シェルスクリプト(bash)の基本 ~チュートリアル~

目次


目的
シェルとは
シェルスクリプトとは
UNIX系OS(Linux, Mac)における基礎知識
パス(絶対パス・相対パス)
プログラミング言語は、英語の命令文に相当
ファイル名に日本語やスペースを用いない
bash基本
文字の表示(コマンド:echo)
Brace Expansionの使い方
変数(コマンド:変数=〇〇)
変数の定義
変数の利用
変数の配列処理
配列
配列の定義
配列の利用
現在いるディレクトリの確認(コマンド:pwd)
端末(ターミナル)の画面をクリア(コマンド:clear)
標準入力から変数を定義
条件分岐:If文(コマンド:if)
条件分岐:Case文(コマンド:case)
四則演算
リダイレクト(コマンド:> or >>)
ファイル内容出力(コマンド:cat)
ファイルのリスト一覧確認(コマンド:ls)
カウント(コマンド:wc -l)
パイプ [ | ](コマンド:|)と検索(コマンド:grep)
テキストファイルの作成(コマンド:touch)
フォルダの作成(コマンド:mkdir)
ファイル・フォルダのコピー(コマンド:cp)
ファイルをコピー
フォルダをコピー:オプション(-r)必須
ファイル・フォルダの移動(コマンド:mv)
ディレクトリ移動(コマンド:cd)
ファイル・フォルダの削除(コマンド:rm)
ファイルの削除
フォルダの削除:オプション(-r)必須
反復処理:For文(コマンド:for)
反復処理:While文(コマンド:while)
関数(コマンド:function)
先頭の表示(コマンド:head)
末尾の表示(コマンド:tail)
ソート処理(コマンド:sort)
重複削除(コマンド:uniq)
文字列の切り出し・抽出(コマンド:cut)
区切り文字を指定して抽出
-d: 区切り文字指定
-f: フィールドの指定
文字のインデックスを指定して抽出
-c: 先頭からの文字数
文字列の置換(コマンド:sed)
数字の連番(コマンド:seq)
コマンドのレファレンスマニュアルを表示(コマンド:man)
ワイルドカード [ * ] (コマンド:*)


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シェルスクリプトで改行を削除したい時は、perl -pe ‘s/\n//’ が便利

タイトル通りの投稿ですが、よく忘れるので、備忘録として。

スクリプトを書いている時に、入力ファイルの改行を全部とって1行にしたいという時があります。

たとえば、

seq 5 > list
cat list
1
2
3
4
5

となっている時、これを

1 2 3 4 5

としたいような時をイメージしてください。

これを sed でやろうとするとうまくいきません。

sed 's/\n//' list
sed 's/\r//' list

などでいくかと思えどうまくいかず、いろいろはまることになります。
さらにmacとLinuxでは、sedがBSDのsedとGNU sed で違うため、ここもまたはまる原因になります。

でも、sedにこだわらず、Perlで

perl -pe 's/\n/ /' list

とすると、あっさりうまくいきます。
(細かく言うと、Windowsだと、\r\nだったりしますが、とりあえず、UNIX環境と仮定します)

なお、perlのオプション -e は引数をそのままプログラムとして実行するオプションで、ワンライナーでは必須のものであり、オプション -p は、入力の各行に対してプログラムを実行し、最後に結果を表示するオプションとのことです。こちらのサイトに詳しく書いてあり、勉強になりました。

ということで、シェルスクリプトで改行の削除に困ったら、sedにこだわらず、perl -pe を活用すると迷う時間が減るかもしれません。

再帰的にファイル名やディレクトリ名にある半角スペースをアンダースコア ( _ )で置き換えるスクリプト: Linux & Mac 対応

シェルスクリプトで作業を自動化しようとするとき、ファイル名やディレクトリ名に半角スペースが入っていると、エラーとなります。
この半角スペースを全部アンダースコア( _ ) で置き換えてあげたいと思いました。
それも、カレントディレクトリだけではなく、再帰的にサブディレクトリにあるものもすべてです。
やっぱり楽したいですから…。特に画像解析をやる場合、DICOMのディレクトリ構造は、かなり奥深くにいくので、再帰的にいけると楽になります。

スマートでないかもしれませんが、以下のようなスクリプトを書いてみました。

replace-space-underscore.shのダウンロード(右クリックで名前をつけて保存)

思考過程を書いていこうと思います。

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BashからMatlabスクリプトを実行する方法

先日、ある方と「BashからMatlabを呼び出せないだろうか」という話をしていました。もし、これができたら、シェルスクリプトから、Matlabを呼び出せるので、シェルとMatlabを完全に連携できるわけです。

結論としては、以下でできました。

  • Short answer
  • Matlabのスクリプト名を sample_code.m とすると、以下でできます。

    $ matlab -nodesktop -nosplash -r 'sample_code; exit'
    

    コツは2つです。

  • スクリプト名ではなく、コマンドとして指示するため、.mは外す
  • Matlabから抜けるために exit を追加する

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FSLを用いたシェルスクリプト演習:3次元脳MRIの水平断一覧画像の作成

あるプロジェクトにおいて、「MRI画像の一覧画像を作成してもらいたい」という依頼を受けました。

イメージとしては、下記のようなものです。

LB_example

以前、FSLのシェルスクリプトチュートリアルを翻訳していた際に、演習に
Lightbox Viewerがあったのを思い出して、改めて、それを見ながら、さらに機能を追加したスクリプトを考えてみました。

作成しながら勉強になることがいくつもあったので、細かくわけてみたいと思います。

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