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FreeSurfer 7が公開されています。recon-allの時間が短縮されたり、海馬のsubfield解析がよりグレードアップしたりとなっています。

macOSへのインストールはデモ動画が示されていますが、コマンドラインで一気にインストールしたいと思いました。
以下、必要なものを示します。

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Covid-19対応に追われる日々ですが、それだけだとつらくなるので、Lin4Neuroのアップデートを行い、公開しました。
主な変更点は以下になります。

• isoイメージは、Ubuntu 18.04 desktop を元に作成しました。これまで、PinguyBuilderというソフトを使ってインストーラーを準備していましたが、うまく動かないという報告を多々いただいたので、方針を変更しました。
• Connectome workbench がインストールされました。
• AFNI, FreeSurfer, FSLといった大きなソフトはインストーラーを提供するという方針に変更しました。デスクトップ上にある “installer” をクリックしていただければ、必要なソフトをインストールできます。
• MRIcroGLなど、もともと入っているソフトはすべて最新のものにしました。
• 現在利用可能なソフトの一覧は、こちらになります。
• VirtualBox 仮想アプライアンスを今回から正式にリリースしました。ユーザー名は”brain” でパスワードは “lin4neuro”になります。メモリは4GB, ハードディスクは120GBで設定してあります。

最新のLin4Neuroはこちらから入手できます。

英語版のサイトはアップデートしましたが、日本語版はこれからです。

しばらく前ですが、dcm2niiを用いてDICOM形式をNIFTI形式に変換する方法についてドキュメントを作成しました。ブログ形式で改めて公開します。

サンプルのDICOM画像として、1例分準備しました。こちらのDICOM画像で説明していますので、理解を深めたい方はこちら(T1.zip)からダウンロードして試してみてください。

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しばらく前に、ANTsのUbuntu 14.04へのインストール方法（ソースからのコンパイル）という記事を書きましたが、最近のANTsは、cmakeのバージョンが3.10以上でないとコンパイルできなくなっていました。

方法を探してみましたが、cmakeのコンパイルを説明するページが圧倒的でした。
しかし、さらに探していたところ、pipを使えばすんなりいくことがわかりました。

pipは、pythonのパッケージ管理システムで、この中にcmakeも入っています。

ということで、改めて記事を書いていきます。

※2020/02/02 現在はUbuntuのcmakeは3.13までアップグレードしましたので、pipでなくても大丈夫になりました。

sudo apt install cmake

だけでも以下のコンパイルはできます。

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Lin4Neuro日本語版にバグがある報告を受けましたので、アップデートしました。具体的には、キーボード配列が英語キーボードになってしまっていて、日本語入力ができない状況になってしまっていたので、それを修正しました。

最新バージョンは、こちらからどうぞ。

The other day the Web-hosting service provider I rent a server lost all of my data on the server I rent. It’s unbelievable…

It’s no use crying over the accident, so I restart the blog.

I will recover the contents of the blog as much as possible from now on.