脳画像解析ミニ勉強会 in 神戸 (2015年9月6日)

2015年9月に神戸で脳画像解析のミニ勉強会を企画しています。

ふだんは、私はSPM-VBMを中心にしていますが、

今回は、”脳画像解析Tips -コマンドラインは怖くない-“と題して、

主にdcm2niiとFSLを用いて、コマンドラインを使った処理について学べたらと思います。
GUIでなく、ターミナル内で作業をすることにおっかなびっくりな方々が対象です。
既にコマンドラインを使いこなしている方は学ぶことはほとんどないです。
冷やかしがてら、協力してくださる方々の参加は歓迎です。

日時:2015年9月6日 9:00頃〜15:00頃 (途中適宜休憩)
場所:神戸国際会館セミナーハウス(セキュリティの関係で、部屋番号は、個別にメールでお伝えします)
人数:15人〜20人程度(事前登録制)
会費:無料(これは、来年の包括脳チュートリアルやImPACT研究などでのユーザーニーズ調査を兼ねていますので、無料です)

内容(今、頭にあることですが、参加者のリクエストに応じて適宜修正します)

  • dcm2niiを使ったDICOM→NIFTIファイルへの変換
  • FSLのコマンドラインツールを使った、様々なTips
  • シェルスクリプト入門:Betを何度も繰り返すためのFor構文
  • Grep, sed, AWKでデモグラフィックデータを上手に扱う

参加を希望される方は、下のコメント欄に参加希望の旨、そして、どんなことを学びたいか、記載していただけたら助かります。
よろしくお願いします。

UbuntuでXPSファイルをPDFに変換する方法

Windowsでは、PDFに対抗してXPS形式という形式でファイルを出力することができます。
今はMicrosoft OfficeならばPDFに直接書き出すことができますが、それ以外のソフトウェアでは、WindowsではAdobe Acrobatやその他のPDFに出力することができるソフトウェアを使わないと直接PDF出力ができません。その点、XPS形式ならばどんなソフトウェアからも出力することができます。

出張先で、プリンタがなく、アクセスできるWindowsにPDF出力機能がない場合、XPSをとりあえず出力して、
Ubuntu側でXPSをPDFに変えられるのではないだろうか?と思いました。

そうしましたら、見つけました。その名もxpstopdfというコマンドです。
これは、libgxps-utilsというソフトウェアに入っています。

インストールは簡単です。

$ sudo apt-get install libgxps-utils

使い方もいたって簡単です。
foo.xpsを変換したいならば、

$ xpstopdf foo.xps

で、foo.pdfが出力されます。

気をつけなければいけないのは、ワイルドカードは使えないということです。

xpstopdfの使い方が、

xpstopdf 入力ファイル [出力ファイル]

となっていて、出力ファイルの名前を変更したかったら、その後に書くようになっていますので、

もし、foo1.xps, foo2.xps という2つのファイルがあるとすると、

xpstopdf foo*.xps

は、xpstopdf foo1.xps foo2.xps

となり、foo2.xpsはファイル名こそXPSファイルですが、実質はfoo1.xpsをPDF化したファイルになってしまいます。

とにもかくにも、これで、WindowsのファイルはとりあえずXPSで書きだしておけばちょっとした工夫でPDFに変換できるということがわかりました。

Xubuntu14.04にIBM SPSS 22をインストールし、日本語の文字化けをなくす方法

Linuxで統計をやるならRを使えばいいじゃないと言われそうですが、
同僚がSPSSを多く使う場合、SPSSを動かせた方がいい時もあります。
ただ、インストールしてみたら日本語が文字化けして苦しみました。
ちょっとした工夫でクリアーできたので、ご紹介します。
ちなみに、SPSS_Statistics_22_lin_.binというファイルを使ってインストールしました。

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MRIConvertにおけるNIfTIとFSL_NIfTIの違い

MRIConvertを使って、DICOM画像をNIFTI画像に変換しようとすると、FSL_NIfTIとNIfTIの2つのオプションがあることに気づきます。

MRIConvert_screenshot

この違いは何なのでしょうか?

