Ubuntu14.04, 16.04へのFreeSurfer 6.0のインストール

2014年12月にFreeSurfer 5.3のインストールの方法を記載しましたが、しばらく時間が経ちました。最近、FreeSurfer 6.0がリリースされましたので、コピペでもいけるぐらいにまとめてみます。

英語でのFreesurferをLinuxにインストールするときの具体的な方法は、
こちらに書いてあります。以下は英語を読むのがつらい方のためです。

なお、楽をしたい人は、一番最後にある【楽をするためのスクリプト】をご覧ください。

1. libjpeg62のインストール

libjpeg62がないとFreeviewが動作しないとの報告をいただきましたので、これをインストールしておきます。（私は他のソフトのインストールの際にこれを入れていたので、そのことに気づきませんでした。）

sudo apt-get install libjpeg62

2. ラインセンスの申請

FreeSurferを使用するには、登録が必要です。登録ページから必要事項を記載すると、メールでライセンスが送られてきます。

3. ライセンスファイルの準備

送られてきたメールには、以下のような内容があります。

#—————CUT HERE—————
someone@example.com
0000
*abcdefghijklmn
Abcdefghijklmn
#—————CUT HERE—————

この中の4行をコピーし、テキストエディタに貼りつけます。
そして、名前をつけて保存とし、Downloadsフォルダの中にlicense.txtという名前で保存します。
これは、後ほど使います。

4. FreeSurferのダウンロード

FreeSurfer 6.0から、ダウンロードするファイルは1種類となりました。
フィアルサイズが4GBと大きいので、普通にダウンロードすると失敗することもありますので、ここは、wgetというプログラムを使って入手することとします。wgetのいいところは、-cオプションを使うと、もし、万が一一時的にダウンロードが切れてしまったとしても、部分的にダウンロードしたファイルを使ってくれることです。これによってダウロードの効率がよくなります。

端末を立ち上げ、Downloadsに移動し、以下をタイプします。

cd Downloads
wget -c ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/pub/dist/freesurfer/6.0.0/freesurfer-Linux-centos6_x86_64-stable-pub-v6.0.0.tar.gz

5. FreeSurferのインストール

インストール自体は簡単です。圧縮ファイルを展開し、先ほどのlicense.txtを移動するだけです。先ほどの端末から以下のようにタイプしてください。なお、tarのオプション、-Cは、展開先を指定するものです。

pwd
/home/your_user_name/Downloads ← Downloadsディレクトリにいることを確認
sudo tar xvzf freesurfer-Linux-centos6_x86_64-stable-pub-v6.0.0.tar.gz -C /usr/local
sudo mv license.txt /usr/local/freesurfer

6. Subjectsディレクトリの準備

FreeSurferは/usr/local/freesurferにインストールされますが、ここはシステムディレクトリなので、通常のユーザーには書き込み権限がありません。このため、自分のディレクトリの中にFreeSurfer用のディレクトリを作っておくと便利です。端末から以下のようにタイプします。

cd ←ホームディレクトリに戻る
mkdir freesurfer ←これで、/home/user_name/freesurferができる
cd freesurfer
cp -r /usr/local/freesurfer/subjects .

7. .bashrcへの追加

最後に、.bashrcファイルに少しだけ追加します。

ターミナルからnanoを使って.bashrcファイルを開きます。

cd
nano .bashrc

このファイルの文末に以下の4行をコピペしてください。

#FreeSurfer
export SUBJECTS_DIR=~/freesurfer/subjects
export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh

Ctrl-xで保存し、終了します。
これでFreeSurferのインストールおよび設定は終了です。
一度端末を終了します。

8. 起動の確認

実際に動くかどうかをテストします。
端末を再度起動すると、私の場合、以下のようなメッセージが出てきます。

-------- freesurfer-Linux-centos6_x86_64-stable-pub-v6.0.0-2beb96c --------
Setting up environment for FreeSurfer/FS-FAST (and FSL)
FREESURFER_HOME   /usr/local/freesurfer
FSFAST_HOME       /usr/local/freesurfer/fsfast
FSF_OUTPUT_FORMAT nii.gz
SUBJECTS_DIR      /home/kiyotaka/freesurfer/subjects
MNI_DIR           /usr/local/freesurfer/mni
FSL_DIR           /usr/share/fsl/5.0

これが出ないとしたら、.bashrcへの記載が間違っているはずです。再度確認してください。

以下の確認は、本家のサイトにある指示をそのままやっているだけですが、念の為に記載しておきます。

• freeview

端末に、以下をそのままコピペしてください。

cd $SUBJECTS_DIR
freeview -v \
    bert/mri/T1.mgz \
    bert/mri/wm.mgz \
    bert/mri/brainmask.mgz \
    bert/mri/aseg.mgz:colormap=lut:opacity=0.2 \
    -f \
    bert/surf/lh.white:edgecolor=blue \
    bert/surf/lh.pial:edgecolor=red \
    bert/surf/rh.white:edgecolor=blue \
    bert/surf/rh.pial:edgecolor=red

きちんとインストールされているならば、下記のような画面が出てくるはずです。



• サンプルデータを用いて解析

今、ホームディレクトリの下にあるfreesurfer/subjectsの中には、sample-001.mgzとsample-002.mgzと2つのファイルがあります。同一人物が2回撮影したファイルです。FreeSurferでは、これをbertというsubject IDで出力結果が入っていますが、一応、自分でもやってみましょう。subject IDをernieとしてみます。

ターミナルから以下のようにタイプしてください。

cd $SUBJECTS_DIR
recon-all -s ernie -i sample-001.mgz -all

これは機種にもよりますが、最低8時間程度かかります。とりあえず、動くかどうかだけ確認したかったら第1段階のところまででやめておくのも手です。そのときは、下記をタイプします。

recon-all -s ernie -i sample-001.mgz -autorecon1

これは30分前後で終わります。

【楽をするためのスクリプト】

Linuxがいいのは、ほとんどスクリプト化できることです。
license.txtさえあればあとは自動でインストールできるスクリプトを準備しました。

• スクリプトのダウンロード、権限変更、そして実行

ターミナルから以下をタイプしてください。

wget https://raw.githubusercontent.com/kytk/lin4neuro-xenial/master/scripts/setup_freesurfer_v6.0.0.sh
chmod 755 setup_freesurfer_v6.0.0.sh
./setup_freesurfer_v6.0.0.sh

そうすると以下のようなメッセージが出てきます。

Begin installation of FreeSurfer
This script will download and install Freesurfer in Ubuntu 16.04
You need to prepare license.txt beforehand.
license.txt should be placed in /home/kiyotaka/Downloads
Are you sure you want to begin the installation of FreeSurfer? (yes/no)

ここで、yes とタイプすると、FreeSurfer 6.0のダウンロードおよびインストールを自動でやってくれます。

• Freeviewを用いた確認

ターミナルから同様に以下をタイプしてください。

wget https://raw.githubusercontent.com/kytk/lin4neuro-xenial/master/scripts/check_freesurfer_v6.0.0.sh
chmod 755 check_freesurfer_v6.0.0.sh
./check_freesurfer_v6.0.0.sh