脳画像解析ドキュメント

これまでに書いてきた脳画像解析に関するドキュメントたちです。役立つこともあるかもしれないので整理しておきます。

9 thoughts on “脳画像解析ドキュメント

  1. 早々にありがとうございます。
    conn toolboxのことは知りませんでした。
    さっそく使ってみます。
    ありがとうございました。

    今後もブログを拝見させていただきます。
    アップしていただけるのを期待しております。
    ご丁寧にありがとうございました。

  2. 埼玉医大 放射線科T.Aと申します。
    初めまして。お世話になります。fMRIの解析についてご教授いただきたく存じます。
    私も昭和大のT.M先生同様で新生児のrs-fMRIをSPM8で解析を始めたところですがうまくいかず
    途方に暮れております。
    Taskのないresting stateでの1st levelの設定(通常の解析法とは異なるのでしょうか?)についてご教授頂けますと助かります。
    また、(spmでうまくいかないため)GIFTを使用してすべてデフォルト条件で解析を行ってみました。
    spmより操作が簡単ですが、頭の動き補正があまり効いてないように感じました。
    spmである程度前処理をしてから使用した方が良いのでしょうか。
    GIFTについてもアドバイスをいただけると幸いです。
    お忙しい中申し訳ありませんが何卒よろしくお願い申し上げます。

    • ご質問ありがとうございます。

      確認のためにお聞きしたいのですが、
      先生がお困りのことは、

      新生児rs-fMRIの前処理
      1st level解析のDesign matrixの設定

      のどちらでしょうか?

      文脈からするに、前処理のところでお困りのようですが…。

      正直、rs-fMRIは私自身、今、前処理をいろいろ学んでいるところでして、自信をもって言えることが少ないのですが、
      問題を切り分けていけたらと思います。

      ちなみに、頭の動き補正は、FSLでもできますが、使ったことなどはありますか?

      • 早々に返信頂きありがとうございます。
        前処理のsmoothingまでは到達できました。
        1st level解析のDesign matrixの設定以降が困っています。
        Taskがないものをどう検定してよいのか悩んでいます。
        resting stateの解析法をご教授いただけますと幸いです。
        よろしくお願いいたします。
        また、FSLは未経験です。windows を使用しています。

        • 了解です。

          解析は、seed-based connectivity analysisでよろしいでしょうか?

          そうすると、

          1. シード(関心領域)を決定する
          2. 関心領域からtime-seriesを抽出する
          3. 抽出したtime-seriesをGLMに入れて解析する

          という流れになります。

          SPMでこれをひとつひとつやっていくのはけっこう面倒でして、
          SPMの開発者自身が、ツールボックスを使うことを勧めています。
          先生はGIFTを使われたようですが、これはGroup ICAを行うものですので、
          1st levelとしては、connツールボックスを使ってみるのがよいのではないでしょうか。

          http://web.mit.edu/swg/software.htm

          こちらにあるconnをチェックしてみたらどうでしょうか?

          私自身も学んでいる状況ですが、やり方をまとめることができたらブログに情報をアップしたいと思います。

  3. こんばんは。
    お忙しい中、お返事ありがとうございます。
    さっそく使用してみようと思います。
    また、ブログを楽しみにしております。
    何卒、よろしくお願いいたします。

    • VBMのデータを用いて灰白質容積を求める方法をブログにあげさせていただきました。

      http://www.nemotos.net/?p=200

      こちらを参考にしていただけたらと思います。
      よろしくお願いします。

  4. はじめまして、昭和大学小児科のT.M.と申します。
    小児・新生児の頭部MRIの研究を始めたところです。ようやくSPM8を導入することができました。
    SPM・VBMについていろいろ調べていくうちに、先生が御翻訳された『VBMチュートリアル』を拝見させていただき、現在活用させていただいております。
    私は、小児・新生児の白質・灰白質・全脳容積に興味がございまして、この研究を始めたところです。
    『VBMチュートリアル』のp14に簡単に計算できると書いており、*22も調べてみたのですが、なかなかうまくゆきません。
    実際にMATLAB上でどの時点で、どのようなコードを入力し、結果がどのように表示されるのか御教授いただけましたら幸いです。
    御多忙中の折、大変申し訳ないのですが、何卒よろしくお願いいたします。

    • はじめまして。
      VBMで全灰白質容積や白質容積を調べるスクリプトは、Ged Ridgwayが発表しているスクリプトを使うのが便利です。

      http://www0.cs.ucl.ac.uk/staff/g.ridgway/vbm/get_totals.m

      具体的な方法は別にまとめさせていただいてブログに投稿するようにします。少しお待ちください。

      以上、よろしくお願いします。

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