Ubuntu 18.04 mini.iso から構築するLin4Neuro 18.04版

現在、Lin4Neuro 18.04版を開発しており、仮想マシン版は公開できているのですが、iso版はまだ公開できていません。
リマスタリングに苦労しております。

もし、WorkstationにLin4Neuroを構築したい場合、Ubuntuから公開されている mini.iso を利用することで、
(比較的容易に)構築することができます。

以下、方法を示します。なお、スクリーンショットはVirtualBoxを用いて作成したものです。
仮想マシンで試されてから実機に応用していただけたらと思います。
なお、実機の場合、ネットワークは最初は無線LANは自動で認識しませんので、有線LANでネットワークに接続してください。

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FSL で imglob: command not found と出た時の対処方法

FSLをきちんとインストールしたつもりなのに、imglob, imcp, immv のいずれかを実行したり、eddy などのコマンドを実行すると、

imglob: command not found

というエラーが出ることがあります。

これは、FSLのインストールがうまくいっていないサインです。

FSLのサイトにも記載があります。

しかし、もうひと工夫必要なので記載します。

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MRIcroGL および dcm2niix の MacOSでのセットアップ方法

2019.01.07 追記: MRIcroGLは開発者のChris Rorden教授のGitHubから直接ダウンロードした方がバージョンが新しいので、こちらで案内することとしました。

DICOM -> nifti ツールとして dcm2nii が有名ですが、開発者の Chris Rorden は、 dcm2nii の開発はすでに終了しており、後継の dcm2niix の開発を継続しています。
dcm2niix は dcm2nii よりも変換速度が非常に速く、BIDS形式にも対応しているなど、使い勝手も向上しています。
MRIcroGLに搭載されていますので、MRIcroGLをインストールすることで使えますが、パスの設定を通しておかないともったいないのでその方法を記載します。

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