Short Answer:
SPMで解析をするならば、どちらでもかまいません。ただ、どちらかに統一してください。FSLで解析をするならば、FSL_NIFTIを勧めます。

Long Answer:
これは、NIfTI画像のヘッダー情報に対しての多少の知識が必要です。

NIfTI画像には、ヘッダーの中に座標系の情報を保存するところが2箇所あります。
qformとsformというものです。

qformとsformの違いは、ものすごくシンプルに説明してしまうならば、
qform: MRIスキャナーから来る情報
sform: 画像ソフトで位置を変換した後の情報

のようにとらえるといいかもしれません。

もっと解説を知りたい人は、以下の2つのサイトをご覧ください。

ヘッダーのqformとsformを見る簡単な方法は、FSLをお使いの場合は、”fslhd”というコマンドで見ることができます。

で、MRIConvertでNIFTIとFSL_NIFTIを選んだ際、このqformに書き込まれる値が変わってきます。

MRIConvertのヘルプの中に”File formats”というものがあります。その内容を引用します。

NIfTI
NIfTI output is based on the most straightforward conversion of DICOM to NIfTI according to the NIfTI standard. Image data is not rewritten, and the image orientation relative to NIfTI’s standard RAS axes is given by the qform fields. You can expect axial images to be stored LPS. How they are displayed and interpreted will (as always) depend entirely on the software you use to read them, its assumption about data order, and its support (or lack thereof) for the qform information. Any software fully compliant with the NIfTI standard should be able to read these files and their orientations.

FSL/NIfTI
This is an output format specifically designed for use with FSL. It should be emphasized that this is a fully compliant NIfTI file, and not an FSL-specific variant. However, data order and some header fields have been modified to make use with FSL a bit smoother. Data is flipped top bottom, as in the Analyze 7.5 output, to avoid problems with FSL’s coordinate system. This will also result in a more intuitive view in FSLView and other FSL-generated reports. All transformations are accounted for in the qform fields. Also, the data type for unsigned 16 bit data has been changed to signed 16 bit, as FSL does not yet support the unsigned 16 bit data type. This should not be a problem for MRI data, as it uses only the lower 12 bits. Also, for Siemen’s diffusion images, bvals and bvecs files will be created automically. The values in these files will reflect any rotation of the image volume relative to the gradient coordinates, and will be correspond to the order of the data on disk.

ポイントは、FSL_NIfTIでは、

  • 上下がひっくり返る
  • 16bitのUnsignedデータが16bitのSignedデータに変わる

の2つです。後者はさほど影響がないので、前者が一番大きな変化があるところです。

試しに、ある3D-T1画像の矢状断を、MRIConvertで変換した後のqformとsformは以下のようになります。

  1. NIFTIオプションで変換した場合
  2. qform_name     Scanner Anat
    qform_code     1
    qto_xyz:1      0.046728  -0.019294  0.598874  -100.824997
    qto_xyz:2      -0.975481  0.000099  0.028700  162.692993
    qto_xyz:3      -0.001022  -0.976409  -0.011831  119.240997
    qto_xyz:4      0.000000  0.000000  0.000000  1.000000
    qform_xorient  Anterior-to-Posterior
    qform_yorient  Superior-to-Inferior
    qform_zorient  Left-to-Right
    sform_name     Unknown
    sform_code     0
    sto_xyz:1      0.000000  0.000000  0.000000  0.000000
    sto_xyz:2      0.000000  0.000000  0.000000  0.000000
    sto_xyz:3      0.000000  0.000000  0.000000  0.000000
    sto_xyz:4      0.000000  0.000000  0.000000  0.000000
    sform_xorient  Unknown
    sform_yorient  Unknown
    sform_zorient  Unknown
    file_type      NIFTI-1+
    file_code      1
    descrip        Ax FSPGR-IR 3DSag
    

    qformのxorient, yorient, zorientに注目してください。

    qform_xorient Anterior-to-Posterior
    qform_yorient Superior-to-Inferior
    qform_zorient Left-to-Right

