ANTsのMacOSXへのインストール方法(ソースからのコンパイル)

ANTs (Advanced Normalization Tools)は、近年注目されている脳画像解析ツールです。性能が高いのですが、導入方法などが親切に説明されていません。
ある方と、ANTsのMacOSXへの導入についていろいろやりとりすることがありましたので、一連の流れを記載しておきます。

2020.02.02: 情報が古くなったので更新しました。

開発者によるHow-toはこちらに記載されています。

  • 事前に必要なソフトウェア
  • 以下の2つが必要です。

    • CMake
    • command line tools
  • CMakeのインストール
  • 公式サイトで、MacOSX用のインストーラーが配布されています。

    http://www.cmake.org/download/に行き、cmake-3.x.x-Darwin-x86_64.dmgをダウンロードします。そして、その後、ファイルをダブルクリックすると、CMake.appが見えますので、Applicationsアイコンにドラッグ&ドロップすれば、完了です。2020年2月現在、ANTsは3.10.2以降であればインストールできるとのことです。

    ただ、これだけだと、普通に開こうとすると「セキュリティの問題で開けません」と言われます。そこで、アプリケーションフォルダで、controlを押しながら、CMakeをクリックします。そうして、一番上にある「開く」をクリックすると、「開いてもいいですか?」と尋ねられますので、はいと答えれば、OKです。

  • CMakeのパス設定
  • 次に、CMakeをターミナルから利用できるように設定します。

    ターミナルを開き、.bash_profileを開きます。

    そこで、次のようにタイプします。

    open -e .bash_profile
     
    

    すると、.bash_profileが立ち上がりますので、そこの一番下に以下の内容を記載します。

    #CMake
    PATH=/Applications/CMake.app/Contents/bin:$PATH
    

    これを保存してテキストエディットを閉じます。ターミナルを一度終了し、再度起動します。
    パスがきちんと通っているか確認するために、以下をタイプします。

    echo $PATH
    

    一番最初に/Applications/CMake.app/Contents/binが確認できればOKです。

  • command line toolsのインストール
  • 最初に、App StoreからXcodeをインストールします。

    その後、ターミナルを立ち上げ、以下をタイプします。

    xcode-select --install
    

    そうすると、インストールしますか?と聞かれますので、”Install”をクリックすればインストール完了です。

    いよいよ本題に入っていきます。

  • フォルダの準備
  • ANTsを準備するためのフォルダを準備しましょう。ホームフォルダの下にANTSを作成します。そのうえで、その中に build と install というフォルダを準備します。

    cd
    mkdir ANTS
    cd ANTS
    mkdir build install 
    
  • ANTsのソースコードの入手
  • gitでソースコードを入手します。
    ANTsというフォルダにソースコードが入ります。

    pwd #今は、~/ANTS にいると仮定します。
    workingDir=${PWD}
    git clone https://github.com/ANTsX/ANTs.git
    
  • コンパイル
  • 早速コンパイルに入ります。
    先程作成した build ディレクトリに移動し、そこでコンパイルを行います。
    ターミナルから次のコマンドをタイプします。
    下の make -j 4 の4はコア数です。自分のPC環境にあわせて変えてください。

    cd build
    cmake \
        -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=${workingDir}/install \
        ../ANTs 2>&1 | tee cmake.log
    make -j 4 2>&1 | tee build.log
    

    そうすると、以下のような画面になります。ITKをダウンロードなどします。私の場合、ここだけでだいたい20-30分くらいかかりました。ネットワークの遅い早いもあるかもしれませんが、じっと待ちます。

    compile_ants4

    忍耐の結果、下記の画面のように、”Completed: ANTs”と出れば、無事にコンパイル完了です。

    compile_ants5

  • インストール
  • インストールを行います。先程作成した install フォルダにインストールされます。

    cd ANTS-build
    make install 2>&1 | tee install.log
    
  • パスの設定
  • 最後に、ANTsのパス設定を行います。先ほどと同様、.bash_profileに記載します。

    open -e ~/.bash_profile
     
    

    すると、.bash_profileが立ち上がりますので、そこの一番下に以下の内容を記載します。
    今、ANTsの実行ファイルは、~/ANTS/installにあります。

    #ANTs
    export ANTSPATH=~/ANTS/install/bin
    export PATH=$PATH:$ANTSPATH
    

    これを保存し、終了し、ターミナルを一度閉じて再度開きます。

    ANTsのパスが通っているかどうかを確認するには、以下をタイプします。

    which antsRegistration
    antsRegistrationSyN.sh
    

    最初のコマンドで

    自分のホームディレクトリ/ANTS/install/bin/antsRegistration

    となり、

    次のコマンドで、antsRegistrationSyN.sh の説明がでれば正しくセットアップできています。

  • ANTsのアップデート
  • 今後、ANTsがアップデートされた場合、以下のようにすればよいとのことです。

    cd ~/ANTS/ANTs
    git pull origin master
    

    これで、ANTsの中身が最新になりますので、再度コンパイルという形になります。

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