ANTsのUbuntu 14.04へのインストール方法(ソースからのコンパイル)

2018.09.09追記:この記事は古くなっています。最新版は、こちらに準備しましたので、こちらをご覧ください。

先日、ANTsをMacにインストールする方法を記載しましたが、Ubuntuでも同じことができるので、記載します。

開発者によるHow-toはこちらに記載されています。

  • 事前に必要なソフトウェア
  • 以下の3つが必要です。

    • git
    • CMake
    • C++コンパイラー

    これらは、以下で簡単にインストールできます。

    $ sudo apt-get install git cmake cmake-curses-gui g++
    
  • ANTsのソースコードの入手
  • ターミナルを立ち上げ、ホームディレクトリに移動し、gitでソースコードを入手します。
    ANTsというフォルダにソースコードが入りますので、もし、同名のフォルダがあったら、他のところに移動するか、名前を変更しておいてください。

    cd ~
    git clone git://github.com/stnava/ANTs.git
    
  • コンパイルのためのフォルダの準備
  • 次に、コンパイルのためのフォルダ antsbin を準備し、そこで作業をします。

    cd ~
    mkdir antsbin
    cd antsbin
    
  • コンパイル
  • 早速コンパイルに入ります。

    ターミナルから次のコマンドをタイプします。

    ccmake ../ANTs
    

    今、antsbinというディレクトリにいます。../ANTsは、~/ANTsを意味します。

    そうすると、以下のような画面になるはずです。

    ants-ubuntu-1

    ここで c を押します。画面下に説明がありますが、configureの意味です。

    すると、次の画面になります。

    ants-ubuntu-2

    ここでもう一度 c を押します。

    すると、次の画面になります。

    ants-ubuntu-3

    違いはただひとつ。Press [g] to generate and exit というものがひとつできました。

    ここで、 g を押します。

    そうすると、画面がぱっと消えて元のターミナルに戻ります。慌てないでください。これが正常です。

    そうしたら、以下のコマンドを打ちます。

    make -j 4
    

    そうすると、以下のような画面になります。ITKをダウンロードなどします。私の場合、ここだけでだいたい20-30分くらいかかりました。ネットワークの遅い早いもあるかもしれませんが、じっと待ちます。

    ants-ubuntu-4

    忍耐の結果、”Completed: ANTs”と出れば、無事にコンパイル完了です。

  • スクリプトをコピーする
  • 最後にもうひとつ。http://ehc.ac/p/advants/discussion/840261/thread/18f0a686/の一番最後に記載がありますが、~/ANTs/Scriptsに、有用なスクリプトがたくさん入っています。これを、binにコピーしたらと推奨されています。

    cd ~/antsbin/bin
    cp ~/ANTs/Scripts/* .
    
  • パスの設定
  • 今度は、ANTsのパス設定を行います。.bashrcに記載します。

    nano ~/.bashrc
     
    

    すると、.bashrcが立ち上がりますので、そこの一番下に以下の内容を記載します。
    今、ANTsの実行ファイルは、~/antsbin/binにあります。

    #ANTs
    export ANTSPATH=~/antsbin/bin
    export PATH=$PATH:$ANTSPATH
    

    これを保存し、終了し、ターミナルを一度閉じて再度開きます。

    ANTsのパスが通っているかどうかを確認するには、以下をタイプします。

    ANTS --help
    

    これで、ANTSのヘルプ画面が出れば、無事にインストールできたことになります。

  • ANTsのアップデート
  • 今後、ANTsがアップデートされた場合、以下のようにすればよいとのことです。

    cd ~/ANTs
    git pull origin master
    

    これで、ANTsの中身が最新になりますので、再度コンパイルという形になるかと思います。

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5 thoughts on “ANTsのUbuntu 14.04へのインストール方法(ソースからのコンパイル)

  1. ピングバック: pipを用いたUbuntuへのANTsのインストール方法(ソースコードからのコンパイル)

  2. 初めてコメントさせて頂きます。
    新百合ヶ丘総合病院の堀と申します。

    先生のHPでの非常に分かりやすく貴重な解説、ありがとうございます。
    マニュアルに従ってLin4Neuroをインストールする事が出来ました。
    しかし、ANTsのインストールについてわからない事があり、コメントさせて頂きました。

    冒頭にあるように、
    sudo apt-get install git cmake cmake-curses-gui g++
    と入力したのですが、
    libcurl3
    が認証されず、「いくつかのアーカイブが取得できません」と表示されてしまいます。

    そのため、このまま次の
    cd 〜
    git clone git://github.com/stnava/ANTs.git
    を入力すると、「github.com: 名前またはサービスが不明です」
    と表示されてインストールが出来ません。

    大変基本的な質問で恐縮ですが、何卒、ご教授のほど宜しくお願い申し上げます。

    • 堀先生

      ご連絡ありがとうございます。

      すみません、どのバージョンのLin4Neuroをインストールされたか定かでないのですが、
      もしかしたら、ANTsはお手元のLin4Neuroにすでにインストールされているかもしれません。

      ターミナルから、

      ANTS

      とタイプしていただいて、

      call ANTS -h or ANTS –help

      となったらすでにお使いのLin4NeuroにANTSがセットアップされています。

      なかったらごめんなさい、インストールが必要なのですが、

      よかったら、サイトに記載してある内容をそのままコピペで端末に貼り付けていただけますか?

      私が念の為に確認したのですが、ともにきちんと動くのですが…(Lin4Neuro 14.04版です)

      よろしくお願いします。

      • 根本先生

        早速のご回答感謝いたします。
        私がダウンロードしたのはLin4Neuro 14.04でした。
        そのため、先生の仰る通りcall ANTS -h or ANTS -help
        と表示されました。
        お騒がせして申し訳ありませんでした。

        これからANTSの使い方を調べて、本態性振戦の治療後のFA値の変化を解析しようと考えております。
        今後も先生のHPで勉強させて頂きます。
        ありがとうございました。

        • よかったです。
          FAの解析でしたら、FSLのTBSSの方がとっつきやすいかもしれません。
          いろいろ試してみていただけたらと思います。

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