タグ別アーカイブ： FSL

macOS 10.15 (Catalina) でFSLのインストールがうまくいかない時の解決方法

FSLのMLに最近、macOS 10.15の方々がインストールがうまくいかないという相談をたくさんしています。

エラーメッセージは以下のような感じです。

Stage 1
By installing this python distribution you agree to the license terms in
/usr/local/fsl/fslpython/LICENSE.txt
100%
/usr/local/fsl/etc/fslconf/fslpython_install.sh: line 188: /usr/local/fsl/fslpython/bin/conda: No such file or directory
/usr/local/fsl/etc/fslconf/fslpython_install.sh: line 189: /usr/local/fsl/fslpython/bin/conda: No such file or directory
/usr/local/fsl/etc/fslconf/fslpython_install.sh: line 190: /usr/local/fsl/fslpython/bin/conda: No such file or directory
/usr/local/fsl/etc/fslconf/fslpython_install.sh: line 191: /usr/local/fsl/fslpython/bin/conda: No such file or directory

これに対する解決法がFSLの中の人から示されています。

https://www.jiscmail.ac.uk/cgi-bin/webadmin?A2=FSL;bd0fa8bf.2004

具体的には以下になります。

  1. テキストエディタで fslpython_install.sh を開きます。管理者権限が必要です。
    2. sudo open -e /usr/local/fsl/etc/fslconf/fslpython_install.sh
  2. コードの修正

    3. 149行目が以下のようになっているはずです。

    dl_cmd_opts=”–fail”

    これを以下のように修正します。( -L を追加するだけです )

    dl_cmd_opts=”–fail -L”

  3. コマンドの実行

    4. 以下のコマンドを実行します。

    sudo rm -r /usr/local/fsl/fslpython
sudo /usr/local/fsl/etc/fslconf/fslpython_install.sh  -f  /usr/local/fsl

私はCatalinaをまだ使っていませんが、たぶんはまる人がたくさんいると思いますので、掲載しておきます。

2020-05-26リンクURL コメントを残す

FSLをCPUによる並列処理で高速化する（Chris Rorden版fsl_subの使用）

FSL(FMRIB Software Library)には、fsl_subというプログラムがあります。これは並列処理をするためのプログラムですが、基本、クラスターコンピューティングを想定しており、CPUによる並列処理に対応していません。
Chris Rorden先生が、CPUでの並列処理に対応したfsl_subを公開されています。CPUでの高速化の手順を研究室の黒下君がまとめてくれましたので、公開します。

続きを読む →

2019-09-09リンクURL コメントを残す

CUDAのバージョンの切り替え方

使いたいGPU計算ソフトがCUDAの特定のバージョンでしか動かないことがあると思います。
CUDAのバージョンの切り替え方を書いておきます。
切り替え先のバージョンがインストールしてある必要があります。

現在のCUDAのバージョンを確認します。

nvcc -V

/usr/local/cuda へのリンクを切り替え先のバージョンのインストール場所に変更します。
例：CUDA5.0に切り替える場合

sudo unlink /usr/local/cuda
sudo ln -s /usr/local/cuda-5.0 /usr/local/cuda

切り替え後のバージョンを確認します。

nvcc -V

なおrebootは不要です。

2018-06-21リンクURL コメントを残す

Windows 10でFSLをネイティブ環境で起動する方法

FSL_on_Windows

2016年8月1日、Windows 10がAnniversary updateされました。
そこで、かねてから話題になっていたことですが、ついにUbuntuがWindowsに搭載されました。
ここ数年Ubuntuユーザーである私からしたら、別にどうってことないんですが、
これはWindowsで画像解析をやってきた方々には、すごく意味のある変化です。

Windows上でFSLが動かせる可能性が出てきた

ということですので。

早速、人柱的にやってみました。

普通に起動するところまでは成功しました！

  1. Windows 10 Anniversary Updateの入手(2016年9月9日現在、これはもうしなくて大丈夫です)

    2. まずはこれをしないことには話がはじまりません。（と書いていますが、2016年9月にはAnniversary Updateは普通に配布されているので、最新版に更新していただければ、終了です）

    Windows 10の「設定」→「更新とセキュリティ」に進んだ後、一番下にある「詳細情報」をクリックします。

    そうすると、Windows10の更新履歴のページが立ち上がるはずです。（直接左のリンクをクリックするのもありです）

    そこに「Anniversary Updateを入手する」とありますので、素直にクリックします。

    そうするとアップデートがはじまります。素直に従えば30分程度ですべて起動するはずです。

  2. Windows Subsystem for Linux(beta)の有効化

    3. 再起動後、スタートボタンを右クリックし、コントロールパネルを開きます。

    「プログラム」→「Windowsの機能の有効化または無効化」をクリックします。

    そうすると、ダイアログが開きますので、Windows Subsystem for Linux(beta)のチェックボックスにチェックを入れて「OK」とします。
    再起動を求められますので、再起動します。

  3. 開発者モードの有効化

    4. 次に、また「設定」→「更新とセキュリティ」に行きます。
    左側のメニューに「開発者向け」というものがあります。
    そこをクリックし、出てきた画面で、「開発者モード」を選択します。

