症例報告の抄録のポイント

(結構この投稿へのアクセスが多いので、具体例を追記しました)

後輩に学会発表の指導をしていて思いついたことですが…。

症例報告をして、それを抄録にする際には起承転結として、以下のポイントをおさえておくといいかと思います。

  • 【起】冒頭に症例を一言でいうとこんな感じということを書く。
  • 【承】次に、症例の病歴(自分たちが関わるまで)を簡潔にまとめる。
  • 【転】自分たちが行ったことの要点を書く。
  • 【結】そこから学んだことをTake home messageとしてまとめる。

こうすると、抄録を読む人に伝わりやすいんじゃないかなと思いました。
実際の例は、以下のようになります。起承転結がわかりやすいように、明示しておきます。○や△は適当なので、全く関連はありません。

【起】○○と診断されていたが、臨床症状および検査所見から△△と××の
   合併が疑われた症例を経験した。
【承】症例は○歳女性。X-○年から抑うつ状態となり、次第に常に強い
   不安・焦燥感を訴え、精神科を受診した。○○と診断され、様々な
   抗うつ薬が投与されたがいずれも無効で、抗精神病薬も少量で副
   作用を呈した。このような状態が消長したため、当院に紹介と
   なった。
【転】入院時、強い焦燥感と認知機能低下を認めた。また、※※も認め
   た。画像検査では、□□を認めた。焦燥感を主体とする臨床症状、
   認知機能低下、および画像所見から△△と××の合併が最も考えら
   れた。薬物療法としては、▽▽が有効であり、修正型電気けいれ
   ん療法により精神症状と運動機能が更に改善した。
【結】○○や△△を認める症例では、××を鑑別に挙げることの重要性が
   示唆された。

ubuntuのホスト名の変更

Ubuntuでホスト名を変えたい場合、以下の2つのファイルを変更します。

  • /etc/hostname
  • ホスト名だけ記載されているのでそれを変えます。

  • /etc/hosts
  • ここでは、127.0.0.1の後にホスト名が記載されているのでそれを変えます。

備忘録として。

Non-stationary correction

Christian Gaser made the following comment on non-stationary correction in SPM8.

Furthermore, SPM8 (release >= 4010) provides a non-stationarity correction, that is based on smoothed RPV-maps, which should be more reliable than the unsmoothed RPV maps in VBM8 or in the NS-toolbox. To enable this function set:

defaults.stats.rft.nonstat = 1;

in spm_defaults. However, this option will result in a much longer calculation if you print the results table.
This is maybe also the reason that this option is not set as default.

心理のためのMatlabチュートリアル (SPMユーザに役立つMatlab入門)

SPMを使う方々は必ずMatlabを使いますが、世の中のMatlab入門をうたった書籍は、たいていが工学向けで、SPMを使う人がこれを知っておいたらいいというようなMatlab入門はあまりありません。何かいい手引きがないかと探していたら、Antonia Hamilton女史の書いたMatlab for Psychologists: A Tutorialという手引きを見つけました。ざっと見たところ非常によい手引きと感じたので、Hamilton女史に連絡をとり、日本語訳の許可をいただきました。日本語訳ができましたので、公開します。「心理のため」となっていますが、SPMを使う方々には、とても有用だと思います。
 なお、翻訳にあたり、山口大学の松尾幸治先生に多くのアドバイスをいただきました。この場をお借りして深謝いたします。

心理のためのMatlabチュートリアルをダウンロード

チュートリアルで用いるデータは下からダウンロードしてください。
練習用データ

Update of Lin4Neuro (28 Feb 2013)

Lin4Neuro was updated. Some changes are…

  • 3D Slicer was updated to 4.2.2-1 (only in 64bit version).
  • MITK and MITK Diffusion was updated to 2012.12 version (only in 64bit version).
  • nfs-common was added so that it can support NFS filesystem with default settings.

I also stopped developing Lin4Neuro based on Ubuntu 10.04LTS. I focus on developing Lin4Neuro based on Xubuntu 12.04LTS.

You can download latest Lin4Neuro from here.

SPM switcher: Run different versions of SPM in one Matlab

I used to write an article, “Run SPM2, SPM5, and SPM8 concurrently.” Though this is a smart way to run different version of SPM, we need to prepare scripts separately. So I came up with another script, called “SPM switcher”. This script brings up a dialog and you can select the version of SPM you want to run.

