ANTsのMacOSXへのインストール方法（ソースからのコンパイル）

ANTs (Advanced Normalization Tools)は、近年注目されている脳画像解析ツールです。性能が高いのですが、導入方法などが親切に説明されていません。
ある方と、ANTsのMacOSXへの導入についていろいろやりとりすることがありましたので、一連の流れを記載しておきます。

開発者によるHow-toはこちらに記載されています。

• 事前に必要なソフトウェア

以下の2つが必要です。

• CMake
• command line tools
• CMakeのインストール

公式サイトで、MacOSX用のインストーラーが配布されています。

http://www.cmake.org/download/に行き、cmake-3.x.x-Darwin-x86_64.dmgをダウンロードします。そして、その後、ファイルをダブルクリックすると、CMake.appが見えますので、Applicationsアイコンにドラッグ＆ドロップすれば、完了です。

ただ、これだけだと、普通に開こうとすると「セキュリティの問題で開けません」と言われます。そこで、アプリケーションフォルダで、controlを押しながら、CMakeをクリックします。そうして、一番上にある「開く」をクリックすると、「開いてもいいですか？」と尋ねられますので、はいと答えれば、OKです。

• CMakeのパス設定

次に、CMakeをターミナルから利用できるように設定します。

ターミナルを開き、.bash_profileを開きます。

そこで、次のようにタイプします。

open -a text edit .bash_profile
　

すると、.bash_profileが立ち上がりますので、そこの一番下に以下の内容を記載します。

#CMake
PATH=/Applications/CMake.app/Contents/bin:$PATH

これを保存してテキストエディットを閉じます。ターミナルを一度終了し、再度起動します。
パスがきちんと通っているか確認するために、以下をタイプします。

echo $PATH

一番最初に/Applications/CMake.app/Contents/binが確認できればOKです。

• command line toolsのインストール

最初に、App StoreからXcodeをインストールします。

その後、ターミナルを立ち上げ、以下をタイプします。

xcode-select --install

そうすると、インストールしますか？と聞かれますので、”Install”をクリックすればインストール完了です。

いよいよ本題に入っていきます。

• ANTsのソースコードの入手

ターミナルを立ち上げ、ホームディレクトリに移動し、gitでソースコードを入手します。
ANTsというフォルダにソースコードが入りますので、もし、同名のフォルダがあったら、他のところに移動するか、名前を変更しておいてください。

cd ~
git clone git://github.com/stnava/ANTs.git

• コンパイルのためのフォルダの準備

次に、コンパイルのためのフォルダ antsbin を準備し、そこで作業をします。

mkdir antsbin
cd antsbin

• コンパイル

早速コンパイルに入ります。

ターミナルから次のコマンドをタイプします。

ccmake ../ANTs

今、antsbinというディレクトリにいます。../ANTsは、~/ANTsを意味します。

そうすると、以下のような画面になるはずです。



ここで c を押します。画面下に説明がありますが、configureの意味です。

すると、次の画面になります。



ここでもう一度 c を押します。

すると、次の画面になります。



違いはただひとつ。Press [g] to generate and exit というものがひとつできました。

ここで、 g を押します。

そうすると、画面がぱっと消えて元のターミナルに戻ります。慌てないでください。これが正常です。

そうしたら、以下のコマンドを打ちます。

make -j 4

そうすると、以下のような画面になります。ITKをダウンロードなどします。私の場合、ここだけでだいたい20-30分くらいかかりました。ネットワークの遅い早いもあるかもしれませんが、じっと待ちます。



忍耐の結果、下記の画面のように、”Completed: ANTs”と出れば、無事にコンパイル完了です。



• スクリプトをコピーする

（吉田先生、ご指摘ありがとうございます。）
最後にもうひとつ。http://ehc.ac/p/advants/discussion/840261/thread/18f0a686/の一番最後に記載がありますが、~/ANTs/Scriptsに、有用なスクリプトがたくさん入っています。これを、binにコピーしたらと推奨されています。

cd ~/antsbin/bin
cp ~/ANTs/Scripts/* .

• パスの設定

今度は、ANTsのパス設定を行います。先ほどと同様、.bash_profileに記載します。

open -a text edit ~/.bash_profile
　

すると、.bash_profileが立ち上がりますので、そこの一番下に以下の内容を記載します。
今、ANTsの実行ファイルは、~/antsbin/binにあります。

#ANTs
export ANTSPATH=~/antsbin/bin
export PATH=$PATH:$ANTSPATH

これを保存し、終了し、ターミナルを一度閉じて再度開きます。

ANTsのパスが通っているかどうかを確認するには、以下をタイプします。

ANTS --help

これで、ANTSのヘルプ画面が出れば、無事にインストールできたことになります。

• ANTsのアップデート

今後、ANTsがアップデートされた場合、以下のようにすればよいとのことです。

cd ~/ANTs
git pull origin master

これで、ANTsの中身が最新になりますので、再度コンパイルという形になるかと思います。