    となっていますね。

    これを、FSLViewで表示すると、以下になります。

    subj1_NIFTI

    なんか変になっていますね。本当は、以下のような表示にしたいわけです。

    subj1_standard

    この場合の、qformは下記になっています。
    qform_xorient Left-to-Right
    qform_yorient Posterior-to-Anterior
    qform_zorient Inferior-to-Superior

    3つの画像を見ると理解が難しいので、ひとつに絞って考えます。
    FSLViewの左下の画面(標準では、水平断が表示される部分)に着目します。

    水平断で表示される軸はX軸とY軸です。

    標準画像では、

    qform_xorient Left-to-Right
    qform_yorient Posterior-to-Anterior

    となっています。これはRightが正の値、Anteriorが正の値という意味になります。
    X軸がプラス(今はプラスが画面の左側です)になればなるほど、脳のRightであり、Y軸がプラス(プラスが画面の上側です)になればなるほど、脳のAnteriorに行くということです。

    それが、上記のNIFTI画像では、

    qform_xorient Anterior-to-Posterior
    qform_yorient Superior-to-Inferior

    となっていますから、

    X軸方向が、プラスになればなるほど、脳のPosteriorになり、Y軸がプラスになればなるほど、脳のInferiorになるわけです。

    確かにそう言われれば、そのとおりになっていますね。

  3. FSL_NIFTIオプションで変換した場合
  4. それでは、FSL_NIFTIの場合は、どうなるでしょうか。
    その時の、ヘッダーは以下のようになります。

    qform_name     Scanner Anat
    qform_code     1
    qto_xyz:1      0.046642  0.019297  0.598877  -105.775185
    qto_xyz:2      -0.975485  -0.000097  0.028647  163.694595
    qto_xyz:3      -0.001018  0.976409  -0.011833  -130.693604
    qto_xyz:4      0.000000  0.000000  0.000000  1.000000
    qform_xorient  Anterior-to-Posterior
    qform_yorient  Inferior-to-Superior
    qform_zorient  Left-to-Right
    sform_name     Unknown
    sform_code     0
    sto_xyz:1      0.000000  0.000000  0.000000  0.000000
    sto_xyz:2      0.000000  0.000000  0.000000  0.000000
    sto_xyz:3      0.000000  0.000000  0.000000  0.000000
    sto_xyz:4      0.000000  0.000000  0.000000  0.000000
    sform_xorient  Unknown
    sform_yorient  Unknown
    sform_zorient  Unknown
    file_type      NIFTI-1+
    file_code      1
    descrip        Ax FSPGR-IR 3DSag
    

    qformについては、以下のようになっています。

    qform_xorient Anterior-to-Posterior
    qform_yorient Inferior-to-Superior
    qform_zorient Left-to-Right

    そして、画像は、以下のようになります。

    subj1_FSLNIFTI

    先ほどと同じように、左下の画面だけで考えると、
    qform_xorient Anterior-to-Posterior
    qform_yorient Inferior-to-Superior

    となり、X軸がプラスになると、脳のPosteriorの方向に、
    Y軸がプラスになると、脳のSuperiorの方向に

    となります。

    MRIConvertの説明にあるように、脳の上下がひっくり帰りましたね。

    つまり、これからわかることは、FSLViewは(sformの値がない場合は、)qformの値を見て、それに従って表示しているということになります。
    ちなみに、sformは今はすべて0です。その場合、sformは入っていないと判断されるとのことです。

  5. SPMの場合
  6. 同じ画像をSPM12で表示すると、下記のようになります。上側にNIFTIオプション、下側にFSL_NIFTIオプションで変換した画像を表示します。

    subj1_spm

    これからわかるように、どちらでも変わりません。なおかつ、標準脳の座標空間と同じになっています。

    SPMのメーリングリストで、John Ashburnerが以下のように発言しています。
    引用元はこちら

    When orientations are read, the sform is used in preference to the qform. If
    the sform is not specified, then the qform is used. If qform is not
    specified, then SPM assumes that images are stored axially and their
    left-right is determined by spm_flip_analyze_images.

