKです。
Output file: 適当な名前をつけましょう。私はTissue_volumesという名前をいつもつけています。

これで実行すると、Matlab上に

Running 'Tissue Volumes'

Segmentation files:
	/home/kiyotaka/img_data/ID001_seg8.mat
	/home/kiyotaka/img_data/ID002_seg8.mat
	/home/kiyotaka/img_data/ID003_seg8.mat

Volumes (litres):
    0.8050    0.5908    0.3279
    0.8012    0.5897    0.3340
    0.7893    0.5739    0.3914

Done    'Tissue Volumes'
Done

といった内容が出力され、ワーキングディレクトリにTissue_volumes.csvというファイルも作られています。

一目瞭然ですが、左から順にGM, WM, CSFがリットルで表示されています。
これをすべて足せばICVになるわけですね。便利ですね。

この内容は、以前、東大の小池先生から教えていただいた内容です。
まとめるのが遅くなりましたが、まとめてみました。

すぐできるVBMでは、Anatomy Toolboxを使って結果の解剖学的位置の同定を行いました。執筆時点では知らなかったのですが、SPM12から、プラグインを導入しなくても、解剖学的位置を簡単に知ることができるようになりました。

まずは、SPMで結果を出します。

その時、SPMの左下のウィンドウに、下図に示すように、Atlasというメニューが新しく出るようになりました。これを選んで、Label using -> Neuromorphometricsと選択します。

そうすると、右のSPMの座標が表示されている表の、座標のところを右クリックすると、その座標がどのくらいの確率でどの場所かということが表示されます。
今の場合、座標 [0 26 40] は、21.4%の確率で、左上前頭回内側面、18.0%の確率で右上前頭回内側面、16.2%の確率で左補足運動野ということがわかります。（x軸の座標が0なので、左右どちらもあります。例があまりよくなかったですね…）

さらに、これは、結果の表だけでなく、Sectionなどで画像を表示したときも利用することができます。

Overlays -> Sections で、画像を表示した後に、画像の上で右クリックをするとメニューが出てきます。

そこで、Display -> Labels -> Neuromorphometricsと選択していきます。

そうすると、画面にその座標が表示されるようになります。

ちなみに、同じDisplayの中にあるcoordinateを選ぶと座標が表示されますし、Fileを選択すると、背景に使った画像のファイル名が表示されます。

SPMの結果の上での右クリックはバージョンがあがるにつれ、様々な機能が追加されていますので、時間があるときに試してみると発見があります。

ということで、小池先生、遅ればせながらありがとうございました。