pipを用いたUbuntuへのANTｓのインストール方法（ソースコードからのコンパイル）

しばらく前に、ANTsのUbuntu 14.04へのインストール方法（ソースからのコンパイル）という記事を書きましたが、最近のANTsは、cmakeのバージョンが3.10以上でないとコンパイルできなくなっていました。

方法を探してみましたが、cmakeのコンパイルを説明するページが圧倒的でした。
しかし、さらに探していたところ、pipを使えばすんなりいくことがわかりました。

pipは、pythonのパッケージ管理システムで、この中にcmakeも入っています。

ということで、改めて記事を書いていきます。

※2020/02/02 現在はUbuntuのcmakeは3.13までアップグレードしましたので、pipでなくても大丈夫になりました。

sudo apt install cmake

だけでも以下のコンパイルはできます。

• 事前に必要なソフトウェア

以下の3つが必要です。

• git
• C++コンパイラー
• CMake

gitとc++コンパイラは、以下で簡単にインストールできます。

$ sudo apt-get install git g++

cmakeは以下でインストールできます。

$ sudo apt-get install python-pip
$ pip install cmake

cmakeのバージョンを確認します。

cmake --version

私の場合は以下のようになりました。

$ cmake --version
cmake version 3.12.0

CMake suite maintained and supported by Kitware (kitware.com/cmake).

3.12.0であるということがわかります。

• ディレクトリの準備

ANTsを準備するためのフォルダを準備しましょう。ここでは、ホームディレクトリの下にANTSを作成します。そのうえで、その中に build と install というフォルダを準備します。

cd
mkdir ANTS
cd ANTS
mkdir build install 

• ANTsのソースコードの入手

gitでソースコードを入手します。
ANTsというディレクトリにソースコードが入ります。

pwd #今は、~/ANTS にいると仮定します。
workingDir=${PWD}
git clone https://github.com/ANTsX/ANTs.git

• コンパイル

早速コンパイルに入ります。
先程作成した build ディレクトリに移動し、そこでコンパイルを行います。
ターミナルから次のコマンドをタイプします。
下の make -j 4 の4はコア数です。自分のPC環境にあわせて変えてください。

cd build
cmake \
    -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=${workingDir}/install \
    ../ANTs 2>&1 | tee cmake.log
make -j 4 2>&1 | tee build.log

そうすると、以下のような画面になります。ITKをダウンロードなどします。私の場合、ここだけでだいたい20-30分くらいかかりました。ネットワークの遅い早いもあるかもしれませんが、じっと待ちます。



忍耐の結果、”Completed: ANTs”と出れば、無事にコンパイル完了です。

• インストール

インストールを行います。先程作成した install フォルダにインストールされます。

cd ANTS-build
make install 2>&1 | tee install.log

• パスの設定

今度は、ANTsのパス設定を行います。.bashrcに記載します。

nano ~/.bashrc
　

すると、.bashrcが立ち上がりますので、そこの一番下に以下の内容を記載します。
今、ANTsの実行ファイルは、~/ANTS/install/binにあります。

#ANTs
export ANTSPATH=~/ANTS/install/bin
export PATH=$PATH:$ANTSPATH

これを保存し、終了し、ターミナルを一度閉じて再度開きます。

ANTsのパスが通っているかどうかを確認するには、以下をタイプします。

which antsRegistration
antsRegistrationSyN.sh

最初のコマンドで

自分のホームディレクトリ/ANTS/install/bin/antsRegistration

となり、

次のコマンドで、antsRegistrationSyN.sh の説明がでれば正しくセットアップできています。

これで、ANTSのヘルプ画面が出れば、無事にインストールできたことになります。

• ANTsのアップデート

今後、ANTsがアップデートされた場合、以下のようにすればよいとのことです。

cd ~/git/ANTs
git pull origin master

これで、ANTsの中身が最新になりますので、再度コンパイルという形になるかと思います。