    これから推察するに、SPMでは、sformなりqformをみる際に、そのOrientationを判断し、そして、標準空間で表示するわけです。

これは、どちらが優れているとかそういうものではなく、その裏側にある哲学の相違に過ぎません。
いずれにしろ、NIfTI画像のヘッダー情報に、画像のOrientationに関係するものとして、qformとsformというものがあり、種々のソフトウェアはその情報を元に画像を表示しているということがわかりました。
ちなみに、FSLで、標準脳と同じ空間で表示するには、fslreorient2stdというコマンドを使って一度変換してあげる必要があります。その方法は、別の記事(FSLViewで画像が正しい向きで表示されない時)にまとめてありますので、そちらをご覧ください。

Ubuntuでlessを使って構文をカラー表示する方法

viやgeditなどを使うと、シェルスクリプトなど、様々な構文を自動でカラー表示させることができて便利です。しかし、lessで表示させると白黒でわかりづらくなってしまいます。

そこで、lessでカラー表示する方法がないか調べたところ、様々な方がその情報を発信されていました。

  • とりあえず、解決法
  • 時間がない方は、以下の2つをやってください。

    まず、source-highlightをインストールします。

    $ sudo apt-get install source-highlight
    

    次に、以下の2行をホームディレクトリにある.bashrcに追加します。

    #Source-hilight with less
    export LESSOPEN="| /usr/share/source-highlight/src-hilite-lesspipe.sh %s"
    export LESS='-R'
    

    これを保存し、シェルを新しく起動すると、lessでシェルスクリプトが色付きで表示されるようになります。ちょっと感動です。

    私のサンプルスクリプトは下図のようになります。

    less_color

    ここまでなら、いくつもあるのですが、原典にあたってみたいということと、LESSとLESSOPENの意味を調べてみたので、少し紹介します。

  • 原典
  • この情報の出処は、GNU Source-highlightの解説サイトと考えられます。こちらになります。

    引用しておきます。

    This was suggested by Konstantine Serebriany. The script src-hilite-lesspipe.sh will be installed together with source-highlight. You can use the following environment variables:

    export LESSOPEN=”| /path/to/src-hilite-lesspipe.sh %s”
    export LESS=’ -R ‘

    This way, when you use less to browse a file, if it is a source file handled by source-highlight, it will be automatically highlighted.

  • 変数LESSの意味
  • 次に、LESS=’-R’の意味が何かを調べてみました。いろいろ調べたところ、lessのmanページの解説が一番しっくりきました。以下のように記載されています。

    -R または –RAW-CONTROL-CHARS
    -r と似ているが、可能な場合には画面表示を正しく維持しようとする。 このオプションが有効なのは、入力が通常のテキストの場合である。入力には ANSI の「カラー」エスケープシーケンスが含まれていてもよい。 このシーケンスは

    ESC [ … m

    のような形式で、”…” は “m” 以外の 0 個以上の文字である。画面の状況を保つため、 全ての制御文字と ANSI カラーシーケンスは カーソルを移動させないと仮定している。 less に “m” 以外の文字を ANSIカラーエスケープシーケンスの終了文字として認識させることもできる。そのためには、認識させたい終了文字のリストを 環境変数LESSANSIENDCHARS に設定すればよい。

    ここに「カラー」エスケープシーケンスとありました。
    どうもこれを指定することで、色がきちんと表示されそうです。
    ちなみに、これを指定しないとどうなるかやってみました。
    その結果は、一目瞭然です。

    less_bw

  • LESSOPENの意味
  • 次に、LESSOPENです。なぜ、最初にいきなりパイプが入っていたり、最後に%sがあるのでしょうか。これも、lessのmanページに記載がありました。引用します。

    入力プリプロセッサ
    less のための「入力プリプロセッサ」を定義することができる。 less がファイルを開く前に、入力プリプロセッサで 入力ファイルの内容の表示の仕方を変更することができる。 入力プリプロセッサに渡される。 入力プリプロセッサは、ファイルの内容を 代替ファイルと呼ばれる別ファイルに書き出す 単純な実行可能プログラム (もしくは、シェルスクリプト) である。 代替ファイルの内容がオリジナルファイルの内容の代わりに表示される。 しかし、ユーザーにとってはオリジナルファイルが開かれているかのように見える。less は現在の代替ファイルの名前としてオリジナルファイルの名前を表示する。