    また再起動を要求されますので、再起動します。

  4. Xmingの入手

    5. 次に、Xmingを入手します。最新版はお金を寄付しないと入手できないようなので、無料版を手に入れます。
    こちらから入手できます。

    インストールはシンプルです。すべてデフォルトのままでOKです。

    早速起動します。といっても何もおきません。
    ただ、Windowsの右端のタスクバーを見ると、そこにちゃっかりといます。

    xming

    Xmingの上にマウスをもってくると、今の場合、Xming Server:0.0となっています。この0.0をあとで使います。

  5. bashの起動

    6. ここまで来たら、bashを起動します。

    まず、Windowsからコマンドプロンプトを起動します。簡単な方法は、メニュー左下の「何でもきいてください」というところに cmd とタイプすることです。
    そうすると、コマンドプロンプトが起動します。

    そこで

    bash

    とタイプしてください。
    そうすると、質問されますので “y” と答えると、bashのインストールがはじまります。
    そのうちに、ユーザー名とパスワードを設定するようにたずねられますので、それぞれ設定してください。

    ここでインストールされるものはUbuntu 14.04となります。

  6. FSLのインストール

    7. 次に、FSLをインストールします。

    下記をそのままコピペしてください。

    sudo apt-get update
sudo apt-get dist-upgrade
wget -O- http://neuro.debian.net/lists/trusty.jp.full | sudo tee /etc/apt/sources.list.d/neurodebian.sources.list
sudo apt-key adv --recv-keys --keyserver hkp://pgp.mit.edu:80 0xA5D32F012649A5A9
sudo apt-get update
sudo apt-get install fsl

    何をしているかというと、

    ・リポジトリを更新します
    ・Ubuntuを最新の状態にアップデートします
    ・Neurodebianリポジトリを有効にします
    ・Neurodebianリポジトリのための鍵を入手します
    ・上記の作業を有効にするためにリポジトリを更新します
    ・FSLをインストールします

  7. .bashrcへの追記

    8. 最後に以下をタイプしてください。

    echo ". /etc/fsl/fsl.sh" >> ~/.bashrc
echo "export DISPLAY=localhost:0.0" >> ~/.bashrc

    これは

    . /etc/fsl/fsl.sh
    export DISPLAY=localhost:0.0

    という2行を.bashrcというファイルに書き込みます。

    最初の行は、FSLの起動のために必要なコマンドで、
    2行目は、GUIを起動するためにbashにXmingがどこにあるかを伝えています。
    0.0は先ほどXmingで確認した数値です。もし、自分の環境で異なっていたら適宜修正してください。

  8. 起動確認

    9. 一度bashを終了します。

    exit

    とタイプしてください。
    そうすると普通にコマンドラインに戻るので、改めて

    bash

    とタイプしてください。

    そのうえで

    fsl

    とタイプすると、FSLが起動しないでしょうか。

    fslview

    でFSLViewも起動します。

    お試しあれ。
    今後、いろいろ動きが起こりそうです。
    ここ最近何回かやってきたシェルスクリプトの講習会などもより意味を持つようになってきますね。

2016-08-09リンクURL 43 コメント

FSLユーザーのためのシェルスクリプトチュートリアル

FSLを開発しているFMRIBグループは、FSL courseのスライドおよびデータセットを公開してくださっています。ここで勉強しているときに、さりげなくシェルスクリプトのチュートリアルもあることが気になっていました。

先日、時間をとってこのチュートリアルを丁寧に見ていったところ、非常に勉強になることが多く、シェルスクリプトの理解が深まりました。FSLユーザーのみならず、脳画像解析でUNIX系のOS(Macも含む)を使う方々にとって有益な情報が多いと思いましたので、日本語にしておきたいと思い、FMRIBのSteve Smith教授の承諾を得て、このチュートリアルを翻訳させていただきました。

オリジナルのサイト自体は、スライド形式になっており、レクチャーと演習部分にわかれています。しかし、翻訳していく段階でこれを完全に模倣するよりは、レクチャーと演習をそれぞれ別の媒体として準備するのも勉強するのには都合がいいかもと考え、それぞれ別のPDFを準備しました。

関心のある方は、以下のリンクからPDFをご覧いただけたらと思います。

FSL course: シェルスクリプト
FSL course: シェルスクリプト演習

2014-02-19リンクURL 4 コメント

How to install FSL on Ubuntu (up to 5.0.9)

N.B.: This is the old post. If you want to install the latest FSL (5.0.10 and later), you need to use fslinstaller.py.

If you use Debian or Ubuntu, you can install FSL easily using neurodebian repository.
Below is what you need to install FSL.

  1. Add the neurodebian repository

    2. Follow the guideline described here.

  2. update the sources.list
    3.         $ sudo apt-get update
  3. install FSL (and related packages)
    4.         $ sudo apt-get install fsl fsl-doc fslview fslview-doc fsl-atlases fsl-possum-data fsl-first-data fsl-feeds dicomnifti libvtk5-dev vtk-examples vtk-doc
  4. Add the following line to .bashrc

    5. This is the thing people often forget. Without this, you can’t run fsl from shell.

             . /etc/fsl/fsl.sh

    That’s it.

2012-07-05リンクURL コメントを残す