先日、FSLのJHU-labels.xml から、sed を使って領域名だけを抽出する方法を書きました。
その後、awk を使うともっとエレガントにできてしまうことに気づきました。
ポイントは、awk は、 区切り文字を複数指定できる ということです。
FSLのJHU-labels.xml から、awk を使って領域名だけを抽出する方法
カテゴリ別アーカイブ： Linux
シェルスクリプトの 2>&1 について理解する
スクリプトについて学んでいると、 2>&1 という表現に出会います。
ちょっと調べると「標準エラー出力を標準出力に吐き出す」などと書いてあります。
これについていろいろ勉強して、ようやく腑に落ちるところまで理解できたので記事にしてみます。
BashコマンドとPythonの対応表
私は bash などのシェルでのディレクトリ操作、ファイル操作の頻用コマンドは頭に入っているのですが、Pythonで同じことをやろうとするといつも戸惑います。なので、一覧表を作成してみました。なお、近年は os モジュールよりも pathlib モジュールがよく使われるとのことでその対応表もまとめてみました。なお、 os モジュールの説明中に shutil も入っています。コピーや削除はこちらを使うので、ここに入れておきます。
Ubuntuを使用する際、IPv6 環境やポート22 が閉じている場合に SSH でGitHub/GitLabを操作するための対処法
私は GitHub と GitLab をどちらも使っています。
ほぼ同時期に以下のことが起き、GitHub/GitLab との通信ができなくなりました。
- ある場所のネットワークがIPv6に切り替わった。
- 勤務先のひとつのネットワークが更新され、ポート22が閉じられた。
それぞれ調べて、以下のことがわかりました。
xargs の理解
シェルスクリプトで、パイプの後に xargs を使って処理を行うことがあります。
あまりこの使い方がピンと来ていなかったのですが、改めて man を読むとポイントは2つかなと思いました。
Lin4Neuroの Ubuntu 20.04版 から Ubuntu 22.04版 へのアップグレード
Lin4Neuroは現在、Ubuntu 22.04版がメインとなっています。
FreeSurferがまだUbuntu 24.04に対応していないためです。
しばらく前からLin4Neuroを使っている方は、Ubuntu 20.04版をお使いの可能性があります。
これをUbuntu 22.04版に更新する方法を説明します。
Ubuntuで apt-key が廃止になった今、理解しておいた方がいいこと
Ubuntuでサードパーティーのソフトウェアをインストールする際、過去には、apt-key コマンドでパッケージの電子署名用のOpenPGP公開鍵を扱っていました。
しかし、現在、apt-keyは廃止となりました。
私の中で混乱があったのでポイントをまとめました。
Lin4Neuroアンケート結果
Lin4Neuroのアンケートについてご協力いただきありがとうございました。アンケート結果を公開します。
Bashのシェルスクリプトのshebang行は #!/usr/bin/env bash の方がいいかもしれない
シェルスクリプトを記載する時、bashで実行されることを意識する際、冒頭のシェバン (shebang) 行に
#!/bin/bash
と記載することが多いです。
Linuxではこれで全く問題ないのですが、近年の macOS の状況を見ていると、これはちょっと考え直した方がいいかなと思ってきました。
簡潔に言うと、
#!/usr/bin/env bash
とするのが汎用性の高い運用になると思います。
mkdir -p のあまり知られていない機能
mkdir -p は mkdir --parents であり、必要に応じて親ディレクトリを作成する便利なオプションです。
しかし、ふと、man を見たらもうひとつの機能があることに気づきました。それは「ディレクトリが存在していてもエラーを返さない」というものです。
私はこれまでいつもスクリプトでディレクトリを作成する際は、
[[ -d some_directory ]] || mkdir some_directory
としていました。
しかし、実は、これは
mkdir -p some_directory
で終わってしまうということですね。
小さなことですが、勉強になったので、備忘録として記録しておきます。
Ubuntu でNVIDIAのGPUがうまく動かなくなった時の対処法【2024年12月版】
NVIDIAのGPUドライバーがプロプライエタリからオープンソースに移行したことに伴い、過去にプロプライエタリドライバを使っていた方がアップデートがうまくいかずトラブル場合が多々あります。
その時の対処法を以下に示します。
VirtualBox のDebian 12 ゲストに Guest Additions をインストールする方法
VirtualBox上でDebianをインストールしていろいろ試しているのですが、Guest Additionsをインストールしようとしてちょっと困ったので、備忘録として残しておきます。
short answer
cd /media/cdrom sudo sh VBoxLinuxAdditions.run
でいけます
long answer
最初、普通Ubuntuでやるように
cd /media/cdrom sudo ./VBoxLinuxAdditions.run
としたところ、
sudo: unable to execute ./VBoxLinuxAdditions.run: Permission denied
となりました。
なんでだろうと思ったところ、https://forums.virtualbox.org/viewtopic.php?t=58799にヒントが書かれていました。
cdromをマウントする際、/etc/fstabに
/dev/sr0 /media/cdrom0 udf,iso9660 user,noauto 0 0
と書かれています。この noauto を exec にすることで、実行可能になるということでした。
もちろん、これを exec に変えるのも方法ですが、この場合、任意のCDが実行されてしまうリスクもはらんでいます。
それ以外の方法がないかと考えたところ、直接実行するのではなく、シェルから実行するという方法があるかなと思いました。