    入力プリプロセッサは、ユーザーによって入力される オリジナルファイル名を1 つのコマンドライン引き数として受け付ける。 そして、代替ファイルを生成し終えると、代替ファイル名を標準出力に表示する。 入力プリプロセッサが代替ファイル名を出力しない場合、less は標準としてオリジナルファイルを用いる。 入力プリプロセッサは、標準入力を閲覧する場合には呼び出されない。
    入力プリプロセッサを設定するためには、 入力プリプロセッサを呼び出すコマンドラインを環境変数 LESSOPENに設定する。このコマンドラインには、入力プリプロセッサコマンドが呼び出されるときに、ファイル名に置き換えられる文字列 “%s” を含んでいなければならない。

    ここで%sの意味が明らかになりました。最後の%sは、ファイル名を意味するのですね。

    その後に以下のような記載があります。

    ファイルのデータを代替ファイルに書き出さず、そのまま、less にパイプするような入力プリプロセッサを設定することも可能である。こうすることにより、閲覧する前に圧縮ファイル全体を展開するのが避けられる。このような働きをする入力プリプロセッサは、入力パイプと呼ばれる。 入力パイプは、代替ファイル名を標準出力に表示する代わりに、代替ファイルの内容全てを標準出力に書き出す。入力パイプが標準出力に何も書き出さない場合、代替ファイルは生成されず、less は普通にオリジナルファイルを使う。入力パイプを使う場合は、入力プリプロセッサが入力パイプであることを知らせるために、環境変数 LESSOPEN の最初の文字を、縦棒 (|) に設定する。

    つまり、LESSOPENの最初に指定するパイプ(|)は、入力プリプロセッサが入力パイプであることを明示しているわけですね。

    つまり、私の理解では、上記の2行によって、

    • ファイルをパイプで、src-hilite-lesspipe.shに渡す。%sは渡すファイル名を意味
    • 変数LESSに-Rを指定することによって、色のエスケープシーケンスを設定し、端末上に色が表示されるようにする

    ことを可能にしているわけですね。

掘り下げて勉強した結果、manページに当たることの大切さを再び学びました。

How to install official NVIDIA drivers on Xubuntu 14.04

(I wrote this post originally in Japanese, but this post may be helpful universally, so re-write in English.)

I got a new PC with NVIDIA GeForce GTX 750 Ti in December 2014.

At that time nvidia-current did not support GTX750Ti, so I needed to install drivers from nvidia website. However, some tweaks were needed to get things done, so I drop a note how to install NVIDIA drivers without much pain.

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A Matlab script to generate ROI masks using an Atlas in SPM12

SPM12 introduces some useful functions such as spm_atlas or new atlas “labels_Neuromorphometrics.” We find the description about labels_Neuromorphometrics in SPM12 Release note.

Maximum probability tissue labels derived from the “MICCAI 2012 Grand Challenge and Workshop on Multi-Atlas Labeling” are available in files tpm/labels Neuromorphometrics.{nii,xml}. These
data were released under the Creative Commons Attribution-NonCommercial (CC BY-NC) with no end date. Users should credit the MRI scans as originating from the OASIS project and the labeled
data as “provided by Neuromorphometrics, Inc. under academic subscription”. These references should be included in all workshop and final publications. See spm templates.man for more details about the generation of this file.

I wanted to generate masks of some regions using this labels_Neuromorphometrics.

Below is the tiny script which generates masks from your preferred atlas.
Running script brings up a file selector. You can choose any atlas you want.
Then it brings up another dialog which lists the region within the atlas. You can choose as many regions as you want, and the scripts generates masks whose file name is the name of the regions.


%generate_masks_from_atlas.m
%This script generate mask files from any atlases you prefer.
%K. Nemoto 25 April 2015

xA=spm_atlas('load');
S=spm_atlas('select',xA);

for i = 1:size(S,2)
    fname=strcat(S{i},'.nii');
    VM=spm_atlas('mask',xA,S{i});
    VM.fname=fname;
    spm_write_vol(VM,spm_read_vols(VM));
end

Download generate_masks_from_atlas.m (right click and save as)

A Matlab script to set origin to the center of the image using SPM

Sometimes we need to handle images whose origin is far from the center of the image.
My friend, Fumio Yamashita, from Iwate Medical University wrote a script which set the origin to the center of the image.

