pipを用いたUbuntuへのANTｓのインストール方法（ソースコードからのコンパイル）

しばらく前に、ANTsのUbuntu 14.04へのインストール方法（ソースからのコンパイル）という記事を書きましたが、最近のANTsは、cmakeのバージョンが3.10以上でないとコンパイルできなくなっていました。

方法を探してみましたが、cmakeのコンパイルを説明するページが圧倒的でした。
しかし、さらに探していたところ、pipを使えばすんなりいくことがわかりました。

pipは、pythonのパッケージ管理システムで、この中にcmakeも入っています。

ということで、改めて記事を書いていきます。

• 事前に必要なソフトウェア

以下の3つが必要です。

• git
• C++コンパイラー
• CMake

gitとc++コンパイラは、以下で簡単にインストールできます。

$ sudo apt-get install git g++

cmakeは以下でインストールできます。Ubuntuでインストールできるpipはバージョンが古いので、
最初にpipのバージョンをアップグレードしてから、cmakeをインストールします。

$ sudo apt-get install python-pip
$ pip install --upgrade pip
$ pip install cmake

cmakeのバージョンを確認します。

cmake --version

私の場合は以下のようになりました。

$ cmake --version
cmake version 3.12.0

CMake suite maintained and supported by Kitware (kitware.com/cmake).

3.12.0であるということがわかります。

• ANTsのソースコードの入手

ターミナルを立ち上げ、gitでソースコードを入手します。
私は最近、ホームディレクトリの下にgitというディレクトリを作成し、その下に様々なリポジトリを管理しているので、
そのようにします。
ANTsというフォルダにソースコードが入りますので、もし、同名のフォルダがあったら、他のところに移動するか、名前を変更しておいてください。

cd ~/git
git clone git://github.com/stnava/ANTs.git

• コンパイルのためのフォルダの準備

次に、コンパイルのためのフォルダ antsbin を準備し、そこで作業をします。

mkdir antsbin
cd antsbin

• コンパイル

早速コンパイルに入ります。

ターミナルから次のコマンドをタイプします。ここで注意すべきは、ccmakeでなく、cmakeというコマンドを使うことです。
ccmakeはターミナル上でのGUIですが、cmakeはコマンドラインです。

cmake ../ANTs

今、antsbinというディレクトリにいます。../ANTsは、~/git/ANTsを意味します。

そうすると、以下のようなメッセージが出てきます。（最後だけ切り抜きます）

-- Found Git: /usr/bin/git (found version "2.7.4") 
-- SuperBuild - ANTS => Requires ITKv5, 
-- SuperBuild -   ITKv5[OK]
-- Found ZLIB: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libz.so (found version "1.2.8") 
-- SuperBuild - ANTS[OK]
-- Configuring done
-- Generating done
-- Build files have been written to: /home/kiyotaka/git/antsbin

これで、コンパイルの準備は完了です。

そうしたら、以下のコマンドを打ちます。

make -j 4

そうすると、以下のような画面になります。ITKをダウンロードなどします。私の場合、ここだけでだいたい20-30分くらいかかりました。ネットワークの遅い早いもあるかもしれませんが、じっと待ちます。



忍耐の結果、”Completed: ANTs”と出れば、無事にコンパイル完了です。

• スクリプトをコピーする

最後にもうひとつ。http://ehc.ac/p/advants/discussion/840261/thread/18f0a686/の一番最後に記載がありますが、~/ANTs/Scriptsに、有用なスクリプトがたくさん入っています。これを、binにコピーしたらと推奨されています。

cd ~/git/antsbin/bin
cp ~/git/ANTs/Scripts/* .

• パスの設定

今度は、ANTsのパス設定を行います。.bashrcに記載します。

nano ~/.bashrc
　

すると、.bashrcが立ち上がりますので、そこの一番下に以下の内容を記載します。
今、ANTsの実行ファイルは、~/git/antsbin/binにあります。

#ANTs
export ANTSPATH=~/git/antsbin/bin
export PATH=$PATH:$ANTSPATH

これを保存し、終了し、ターミナルを一度閉じて再度開きます。

ANTsのパスが通っているかどうかを確認するには、以下をタイプします。

ANTS --help

これで、ANTSのヘルプ画面が出れば、無事にインストールできたことになります。

• ANTsのアップデート

今後、ANTsがアップデートされた場合、以下のようにすればよいとのことです。

cd ~/git/ANTs
git pull origin master

これで、ANTsの中身が最新になりますので、再度コンパイルという形になるかと思います。