  • Make a directory where you want to save scripts. (e.g. C:\Users\foo\Documents\MATLAB\)
  • Add the directory to the path in Matlab. (File -> Set Path -> Add path)
  • put spm_rmpath.m in SPM2 and SPM99 directory.
  • You find this file in SPM5 or SPM8 directory. You can just copy it from SPM5/8 to SPM2/99 directory.

  • save switchspm.m in the directory you prepared.
  • edit switchspm.m and change “spm_path=’C:\spm\'” according to your circumstance.

Typing switchspm in Matlab command window will bring up a dialog below and you can run different version of SPM easily.

switchspm_screenshot

Download switchspm.m (Right click –> Save as)

%switchspm: Run different version of SPM
%This tiny script prompts the dialog which SPM version you want to run.
%Prerequisites
%1. Each version of SPM is supporsed to be located under spm_path.
%2. Please copy spm_rmpath.m from SPM5 or later and put it into SPM99 and
% SPM2 direcotry. Otherwise, Path removal won't work correctly.
%3. Please change the SPM path according to your environment

%%%Please change the path below according to your environment%%%
spm_path='C:\spm\';
%%%

%The path for each version of SPM
spm99_path=fullfile(spm_path,'spm99');
spm2_path=fullfile(spm_path,'spm2');
spm5_path=fullfile(spm_path,'spm5');
spm8_path=fullfile(spm_path,'spm8');
spm12b_path=fullfile(spm_path,'spm12b');

str = ['spm99 '; 'spm2 '; 'spm5 '; 'spm8 '; 'spm12b'];
spmver = listdlg('PromptString','SPM ver you want to run...',...
'SelectionMode','single',...
'ListString',str);

switch spmver
case 1, %spm99
% remove spm path
while true
try
spm_rmpath
catch break;
end;
end;
% add spm99 path
addpath(spm99_path);
% run spm99
spm;

case 2, %spm2
% remove spm path
while true
try
spm_rmpath
catch break;
end;
end;
% add spm2 path
addpath(spm2_path);
% run spm2
spm;

case 3, %spm5
% remove spm path
while true
try
spm_rmpath
catch break;
end;
end;
% add spm5 path
addpath(spm5_path);
% run spm5
spm;

case 4 %spm8
% remove spm path
while true
try
spm_rmpath;
catch break;
end;
end;
% add spm8 path
addpath(spm8_path);
% run spm8
spm;

case 5 %spm12b
% remove spm path
while true
try
spm_rmpath;
catch break;
end;
end;
% add spm12b path
addpath(spm12b_path);
% run spm12
spm;
end

Xubuntuで用紙サイズがLetterになってしまうとき…

Xubuntuでいろいろ印刷するときに、用紙をA4と設定しても、プリンターの方で、「Letterになっています。強制印刷しますか?」のような警告が出ることがいつもでした。
原因は何だろうと思っていたら、次の変数でした。

/etc/environment
の中にLC_PAPERというものがあります。

これが、私の場合、

LC_PAPER="en_US.UTF-8"

となっていました。調べたところ、この設定だと用紙サイズのデフォルトは、Letterになること。
なので、これを

LC_PAPER="ja_JP.UTF-8"

と変えたところ、問題がなくなりました。
locale設定が用紙サイズにも影響しているんですね。
Xubuntuだけでなく、Ubuntuでも同じようなことが起こるのだと思います。

A study of shell script: Convert various image files formats into EPS format

I’m learning shell scripts these days.
Below is a script which converts various image file formats (jpg, png, etc…) into eps format using ImageMagick.
LaTeX user might find this script useful.

#!/bin/sh
#A script which converts various image file formats into EPS format.
#Usage: image2eps.sh filename
#Wild card can be used.

if [ $# = 0 ]
then
echo "Please specify the files you want to convert!"
echo "Usage: image2eps.sh filename"
exit 1
fi

for image in "$@"
do
if [ -f $image ]
then
convert $image `echo eps2:$image | sed 's/\..*$/.eps/'`
else
echo "$image: No such file"
fi
done

Shell color of Xubuntu

I noticed that Xubuntu overrides color of shell.
I looked for the solution and found the colorcode is in ~/.config/Terminal/terminalrc