Usage is very simple.

    Download
  1. setorigin_center.m (Right click and save as…) and save in SPM directory or any directories under MATLAB path.
  2. Type the following in Matlab command window.
  3. >>setorigin_center
  4. This will pop up the file selector, so choose the images you want to set the origin to the center.

That’s it.

Below is the example of the script.

Left is before applying the script. You can see that the origin is far from the center.
Right is after applying the script. Now origin is set to the center.

setorigin_screenshot

(筑波大関係者専用)Ubuntuで筑波大のVPNサービスに接続する方法

筑波大の学術情報メディアセンターはVPNサービスを運用してくださっています。
非常にわかりやすいマニュアルを提供してくださっていますが、残念ながら、Linuxのマニュアルはまだ提供されていません。

そこで、私の環境(Xubuntu 14.04)でOpenVPNを使ってうまくVPN接続に成功しましたので、備忘録を兼ねて書いておきます。

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Ubuntu12.04以降に本家TeX Live 2014を簡単にインストールする方法

先日、私のシステムをXubuntu 12.04からXubuntu 14.04にアップグレードしました。
私はLaTeXに関しては、本家のTeX Live 2014を使っています。インストーラーは十分に使いやすいのですが、怠け者なので、より簡単にできないかと方法を探してみました。

なぜかというと、本家を使う場合、リンクにあるように、少し設定が必要だからです。

そのリンクをひとつずつ確認していたところ、ある方が、Ubuntu用の本家TeX Live 2014インストールスクリプトを公開しているということを知りました。

早速トライしてみたら便利だったので、紹介します。

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Ubuntu 14.04 へのFreeSurferのインストール

以前、FreeSurferのインストールの方法を記載しましたが、しばらく時間が経ちました。最近、改めてFreeSurferをインストールする機会がありましたので、改めてまとめてみます。2014年12月現在、FreeSurferのバージョンは、5.3.0です。コピペでもいけるぐらいにまとめてみます。

英語でのFreesurferをLinuxにインストールするときの具体的な方法は、
http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/LinuxInstall
に書いてあります。以下は英語を読むのがつらい方のためです。

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2014年12月包括脳VBMチュートリアル配布資料(VBMの実践)

2014年12月13日に包括脳MRI脳画像解析チュートリアルが開催されました。
私はVBMチュートリアルを担当しましたが、その時の配布資料を公開します。

このPDFは、「すぐできるVBM」の補足のような位置づけにあります。
すぐできるVBMのサンプルデータを使っていますし、チュートリアルを受講していない方々でも、このPDFを参考にしていただければ、さらなる知識が得られるのではないかと思います。

ダウンロードはこちらからどうぞ。

SPM8とSPM12をよりスマートに同一のMatlabのライセンスで使用する方法

しばらく前に、SPM8とSPM12を同一のMatlabのライセンスで使用する方法という記事を書きましたが、先日の包括脳チュートリアルのアンケートで、「SPM8とSPM12を併存する方法がわかりにくい」というご指摘をいただきました。

ということで、ひとつのスクリプトで全部解決できる方法を考えてみました。
奇しくも、SPM-MLで同じような話題があり、私もその話題に加わったもので、その結果を受けています。

続きを読む

Linuxにおけるハイフンの意味

ときどき、下記のような表現を見ます。

$ wget -O- http://www.example.com/example.gpg.key | sudo apt-key add -

この -Oのあとについているハイフンや、apt-key addのあとについているハイフンの意味をきちんと理解していませんでした。

改めて、調べたら、いろいろな方が解説してくれていました。

結論からいうと、

Linuxにおけるハイフンは、標準入出力をさす

のですね。

上記の例の場合、wget -O は本当はファイル名を引数にもつはずで、

wget -O file となるはずなんです。

でも、今の場合、-を指定することで、

wget -O- はその内容を、標準出力に表示するんですね。
今の場合は、example.gpg.keyが表示されるわけです。

で、上記の場合、さらにパイプがつながっていて、apt-key add -と続きます。
今回のハイフンは、今度は標準入力になるわけですね。

つまり、example.gpg.keyの内容が標準出力に出力され、
それがパイプで今度は標準入力になって、apt-key addの引数として使われるわけです。

となると、次と同じということですね。

$ wget -O tmpfile http://www.example.com/example.gpg.key
$ sudo apt-key add tmpfile
$ rm tmpfile

