Ubuntu 20.04へのFreeSurfer 7.3.2 のインストールスクリプト

FreeSurfer 7.3.2 がリリースされましたので、インストールスクリプトを作成しました。

英語でのFreesurferをLinuxにインストールするときの具体的な方法は、
こちらに書いてあります。

以下のスクリプトで楽にインストールできます。

  1. ラインセンスの申請
  2. FreeSurferを使用するには、登録が必要です。登録ページから必要事項を記載すると、メールでライセンスが送られてきます。

  3. ライセンスファイルの準備
  4. 送られてきたメールには、license.txt が添付されています。これをDownloadsの下に保存してください。これがないとFreeviewが起動しません。

  5. スクリプトのダウンロード
  6. こちらを右クリックで保存で、freesurfer7.3.2_installer.sh をダウンロードしてください。これもダウンロードに保存されたとします。

    スクリプト自体は、保存したものを見てもらってもいいですが、こちらから見れます。

  7. FreeSurferのインストール
  8. ターミナルを起動し、以下をタイプします。

    cd Downloads
    chmod 755 freesurfer7.3.2_installer.sh
    ./freesurfer7.3.2_installer.sh
    

    そうすると、以下の質問が出てきます。

    Begin installation of FreeSurfer
    
    This script will download and install Freesurfer in Ubuntu
    You need to prepare license.txt beforehand.
    license.txt should be placed in /home/ユーザ名/Downloads
    Are you sure you want to begin the installation of FreeSurfer? (yes/no)
    

    ここで yes とタイプします。

    次に以下の質問が出ます。

    Begin installation.
    Do you want to modify recon-all for VirtualBox environment? (yes/no)
    

    これは、VirtualBox上のUbuntuにFreeSurferをインストールしたい人のためです。もし、VirtualBox上でFreeSurferを使いたい方は、ここで yes とすると、共有フォルダでも解析ができるように recon-all を修正します。

    その後、スクリプトは以下のことを行います。

    – license.txt が存在するか確認します。
    – 必要なUbuntuのパッケージをインストールします。
    – freesurferをダウンロードします。
    – ダウンロードしたファイルが壊れていないか確認します。
    – freesurferを /usr/local/freesurfer/7.3.2 以下に展開します。
    – ホームディレクトリの下に $SUBJECTS_DIR になるディレクトリを準備します。
    – .bash_aliases に各種設定を書き込みます。

    全部うまくいけば、以下の表示がされます。

    Installation finished!
    Now close this terminal, open another terminal, then run freeview.
    
  9. 起動の確認
  10. 実際に動くかどうかをテストします。
    端末を再度起動すると、私の場合、以下のようなメッセージが出てきます。

    -------- freesurfer-linux-ubuntu20_x86_64-7.3.2-20220804-6354275 --------
    Setting up environment for FreeSurfer/FS-FAST (and FSL)
    FREESURFER_HOME   /usr/local/freesurfer/7.3.2
    FSFAST_HOME       /usr/local/freesurfer/7.3.2/fsfast
    FSF_OUTPUT_FORMAT nii.gz
    SUBJECTS_DIR      /home/kiyotaka/freesurfer/7.3.2/subjects
    MNI_DIR           /usr/local/freesurfer/7.3.2/mni
    FSL_DIR           /usr/local/fsl
    

以下の確認は、本家のサイトにある指示をそのままやっているだけですが、念の為に記載しておきます。

  • freeview
  • 端末に、以下をそのままコピペしてください。

    cd $SUBJECTS_DIR
    freeview -v \
        bert/mri/T1.mgz \
        bert/mri/wm.mgz \
        bert/mri/brainmask.mgz \
        bert/mri/aseg.mgz:colormap=lut:opacity=0.2 \
        -f \
        bert/surf/lh.white:edgecolor=blue \
        bert/surf/lh.pial:edgecolor=red \
        bert/surf/rh.white:edgecolor=blue \
        bert/surf/rh.pial:edgecolor=red
    

    きちんとインストールされているならば、下記のような画面が出てくるはずです。

  • サンプルデータを用いて解析
  • 今、ホームディレクトリの下にあるfreesurfer/subjectsの中には、sample-001.mgzとsample-002.mgzと2つのファイルがあります。同一人物が2回撮影したファイルです。FreeSurferでは、これをbertというsubject IDで出力結果が入っていますが、一応、自分でもやってみましょう。subject IDをernieとしてみます。

    ターミナルから以下のようにタイプしてください。

    cd $SUBJECTS_DIR
    recon-all -s ernie -i sample-001.mgz -all
    

    これは機種にもよりますが、最低8時間程度かかります。とりあえず、動くかどうかだけ確認したかったら第1段階のところまででやめておくのも手です。そのときは、下記をタイプします。

    recon-all -s ernie -i sample-001.mgz -autorecon1
    

    これは30分前後で終わります。

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