[Configuration]
ColorForeground=#000000000000
ColorBackground=#ffffffffffff
ColorCursor=#000000000000
ColorSelection=#e3d6e3d6e3d6
ColorSelectionUseDefault=FALSE
ColorPalette2=#66660a3d0a3d
ColorPalette3=#000066661999
ColorPalette4=#4ecf2e2e6666
ColorPalette5=#171734344d4d
ColorPalette6=#800012d38000
ColorPalette7=#000080008000
ColorPalette8=#35357878b3b3
ColorPalette9=#999999999999
ColorPalette10=#80000ccd0ccd
ColorPalette11=#0000a6662999
ColorPalette12=#9d9d5c5ccccc
ColorPalette13=#262656568080
ColorPalette14=#cccc1e6dcccc
ColorPalette15=#0000aaaaaaaa
ColorPalette16=#52529393cccc
FontName=Droid Sans Mono 10
MiscAlwaysShowTabs=FALSE
MiscBell=FALSE
MiscBordersDefault=TRUE
MiscCursorBlinks=FALSE
MiscCursorShape=TERMINAL_CURSOR_SHAPE_BLOCK
MiscDefaultGeometry=80x24
MiscInheritGeometry=FALSE
MiscMenubarDefault=TRUE
MiscMouseAutohide=FALSE
MiscToolbarsDefault=FALSE
MiscConfirmClose=TRUE
MiscCycleTabs=TRUE
MiscTabCloseButtons=TRUE
MiscTabCloseMiddleClick=TRUE
MiscTabPosition=GTK_POS_TOP
MiscHighlightUrls=TRUE
TabActivityColor=#262656568080

By commenting out the items regarding Color, I got the traditional look of shell.

shell

SPM5およびSPM8でAC-PCを自動で設定できるスクリプト

この記事は、http://www.nemotos.net/?p=17で紹介したものを日本語に訳しただけのものです。

2008年10月18日に、Carlton Chu氏がSPMのメーリングリストに便利なスクリプトを投稿しました。
メーリングリストでは特に反応はなかったのですが、非常に有用だと思いますので、本ブログで紹介させていただきます。

このスクリプトの目的はいたってシンプルです:AC-PCを自動的にあわせてくれます!

若干時間がかかります(1例に数分かかります)が、何百例もAC-PCをあわせなくてはいけないような状況では、大きな時間の節約になります。
もし関心があったら、次のスクリプトを試してみて下さい。SPM5、SPM8でうまく動きます。

オリジナルの投稿では、若干動作しないバグがありました。そこを修正してあります。

使用方法:添付のファイルをダウンロードし、SPM5かSPM8に置いてください。その後、MATLABのコマンドウィンドウから、”auto_reorient”とタイプしてください。ファイル選択のウィンドウが立ち上がりますので、AC-PCを設定したいファイルを選択して下さい(複数選択できます)。

function auto_reorient(p)
spmDir=which('spm');
spmDir=spmDir(1:end-5);
tmpl=[spmDir 'canonical/avg152T1.nii'];
vg=spm_vol(tmpl);
flags.regtype='rigid';
p=spm_select(inf,'image');
for i=1:size(p,1)
f=strtrim(p(i,:));
spm_smooth(f,'temp.nii',[12 12 12]);
vf=spm_vol('temp.nii');
[M,scal] = spm_affreg(vg,vf,flags);
M3=M(1:3,1:3);
[u s v]=svd(M3);
M3=u*v';
M(1:3,1:3)=M3;
N=nifti(f);
N.mat=M*N.mat;
create(N);
end

auto_reorient.m

SPMをオンラインでアップデートする方法

SPMは定期的にアップデートされています。spm_updateというコマンドをうつと、自分のSPMのバージョンが最新かどうかチェックできます。

>> spm_update
A new version of SPM is available on:
ftp://ftp.fil.ion.ucl.ac.uk/spm/spm8_updates/
(Your version: 4290 - New version: 4667)

これまで、FTPでアップデートをとってきていましたが、ある方に、spm_update(1)とやると、自動で最新ファイルを入手してくれるよと教わりました。

自分が使っているSPMがちょうどアップデートが必要だったのでやってみました。

>> spm_update(1)
A new version of SPM is available on:
ftp://ftp.fil.ion.ucl.ac.uk/spm/spm8_updates/
(Your version: 4290 - New version: 4667)
2781 files have been updated.