そうしたら、上記のリンクの最後にその旨が書かれていました。
なので、実際に試してみました。
cd /media/cdrom sudo sh VBoxLinuxAdditions.run
そうしたところ、あっさりと動きました。
スクリプトを直接実行ではなく、シェルから実行というのは常に頭のどこかに置いておくといいんだなということを学びました。
2024年10月現在、FreeSurferはUbuntu 24.04 では動作しません
ときどきこの質問を受けるので言及しておきます。
2024年4月にUbuntu 24.04が公開されました。
しかし、Ubuntu 24.04上では現行のFreeSurfer 7.4.1は動きません。
このため、FreeSurferを実行したい場合は、しばらくUbuntu 22.04からアップグレードしないようにしましょう。
df -h $PWD が何気に便利
UNIX系OSで、 df というコマンドがあります。ファイルシステムのディスク使用量を知るためのコマンドです。
df -h はファイルサイズをわかりやすく示してくれます。
それぞれの違いを見てみます。
Linux と macOS の seq -w の動作の違い
seq -w は、連続する数字のゼロ埋めをする時に便利です。
たとえば
seq -w 10 とすると
$ seq -w 10 01 02 03 04 05 06 07 08 09 10
となります。ひと桁の数字も最初に0をつけて2桁になるようにしてくれます。
bash でディレクトリ変数の展開を有効にする direxpand を設定する方法
Ubuntu 22.04 から、ターミナルでの変数を使ったディレクトリ移動が厄介になりました。
例を挙げます。
FSLのインストールパス は変数 $FSLDIR に入っています。私はこれまでは、$FSLDIR/standard にアクセスしたい場合
cd $FSLDIR までタイプしたら、その後、タブキーをタイプすると、シェルが自動で cd /usr/local/fsl と変数を展開してくれて、その後のディレクトリをタイプしていました。
しかし、Ubuntu 22.04 から、同じことをすると
cd \$FSLDIR/
と変数がエスケープされてしまい展開されなくなってしまいました。
これは不便です。
調べたところ、shopt というコマンドがあることを知りました。
nvidia関連のドライバーが依存の問題でアップデートできない時の解決法
2023年11月9日に普通にアップデートしたら以下の問題が発生しました。
環境はUbuntu 22.04です。
$ sudo apt update
---(中略)---
これらを直すためには 'apt --fix-broken install' を実行する必要があるかもしれません。
以下のパッケージには満たせない依存関係があります:
nvidia-dkms-535 : 依存: nvidia-kernel-common-535 (= 535.129.03-0ubuntu1) しかし、535.129.03-0ubuntu0.22.04.1 はインストールされています
nvidia-driver-535 : 依存: nvidia-compute-utils-535 (= 535.129.03-0ubuntu1) しかし、535.129.03-0ubuntu0.22.04.1 はインストールされています
推奨: libnvidia-gl-535:i386 (= 535.129.03-0ubuntu1)
E: 未解決の依存関係です。'apt --fix-broken install' を実行してみてください (または解法を明示してください)。
nvidia-dkms-535 が nvidia-kernel-common-535 に依存しているとあります。
よくみると、
nvidia-kernel-common-535は
535.129.03-0ubuntu1 が必要なようですが、 535.129.03-0ubuntu0.22.04.1がインストールされていると言われています。
バージョンの小さな違いがエラーを引き起こしているようです。
Windows 10/11 で、WSL2 を使って FSL をインストールする方法
Windows 10/11 では、Windows Subsystem for Linux (WSL) を使ってUbuntuなどのLinuxをインストールできます。WSL2 を使うと、GPUも使えるとのことです。
しかし、WSL2は基本、コマンドラインです。LinuxのGUIを起動するためには、工夫が必要です。現在、いくつかのアプリが公開されていますが、FSLの公式ページでは、VcXsrv を勧めていますのでそれを使うのが無難でしょう。
Ubuntu 22.04 も発表されて1年が過ぎて安定してきましたので、ここでは、
- WSL2
- Ubuntu 22.04
- VcXsrv
をいれたうえで、FSL をインストールしてみます。
なお、このページは、FSLの公式サイトを参考に作成しました。
How to use CUDA 11 or Later with FSL 6.0.6.x on Ubuntu 20.04/22.04
FSL 6.0.6 and later now support CUDA 11 or later.
After various trials and errors, I have found a simple way to use CUDA effectively with FSL, which I will introduce here.
Assuming that FSL 6.0.6 or later is already installed.
Ubuntu 20.04/22.04 上の FSL6.0.6 以降で CUDA 11以降のGPUを使う方法
FSL 6.0.6 以降で、CUDA 11以降も対応するようになりました。
いろいろ試行錯誤した結果、以下のようなシンプルな方法でFSLでCUDAを上手に使うことができるようになったので紹介します。
なお、Amulet社から販売している Powerstep Tower for Lin4Neuro は、既にこれらの設定が済んでいますので、電源入れたらすぐにEDDY, BEDPOSTX, XTRACTなどがGPUを使って解析できます。
なお、FSL 6.0.6 以降は既にインストールされているとします。