MRIcroGL および dcm2niix の MacOSでのセットアップ方法

2019.01.07 追記: MRIcroGLは開発者のChris Rorden教授のGitHubから直接ダウンロードした方がバージョンが新しいので、こちらで案内することとしました。

DICOM -> nifti ツールとして dcm2nii が有名ですが、開発者の Chris Rorden は、 dcm2nii の開発はすでに終了しており、後継の dcm2niix の開発を継続しています。
dcm2niix は dcm2nii よりも変換速度が非常に速く、BIDS形式にも対応しているなど、使い勝手も向上しています。
MRIcroGLに搭載されていますので、MRIcroGLをインストールすることで使えますが、パスの設定を通しておかないともったいないのでその方法を記載します。

1. MRIcroGLのインストールファイルのダウンロード

MRIcroGLはこちらのページから入手できます。



MRIcroGL12_macOS.dmg がインストールファイルです。

2. インストール

MRIcroGL12_macOS.dmg を開くと、MRIcroGL および MRIcroMTL のアイコンが現れます。



この違いですが、本家のサイトには以下のように記されています。

MacOS version includes two versions: MRIcroGL uses OpenGL for rendering, MRIcroMTL uses Apple’s Metal for rendering.

ここでは MRIcroGL をApplicationにドラッグ＆ドロップします。



基本、インストールはこれで終わりです。

3. セキュリティ

近年のMacOSはセキュリティに厳しくなっています。
MRIcroGLを最初に起動する際には工夫が必要です。

まず、アプリケーション　-> MRIcroGL とクリックします。

そうすると、以下の画面が出て起動できません。



ここで、MacOSのシステム環境設定に移動します。



「セキュリティとプライバシー」をクリックします。



そうすると、下図のようになりますので、「このまま開く」をクリックします。



さらに確認がでますので、「開く」をクリックします。



これでようやく、MRIcroGL が起動します。起動時は何も表示されませんが、”File” -> “Open Standard” -> mni152 を選択することにより、下図のような表示を得ることができます。



4. dcm2niixのパス設定

さて、これからが本題です。dcm2niix へのパスの設定を行います。
dcm2niix のパスは、上に記した方法でインストールしたならば、 /Applications/MRIcroGL.app/Contents/Resources/dcm2niix となります。

これをパスに追加します。

以下の内容をそのままコピペでターミナルに貼り付けていただければパスの設定ができます。

echo '' >> ~/.bash_profile
echo '#MRIcroGL' >> ~/.bash_profile
echo 'PATH=$PATH:/Applications/MRIcroGL.app/Contents/Resources' >> ~/.bash_profile

これを簡単に解説します。

echo ” >> ~/.bash_profile
空白行を ホームディレクトリの下にある .bash_profile に追加します。
空白行を追加する理由は、上に何か記載があったときに、空白行がないとわかりにくいからです。

echo ‘#MRIcroGL’ >> ~/.bash_profile
これは、コメントとして #MRIcroGL という文字を .bash_profile に追加しています。

echo ‘PATH=$PATH:/Applications/MRIcroGL.app/Contents/Resources’ >> ~/.bash_profile
ここが一番大事なところで、

PATH=$PATH:/Applications/MRIcroGL.app/Contents/Resources

という一文を .bash_profile に追加しています。

今、気をつけないといけないのは、 echo のあとは、すべてシングルクォーテーションであり、ダブルクォーテーションではないということです。
シングルクォーテーションは、変数を展開しません。 $PATH は $PATH のままです。

一方、ダブルクォーテーションは、変数を展開してしまいます。
echo “$PATH” とすると、設定されているパスが表示されます。
今はそれはしたくないので、シングルクォーテーションにしています。

5. ターミナルの再起動

この変更を有効にするには、ターミナルを一度終了し、再度ターミナルを起動します。

6. dcm2niix の起動

ターミナルから以下をタイプしてください。

dcm2niix

そうすると、以下のような表示になるはずです。dcm2niix のヘルプが表示されます。

Compression will be faster with 'pigz' installed http://macappstore.org/pigz/
Chris Rorden's dcm2niiX version v1.0.20181218  GCC8.2.0 (64-bit MacOS)
usage: dcm2niix [options] <in_folder>
 Options :（以下省略）

これで、dcm2niix のパスが通ったことがわかります。