注意：このポストは古いものです。より、新しいガイドは下記から見れます。
以下をご参照ください。
http://www.nemotos.net/?p=1012
以前、Freesurferのインストールを手伝ったことがあったのですが、そのときの文章が出てきたので、以下に記載しておきます。
ちなみに英語でのFreesurferをLinuxにインストールするときの具体的な方法は、
http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/LinuxInstall
に書いてあります。以下は英語を読むのがつらい方のためとでもとっておいてください。
まず、ルートになります。
その後、ダウンロードしてきたファイルを/usr/localにうつします。
安全のためにコピーすることにしましょうか。
落としてきたディレクトリから、以下のコマンドをうってください。
# cp freesurfer-Linux-xxxxx-full.tar.gz /usr/local
となりますね。xxxxは落としてきたバージョンによって変わります。まぁ、基本的に
補完機能を使って、freeまでタイプして後はTabを押せば終わりですけどね。
そしたら、次に/usr/localに移ります。
# cd /usr/local/
そこで、ファイルを解凍します。
# tar -xvf freesurfer-Linux-xxxxx-full.tar.gz
これで、ディレクトリ構造を保ったまま解凍してくれます。
この後、FREESURFER_HOMEは、常に/usr/local/freesurfer
となります。
その後、ライセンスファイルを作成する必要があります。
ダウンロードする前にRegistrationをしますが、登録時のメールアドレスにメールが送られてきます。
その内容をコピーします。
Freesurferのホームディレクトリに移動します。
(とりあえず絶対パスを書いておきます。)
# cd /usr/local/freesurfer
GNOME環境で、初心者ならば、geditなんてエディタがとっかかりやすいかもしれません。
# gedit .license
そうすると、GUI環境でのエディタが立上りますので、そこにメールの内容をコピーして保存します。
これでライセンスファイルが作成されます。
ここまでできたらルートを抜けてください。
# exit
その後、ホームディレクトリに戻ってください。
$ cd
linuxはcd
とだけ打つと勝手にホームに戻ってきてくれます。僕はこれが好きですね。
その後、今度はシェルが立ち上がったときに常にfreesurferが動く設定にします。
今のLinuxのベースのシェルはたいていbashだと思います。freesurferのページにはtcshがいいと書いてありますが、別にbashで問題ないと思いますし、現に私はbashで使用しています。
エディタで.bashrcを立ち上げます。
$ gedit .bashrc
このファイルの文末に以下の2行をコピペしてください。
export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh
そして保存してください。
これでfreesurferのインストールは終わりです。
で、実際に動くかどうかのテストですが、
シェルを立ち上げていただくと、私の場合、以下のようなメッセージが出てきます。（私のは64bit環境です）
——– freesurfer-Linux-centos4_x86_64-stable-pub-v4.5.0 ——–
Setting up environment for FreeSurfer/FS-FAST (and FSL)
FREESURFER_HOME /usr/local/freesurfer
FSFAST_HOME /usr/local/freesurfer/fsfast
FSF_OUTPUT_FORMAT nii
SUBJECTS_DIR /usr/local/freesurfer/subjects
MNI_DIR /usr/local/freesurfer/mni
hogehoge@hogehoge:~>
こんな感じでしょうか。
