ANTsのUbuntu 14.04へのインストール方法（ソースからのコンパイル）

2018.09.09追記：この記事は古くなっています。最新版は、こちらに準備しましたので、こちらをご覧ください。

先日、ANTsをMacにインストールする方法を記載しましたが、Ubuntuでも同じことができるので、記載します。

開発者によるHow-toはこちらに記載されています。

• 事前に必要なソフトウェア

以下の3つが必要です。

• git
• CMake
• C++コンパイラー

これらは、以下で簡単にインストールできます。

$ sudo apt-get install git cmake cmake-curses-gui g++

• ANTsのソースコードの入手

ターミナルを立ち上げ、ホームディレクトリに移動し、gitでソースコードを入手します。
ANTsというフォルダにソースコードが入りますので、もし、同名のフォルダがあったら、他のところに移動するか、名前を変更しておいてください。

cd ~
git clone git://github.com/stnava/ANTs.git

• コンパイルのためのフォルダの準備

次に、コンパイルのためのフォルダ antsbin を準備し、そこで作業をします。

cd ~
mkdir antsbin
cd antsbin

• コンパイル

早速コンパイルに入ります。

ターミナルから次のコマンドをタイプします。

ccmake ../ANTs

今、antsbinというディレクトリにいます。../ANTsは、~/ANTsを意味します。

そうすると、以下のような画面になるはずです。



ここで c を押します。画面下に説明がありますが、configureの意味です。

すると、次の画面になります。



ここでもう一度 c を押します。

すると、次の画面になります。



違いはただひとつ。Press [g] to generate and exit というものがひとつできました。

ここで、 g を押します。

そうすると、画面がぱっと消えて元のターミナルに戻ります。慌てないでください。これが正常です。

そうしたら、以下のコマンドを打ちます。

make -j 4

そうすると、以下のような画面になります。ITKをダウンロードなどします。私の場合、ここだけでだいたい20-30分くらいかかりました。ネットワークの遅い早いもあるかもしれませんが、じっと待ちます。



忍耐の結果、”Completed: ANTs”と出れば、無事にコンパイル完了です。

• スクリプトをコピーする

最後にもうひとつ。http://ehc.ac/p/advants/discussion/840261/thread/18f0a686/の一番最後に記載がありますが、~/ANTs/Scriptsに、有用なスクリプトがたくさん入っています。これを、binにコピーしたらと推奨されています。

cd ~/antsbin/bin
cp ~/ANTs/Scripts/* .

• パスの設定

今度は、ANTsのパス設定を行います。.bashrcに記載します。

nano ~/.bashrc
　

すると、.bashrcが立ち上がりますので、そこの一番下に以下の内容を記載します。
今、ANTsの実行ファイルは、~/antsbin/binにあります。

#ANTs
export ANTSPATH=~/antsbin/bin
export PATH=$PATH:$ANTSPATH

これを保存し、終了し、ターミナルを一度閉じて再度開きます。

ANTsのパスが通っているかどうかを確認するには、以下をタイプします。

ANTS --help

これで、ANTSのヘルプ画面が出れば、無事にインストールできたことになります。

• ANTsのアップデート

今後、ANTsがアップデートされた場合、以下のようにすればよいとのことです。

cd ~/ANTs
git pull origin master

これで、ANTsの中身が最新になりますので、再度コンパイルという形になるかと思います。