mac OSにFSLをインストールするにはいくつか工夫が必要なので紹介します。
ちなみに、本家のインストラクションはこちらです。
- XQuartzのインストール
- xcode-selectのインストール
- FSLインストーラーのダウンロード
- 最初に青色の “FSL software license” をクリックし、最後までスクロールして、”AGREE” をクリックします。
- 次に”About Yourself”のところに自分の情報を入力します。
- “About your computer OS” に自分の macOS のバージョンを選択します。
- “Register”をクリックすると、以下の画面になりますので、”Download FSL 6.0.6.x” をクリックして、fslinstaller.py をダウンロードします。
- FSLのインストール
- FSLの起動
- FSL関連のパス
XQuartzのインストールはいたって簡単です。まず、https://www.xquartz.org/にアクセスします。
そこにある、XQuartz-2.8.5.dmgをダウンロードします。
ダウンロードしたら、通常のmacOSのアプリのインストールのようにインストールします。
次に、xcode-selectをインストールします。ターミナルを起動し、
xcode-select --install
とタイプするだけです。GUIが立ち上がりますのでOKをクリックしてインストールを進めてください。
ここまでできたら、FSLのインストーラーをダウンロードします。まずは、FSLのダウンロードページに行きます。
そうすると、以下のような画面になります。
ここまでくるとあともう少しです。
ターミナルを起動し、以下をタイプします。
cd ~/Downloads python3 fslinstaller.py
なお、FSL 6.0.6 から、FSLはユーザーディレクトリにインストールされることになりました。もし、これまで通り、/usr/local/fsl にインストールしたいという方は、以下のように明示することで /usr/local/fsl にインストールできます。
cd ~/Downloads python3 fslinstaller.py -d /usr/local/fsl
そうすると、以下のようになります。ターミナルの色などは私の設定なので気にしないでください。
ポイントは、”100%になってもそのままじっと待つ” です。”FSL successfully installed” が出るまで忍耐強く待ってください。
終わったら、一度ログアウトしてログインしなおしてください。
そうしたら、ターミナルから
fsl
とタイプしてみましょう。
下図のようなメニューが出てきたら、ばっちりです。
以上でFSLのインストールは終了です。最後にパスについて少しだけ述べておきます。
fslinstaller.py は自動で、お使いのシェルの profile (.bash_profile, .zprofileなど) に以下の内容を追記します。
# FSL Setup
FSLDIR=/usr/local/fsl (注: これはデフォルトではホームディレクトリの下のはずです)
PATH=${FSLDIR}/share/fsl/bin:${PATH}
export FSLDIR PATH
. ${FSLDIR}/etc/fslconf/fsl.sh
FSL 6.0.6以降、FSLの実行ファイルの場所が、これまでの $FSLDIR/bin から $FSLDIR/share/fsl/bin に変わりました。
このため、過去の設定だとうまく動きません。
もし、fslinstaller.py がこの設定をファイルに書き込めていなかったら上記の内容を bash の方は .bash_profile に、zsh の方は .zprofile に記載すれば大丈夫です。
