画像解析のためには、DICOM画像をNIFTI画像に変換する必要があります。
主に使われるソフトウェアとして、MRI Convertとdcm2niiがあります。
開発者からスクリーンショットを使ってよいという許可をいただきましたので、
MRI Convertおよびdcm2niiの使用方法をPDFで公開します。
MRIConvertの使用方法(PDF)
dcm2niiの使用方法(PDF)
MRIConvertやdcm2niiを用いたDICOM→NIFTI変換の方法
いつも本サイトを参考にさせていただいております。
画像変換に関連してご教示をいただきたくコメントしました。
三次元T1画像やEPI画像を左右反転して解析を行いたいのですが、DICOMからNIFTIへ変化する際に自動的に反転できる方法などがありますでしょうか？
左右反転の目的は、脳卒中患者において左半球損損傷および右半球損傷者の損傷半球側を同一方向に揃えて集団解析を行うことを目的にしています。何か方法がございましたらご教示をお願い申し上げます。
いつも本サイトを参考にさせていただいております。
画像変換に関連してご教示をいただきたくコメントしました。
三次元T1画像やEPI画像を左右反転して解析を行いたいのですが、DICOMからNIFTIへ変化する際に自動的に左右反転できる変換方法などがありますでしょうか？
左右反転の目的は、脳卒中患者において左半球損損傷および右半球損傷者を損傷半球側を同一方向に揃えて集団解析を行うことを目的にしています。何か方法がございましたらご教示をお願い申し上げます。
ご質問ありがとうございます。
DICOMからNIFTIに変換する際に、自動的に左右反転する方法は私は知らないです。
個人的には、DICOM→NIFTIは素直に変換しておいて、
その後、NIFTIを左右反転する方がいいと思います。
FSLを使うと、一括して左右反転が可能となりますが、FSLは使える環境にありますか？
SPMでももちろん可能ですが。
早速のご回答ありがとうございます。
FSLは使える環境にありますが慣れておりません。
SPMを使用しております。
初歩的な質問ですが、NIFTIをSPM上で左右反転する方法をご教示いただけないでしょうか。
よろしくお願いいたします。
了解しました。
まとめますので、少しお待ちください。
新しくブログの記事をアップしました。
http://www.nemotos.net/?p=3154
こちらをご確認いただけますか。
flip_batch.m というスクリプトを準備してみましたので、こちらが役に立つかもしれません。
早速、実行してみました。反転しました。
ご教示誠にありがとうございました。
本件、結構な時間悩んでおりました。
早く相談を差しあげていればと感じております。
今後ともよろしくお願いいたします。
無事にできたようでよかったです。
悩んで調べてわからなかったらご質問いただけたらと思います。
今後ともよろしくお願いします。
ピングバック： DICOMからNIfTIに変換するメモ | βshort Lab
いつもお世話になっております。ご教示いただきたいことがあり質問します。私のところではDICOM形式の水平断25枚のスライスをNIFTI形式に変換するのですが矢状断と前額断がつぶれたようになります。スライス数が少ないためこのようになるのでしょうか。よろしくお願いします。
いつもお世話になっております。ご教示いただきたいことがあり質問します。私のところではDICOM形式の水平断25枚のスライスをNIFTI形式に変換するのですが、矢状断と前額断がつぶれたようになります。スライス数が少ないためこのようになるのでしょうか。よろしくお願いします。
ご質問いただいたような画像は、おそらく、1枚1枚のスライスの間にギャップがあると思います。
水平断で25枚のスライスということは、たいていの場合、1枚のスライスが脳の5mmぐらいの厚さで、次のスライスとの間に2cmぐらいあいていてもおかしくありません。なので、NIFTI viewerには、そのスライスの間隔を考慮しないものが多いので、その場合、ギャップがつぶされる形になりますから、矢状断と冠状断がつぶれたように見えてもおかしくありません。
これで回答になりますでしょうか？
回答ありがとうございます。普通は何枚のスライスを変換するものなのでしょうか。また、自分が画像を変換し分割化したものは白質の容積がかなり少なく表示されます（通常の10分の1程度）。これは変換後の画像がつぶれていることが原因なのでしょうか。
通常は、「3次元T1強調画像」なるものを撮像します。施設によって様々ですが、矢状断で、140枚〜180枚程度撮像しているところが多いと思います。
もし、VSRADによる解析を行っているようでしたら、そのための画像がVBMに用いる画像となります。
そして、白質の容積が少ない理由はご推察のとおりです。20枚程度のスライスでは、脳の多くの情報が失われていますので、容積はとても小さくなると思います。
ご参考まで。
根本先生
昨年のチュートリアルセミナーでは講義をうけました。また、すぐできるVBMの図書も購入し、実際のデータ解析に役立てようとしております。
１２月の講義ではniftiデータの扱いでした。
手元のデータはdicomデータで、niftiデータにまず変換しなくてはと思い、先生の本に書いてありましたMRIconvertをダウンロードし使おうとしましたが、dicomファイルを選択しても
どうしても、MRconvertの上方画面に読み込むことができません。
どうしたら動くのでしょうか？
どうぞよろしくお願い申し上げます。
荒木先生
ご質問、ありがとうございます。
このページにある”MRIConvertの使用方法”をみていただいてもうまくできないということですね。
もし、そうならば、一度、dcm2niiguiを使うことをおすすめします。
このページにある”dcm2niiの使用方法”のPDFをダウンロードしていただき、それに従ってやってみてはいかがでしょうか？
それでもだめならばまたご連絡いただけますか？よろしくお願いします。
他のソフトと大きく変わらず簡便だと思います。
フォルダに他の撮像が入り交じっていてもきちんと種類分けしてどの撮像をを表示するか聞いてくれます。sagittal画像も変換してみましたがSPMで困ったことはありませんでしたので自動的にaxialになるのでしょうか。
本質的ではありませんが現在iNPHの解析を行っていまして、viewerとしてcallosal angleも計測できるため使用しています。nifti viewerでangleの計測をできるものがなかなか無いようでした。いつも教えていただいてばかりなので、と思いましたがあまり変わりませんね。申し訳ありません。一度試しに使ってみてください。
私はMango viewerを使用しています。
高橋先生
よろしかったら、Mango viewerのいいところを教えていただけませんか？Linux版もあるようなので、試してみたいと思っています。