K-Lab

I used to write an article, “Run SPM2, SPM5, and SPM8 concurrently.” Though this is a smart way to run different version of SPM, we need to prepare scripts separately. So I came up with another script, called “SPM switcher”. This script brings up a dialog and you can select the version of SPM you want to run.

• Make a directory where you want to save scripts. (e.g. C:\Users\foo\Documents\MATLAB\)
• Add the directory to the path in Matlab. (File -> Set Path -> Add path)
• put spm_rmpath.m in SPM2 and SPM99 directory.

You find this file in SPM5 or SPM8 directory. You can just copy it from SPM5/8 to SPM2/99 directory.

• save switchspm.m in the directory you prepared.
• edit switchspm.m and change “spm_path=’C:\spm\’” according to your circumstance.

Typing switchspm in Matlab command window will bring up a dialog below and you can run different version of SPM easily.

Download switchspm.m (Right click –> Save as)

%switchspm: Run different version of SPM
%This tiny script prompts the dialog which SPM version you want to run.
%Prerequisites
%1. Each version of SPM is supporsed to be located under spm_path.
%2. Please copy spm_rmpath.m from SPM5 or later and put it into SPM99 and
% SPM2 direcotry. Otherwise, Path removal won't work correctly.
%3. Please change the SPM path according to your environment

%%%Please change the path below according to your environment%%%
spm_path='C:\spm\';
%%%

%The path for each version of SPM
spm99_path=fullfile(spm_path,'spm99');
spm2_path=fullfile(spm_path,'spm2');
spm5_path=fullfile(spm_path,'spm5');
spm8_path=fullfile(spm_path,'spm8');
spm12b_path=fullfile(spm_path,'spm12b');

str = ['spm99 '; 'spm2 '; 'spm5 '; 'spm8 '; 'spm12b'];
spmver = listdlg('PromptString','SPM ver you want to run...',...
'SelectionMode','single',...
'ListString',str);

switch spmver
case 1, %spm99
% remove spm path
while true
try
spm_rmpath
catch break;
end;
end;
% add spm99 path
addpath(spm99_path);
% run spm99
spm;

case 2, %spm2
% remove spm path
while true
try
spm_rmpath
catch break;
end;
end;
% add spm2 path
addpath(spm2_path);
% run spm2
spm;

case 3, %spm5
% remove spm path
while true
try
spm_rmpath
catch break;
end;
end;
% add spm5 path
addpath(spm5_path);
% run spm5
spm;

case 4 %spm8
% remove spm path
while true
try
spm_rmpath;
catch break;
end;
end;
% add spm8 path
addpath(spm8_path);
% run spm8
spm;

case 5 %spm12b
% remove spm path
while true
try
spm_rmpath;
catch break;
end;
end;
% add spm12b path
addpath(spm12b_path);
% run spm12
spm;
end

この記事は、http://www.nemotos.net/?p=17で紹介したものを日本語に訳しただけのものです。

2008年10月18日に、Carlton Chu氏がSPMのメーリングリストに便利なスクリプトを投稿しました。
メーリングリストでは特に反応はなかったのですが、非常に有用だと思いますので、本ブログで紹介させていただきます。

このスクリプトの目的はいたってシンプルです：AC-PCを自動的にあわせてくれます！

若干時間がかかります（1例に数分かかります）が、何百例もAC-PCをあわせなくてはいけないような状況では、大きな時間の節約になります。
もし関心があったら、次のスクリプトを試してみて下さい。SPM5、SPM8でうまく動きます。

オリジナルの投稿では、若干動作しないバグがありました。そこを修正してあります。

使用方法：添付のファイルをダウンロードし、SPM5かSPM8に置いてください。その後、MATLABのコマンドウィンドウから、”auto_reorient”とタイプしてください。ファイル選択のウィンドウが立ち上がりますので、AC-PCを設定したいファイルを選択して下さい（複数選択できます）。

function auto_reorient(p)
spmDir=which('spm');
spmDir=spmDir(1:end-5);
tmpl=[spmDir 'canonical/avg152T1.nii'];
vg=spm_vol(tmpl);
flags.regtype='rigid';
p=spm_select(inf,'image');
for i=1:size(p,1)
f=strtrim(p(i,:));
spm_smooth(f,'temp.nii',[12 12 12]);
vf=spm_vol('temp.nii');
[M,scal] = spm_affreg(vg,vf,flags);
M3=M(1:3,1:3);
[u s v]=svd(M3);
M3=u*v';
M(1:3,1:3)=M3;
N=nifti(f);
N.mat=M*N.mat;
create(N);
end


auto_reorient.m

SPMは定期的にアップデートされています。spm_updateというコマンドをうつと、自分のSPMのバージョンが最新かどうかチェックできます。

>> spm_update
A new version of SPM is available on:
ftp://ftp.fil.ion.ucl.ac.uk/spm/spm8_updates/
(Your version: 4290 - New version: 4667)

これまで、FTPでアップデートをとってきていましたが、ある方に、spm_update(1)とやると、自動で最新ファイルを入手してくれるよと教わりました。

自分が使っているSPMがちょうどアップデートが必要だったのでやってみました。

>> spm_update(1)
A new version of SPM is available on:
ftp://ftp.fil.ion.ucl.ac.uk/spm/spm8_updates/
(Your version: 4290 - New version: 4667)
2781 files have been updated.

確かにアップデートされます。便利ですね。