確かにアップデートされます。便利ですね。

New Lin4Neuro based on Xubuntu 12.04

I am pleased to announce the new release of Lin4Neuro based on Xubuntu 12.04LTS.
Only 64-bit version is released this time, but I’m working on 32-bit version so hopefully I will be able to release the 32-bit version in the near future.

I chose Xubuntu 12.04 as a base of Lin4Neuro simply because I don’t like Unity. If you look at the screenshot of new Lin4Neuro, you can tell that I made UI as simple as I could.

At the same time, I keep working on Lin4Neuro based on Ubuntu 10.04LTS, because FSLView doesn’t work on Ubuntu 12.04… I know some of users like to use FSLView, so I keep working on it.

Other than FSLView, there are some differences between versions.

  • New Lin4Neuro (L4N12.04) includes DSI studio in response to a request by Renaud Nicolas.
  • L4N12.04 doesn’t includ N3 tools. I haven’t been able to install the software yet.

So Now you have three options. From now on I will name the each version as following (I do not change the file name of old versions);

You can download each version from http://www.nemotos.net/lin4neuro/

Hope Lin4Neuro will help you enjoy playing with your images.

VBMの結果を用いて容積を測定する方法

VBMで得られる画像を用いて、灰白質や白質画像の容積を求めることができます。

事前の準備として、以下のことが必要です。

  • get_totals.m
  • Ged Ridgwayが公開している容積算出のためのスクリプトです。http://www0.cs.ucl.ac.uk/staff/g.ridgway/vbm/get_totals.mここから入手できます(右クリックしてリンク先を保存としてください)。これをSPMのディレクトリに保存します。

  • WFU PickAtlas
  • これは、局所容積を求めたい時に便利です。マスク画像を簡単に作成することができます。http://fmri.wfubmc.edu/software/PickAtlasここから入手できます。今回はこのセットアップ方法は説明しませんのであしからず。

続きを読む

The location of config file of Menu and Panel of Xubuntu

In the process of remastering customized Xubuntu, I spent lots of time to identify the location of config file of Menu and Panel of Xubuntu. Usually files should be located to /etc/skel, but xfce seems to have different policies.

The menu settings is stored in

~/.config/menus/xfce-applications.menu

and the panel settings is stored in

~/.config/xfce4/xfconf/xfce-perchannel-xml/xfce4-panel.xml

And the system-wide settings are stored in the locations below.

/etc/xdg/xdg-xubuntu/menus/xfce-applications.menu (menu)
/etc/xdg/xfce4/xfconf/xfce-perchannel-xml/xfce4-panel.xml (panel)
/etc/xdg/xfce4/panel/* (panel)

You also need to copy some files in home directory to /etc/skel.

So if you want to reflect your personal customization in system-wide setting, you need to type the following from the terminal.

sudo cp ~/.config/menus/xfce-applications.menu /etc/xdg/xdg-xubuntu/menus/
sudo cp ~/.config/xfce4/xfconf/xfce-perchannel-xml/xfce4-panel.xml \
  /etc/xdg/xfce4/xfconf/xfce-perchannel-xml/
sudo cp -r ~/.config/xfce4/panel /etc/xdg/xfce4/
sudo cp -a .config .gconf .gnome2 .local .bashrc /etc/skel
sudo cp -a ./Desktop /etc/skel/
cd /etc/skel
sudo chown -R root:root .config .gconf .gnome2 .local .bashrc Desktop

Linuxでのファイル・ディレクトリ名一括置換

ときどきファイル名やディレクトリ名を一括で置換したいことがあります。

私の場合、こんなことがありました。

あるデータがこんなディレクトリに入ってきました。

120903
120904
120910

120929

しかし、私の管理方法では、

20120903
20120904
20120910

20120929

としたいわけです。

端末から簡単に打てるコマンドがないかと探したところ、

その名も rename というコマンドがありました。

rename 's/検索文字列/置換文字列/' ファイル・ディレクトリ名(ワイルドカード可)

となるようです。

私の場合

$ rename 's/^12/2012/' *

で目的を達成することができました。
備忘録として残しておきます。

Lin4Neuro日本語版ページの開設

これまで需要がありましたが、多忙にかまけてさぼっていたLin4Neuroの日本語版のページを作成いたしました。英語が苦手な方やとりあえず、何がどうなってるのと思う方々には多少お役に立てるのではないかと思います。
このブログの上の方にある「Lin4Neuro日本語版」をクリックしていただくか、
こちらからご覧ください。