この内容は、以前、東大の小池先生から教えていただいた内容です。
まとめるのが遅くなりましたが、まとめてみました。
すぐできるVBMでは、Anatomy Toolboxを使って結果の解剖学的位置の同定を行いました。執筆時点では知らなかったのですが、SPM12から、プラグインを導入しなくても、解剖学的位置を簡単に知ることができるようになりました。
まずは、SPMで結果を出します。
その時、SPMの左下のウィンドウに、下図に示すように、Atlasというメニューが新しく出るようになりました。これを選んで、Label using -> Neuromorphometricsと選択します。
そうすると、右のSPMの座標が表示されている表の、座標のところを右クリックすると、その座標がどのくらいの確率でどの場所かということが表示されます。
今の場合、座標 [0 26 40] は、21.4%の確率で、左上前頭回内側面、18.0%の確率で右上前頭回内側面、16.2%の確率で左補足運動野ということがわかります。（x軸の座標が0なので、左右どちらもあります。例があまりよくなかったですね…）
さらに、これは、結果の表だけでなく、Sectionなどで画像を表示したときも利用することができます。
Overlays -> Sections で、画像を表示した後に、画像の上で右クリックをするとメニューが出てきます。
そこで、Display -> Labels -> Neuromorphometricsと選択していきます。
そうすると、画面にその座標が表示されるようになります。
ちなみに、同じDisplayの中にあるcoordinateを選ぶと座標が表示されますし、Fileを選択すると、背景に使った画像のファイル名が表示されます。
SPMの結果の上での右クリックはバージョンがあがるにつれ、様々な機能が追加されていますので、時間があるときに試してみると発見があります。
ということで、小池先生、遅ればせながらありがとうございました。
何度もすみません。
また、質問させてください。
Anatomy Toolboxのパス設定についてです。
ご著書の通り、Anatomy_v3をSPM12フォルダのtoolboxにおき、パスを設定しましたが、
SPMを起動してもtoolboxに変化がありません。
>> which anatomy
/Users/akaikeshun/spm/spm12/toolbox/Anatomy_v3/Anatomy.m
以上の通り、認識してくれているようなのですが、うまくいきません。
どの点に不備がありそうか、ご意見いただけませんでしょうか。
これは、ちょっとしたTipsなのですが、Anatomy_v3 を Anatomy とリネームしていただくことで解決します。
SPMを一旦閉じて、Anatomy_v3 をAnatomy とリネームしていただき、そして、再度SPMを開いていただけませんか。
それで起動するのではないかと思います。私の環境ではそれで起動しました。
すんなり起動いたしました。
お手間をおかけいたしました･･･
ありがとうございます。
よかったです。こういうTipsはむしろないのでこういう質問をしていただけることが、他の人の役にも立つと思います。
ピングバック： SPMの結果から、Neuromorphometricsを用いて自動で領域名を抽出するスクリプト
ピングバック： SPMで解剖学的名称を探すのがラクになった | 胡麻スティックビスケット