ANTsのMacOSXへのインストール方法(ソースからのコンパイル)

ANTs (Advanced Normalization Tools)は、近年注目されている脳画像解析ツールです。性能が高いのですが、導入方法などが親切に説明されていません。
ある方と、ANTsのMacOSXへの導入についていろいろやりとりすることがありましたので、一連の流れを記載しておきます。

開発者によるHow-toはこちらに記載されています。

  • 事前に必要なソフトウェア
  • 以下の2つが必要です。

    • CMake
    • command line tools
  • CMakeのインストール
  • 公式サイトで、MacOSX用のインストーラーが配布されています。

    http://www.cmake.org/download/に行き、cmake-3.x.x-Darwin-x86_64.dmgをダウンロードします。そして、その後、ファイルをダブルクリックすると、CMake.appが見えますので、Applicationsアイコンにドラッグ&ドロップすれば、完了です。

    ただ、これだけだと、普通に開こうとすると「セキュリティの問題で開けません」と言われます。そこで、アプリケーションフォルダで、controlを押しながら、CMakeをクリックします。そうして、一番上にある「開く」をクリックすると、「開いてもいいですか?」と尋ねられますので、はいと答えれば、OKです。

  • CMakeのパス設定
  • 次に、CMakeをターミナルから利用できるように設定します。

    ターミナルを開き、.bash_profileを開きます。

    そこで、次のようにタイプします。

    open -a text edit .bash_profile
     
    

    すると、.bash_profileが立ち上がりますので、そこの一番下に以下の内容を記載します。

    #CMake
    PATH=/Applications/CMake.app/Contents/bin:$PATH
    

    これを保存してテキストエディットを閉じます。ターミナルを一度終了し、再度起動します。
    パスがきちんと通っているか確認するために、以下をタイプします。

    echo $PATH
    

    一番最初に/Applications/CMake.app/Contents/binが確認できればOKです。

  • command line toolsのインストール
  • 最初に、App StoreからXcodeをインストールします。

    その後、ターミナルを立ち上げ、以下をタイプします。

    xcode-select --install
    

    そうすると、インストールしますか?と聞かれますので、”Install”をクリックすればインストール完了です。

    いよいよ本題に入っていきます。

  • ANTsのソースコードの入手
  • ターミナルを立ち上げ、ホームディレクトリに移動し、gitでソースコードを入手します。
    ANTsというフォルダにソースコードが入りますので、もし、同名のフォルダがあったら、他のところに移動するか、名前を変更しておいてください。

    cd ~
    git clone git://github.com/stnava/ANTs.git
    
  • コンパイルのためのフォルダの準備
  • 次に、コンパイルのためのフォルダ antsbin を準備し、そこで作業をします。

    mkdir antsbin
    cd antsbin
    
  • コンパイル
  • 早速コンパイルに入ります。

    ターミナルから次のコマンドをタイプします。

    ccmake ../ANTs
    

    今、antsbinというディレクトリにいます。../ANTsは、~/ANTsを意味します。

    そうすると、以下のような画面になるはずです。

    compile_ants1

    ここで c を押します。画面下に説明がありますが、configureの意味です。

    すると、次の画面になります。

    compile_ants2

    ここでもう一度 c を押します。

    すると、次の画面になります。

    compile_ants3

    違いはただひとつ。Press [g] to generate and exit というものがひとつできました。

    ここで、 g を押します。

    そうすると、画面がぱっと消えて元のターミナルに戻ります。慌てないでください。これが正常です。

    そうしたら、以下のコマンドを打ちます。

    make -j 4
    

    そうすると、以下のような画面になります。ITKをダウンロードなどします。私の場合、ここだけでだいたい20-30分くらいかかりました。ネットワークの遅い早いもあるかもしれませんが、じっと待ちます。

    compile_ants4

    忍耐の結果、下記の画面のように、”Completed: ANTs”と出れば、無事にコンパイル完了です。

    compile_ants5

  • スクリプトをコピーする
  • (吉田先生、ご指摘ありがとうございます。)
    最後にもうひとつ。http://ehc.ac/p/advants/discussion/840261/thread/18f0a686/の一番最後に記載がありますが、~/ANTs/Scriptsに、有用なスクリプトがたくさん入っています。これを、binにコピーしたらと推奨されています。

    cd ~/antsbin/bin
    cp ~/ANTs/Scripts/* .
    
  • パスの設定
  • 今度は、ANTsのパス設定を行います。先ほどと同様、.bash_profileに記載します。

    open -a text edit ~/.bash_profile
     
    

    すると、.bash_profileが立ち上がりますので、そこの一番下に以下の内容を記載します。
    今、ANTsの実行ファイルは、~/antsbin/binにあります。

    #ANTs
    export ANTSPATH=~/antsbin/bin
    export PATH=$PATH:$ANTSPATH
    

    これを保存し、終了し、ターミナルを一度閉じて再度開きます。

    ANTsのパスが通っているかどうかを確認するには、以下をタイプします。

    ANTS --help
    

    これで、ANTSのヘルプ画面が出れば、無事にインストールできたことになります。

  • ANTsのアップデート
  • 今後、ANTsがアップデートされた場合、以下のようにすればよいとのことです。

    cd ~/ANTs
    git pull origin master
    

    これで、ANTsの中身が最新になりますので、再度コンパイルという形になるかと思います。

ANTsのMacOSXへのインストール方法(ソースからのコンパイル)” へのコメント

  1. ピングバック: ANTsのUbuntu 14.04へのインストール方法(ソースからのコンパイル)

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