ハイフンを上手に使うことで一時ファイルを作ることなくパイプを使うことができるわけです。
スマートですね。

Xubuntu 14.04にNVIDIAの最新ドライバーをインストールする方法(Xubuntuをテキストモードで起動させる方法)

先日、新しいデスクトップマシンが職場に到着しました。
早速、Lin4Neuro-14.04をインストールしたところ、画面解像度が1280×1024までしかでなく、悲しいことに…。

グラフィックボードはNVIDIA GeForce GTX 750 Tiが搭載されています。

Ubuntuのnvidia-currentではまだ未対応であることから、本家のサイトからドライバーをインストールすることとしましたが、ひと手間だったので、その経過をまとめます。

続きを読む

Lin4Neuro based on Xubuntu 14.04LTS was released

I managed to customize Xubuntu 14.04LTS to be Lin4Neuro-14.04.

L4N-trusty-screenshot

For this customization I did the following;

  • .desktop files for neuroimaging analysis packages are stored in .local/share/applications
  • Neuroimaging.directory is stored in .local/share/desktop-directories.
  • Custom icons are stored in ~/.icons

If you look at these files, you will see how you can add your entries to menu.

I keep maintaining Xubuntu 12.04 because I am not certain Connectome mapper works in Xubuntu 14.04. If you want to use Connectome mapper, I recommend to use Lin4Neuro 12.04.

Grubで困った時にまずすること

先日、デュアルブートのマシンでXubuntuのアップデートをした時にGrubがアップデートされ、質問に適当に答えていたら、Grubのエントリーが消えてしまうという事件がありました。

Grubの設定をいろいろするのはめんどくさい、何かいい方法がないかなと探していました。
そうしたら、ありました。めんどくさがりにぴったりなコマンドが。

$ sudo update-grub

これで、システムに入っているOSを探し出し、自動でメニューにエントリーしてくれます。

ということで、Grubで困ったら、焦らず、まずはupdate-grubをタイプしてみてはどうでしょうか。

Mac OSX YosemiteにアップグレードしたらFSLが動かなくなった場合の対処法

私自身も遭遇しましたし、他の方からも問い合わせがありましたので、簡単に記載しておきます。

MacをYosemiteにアップグレードした際に、FSLが動作しなくなることがあります。
その際には、バタバタする前に、まず、XQuartzを再インストールしてみてください。
それだけで問題が解決することがあります。

本家にも情報がありました。

Note for Yosemite (10.10) users: even if you have previously installed X11, you will need to reinstall it from the XQuartz web page to get FSL to work.

これで、問題解決といって大丈夫そうです。

Making 2-up pdf files using pdfnup included in Tex Live 2014

I needed to make a 2-up pdf out of slide pdfs. That is, original slide pdf is landscape, and I wanted to put 2 slides in one page.

Googling led me “pdfnup”. Since I installed Tex Live 2014 on my machine, pdfnup was already installed.

So, I tried the following

$ pdfnup --orient portrait --nup 1x2 input.pdf

This resulted in error, which said

  pdfnup ERROR: the --orient option is not allowed,
  use --landscape or --no-landscape to specify
  the output page orientation</blockquote>

so I used –no-landscape option

$ pdfnup --no-landscape --nup 1x2 input.pdf

This made input-nup.pdf and that is 2-up pdf!

This tool is so useful for preparing handouts for presentation.

In addition to the above example, the author shows a nice example of how to produce a handout from a file of presentation slides.
For slides made with the standard 4:3 aspect ratio a nice 6-up handout on A4 paper can be made by

$ pdfjam --nup 2x3 --frame true --noautoscale false \
  --delta "0.2cm 0.3cm" --scale 0.95 myslides.pdf \
  --outfile myhandout.pdf