ANTsのMacOSXへのインストール方法（ソースからのコンパイル）

ANTs (Advanced Normalization Tools)は、近年注目されている脳画像解析ツールです。性能が高いのですが、導入方法などが親切に説明されていません。
ある方と、ANTsのMacOSXへの導入についていろいろやりとりすることがありましたので、一連の流れを記載しておきます。

2020.02.02: 情報が古くなったので更新しました。

開発者によるHow-toはこちらに記載されています。

• 事前に必要なソフトウェア

以下の2つが必要です。

• CMake
• command line tools
• CMakeのインストール

公式サイトで、MacOSX用のインストーラーが配布されています。

http://www.cmake.org/download/に行き、cmake-3.x.x-Darwin-x86_64.dmgをダウンロードします。そして、その後、ファイルをダブルクリックすると、CMake.appが見えますので、Applicationsアイコンにドラッグ＆ドロップすれば、完了です。2020年2月現在、ANTsは3.10.2以降であればインストールできるとのことです。

ただ、これだけだと、普通に開こうとすると「セキュリティの問題で開けません」と言われます。そこで、アプリケーションフォルダで、controlを押しながら、CMakeをクリックします。そうして、一番上にある「開く」をクリックすると、「開いてもいいですか？」と尋ねられますので、はいと答えれば、OKです。

• CMakeのパス設定

次に、CMakeをターミナルから利用できるように設定します。

ターミナルを開き、.bash_profileを開きます。

そこで、次のようにタイプします。

open -e .bash_profile
　

すると、.bash_profileが立ち上がりますので、そこの一番下に以下の内容を記載します。

#CMake
PATH=/Applications/CMake.app/Contents/bin:$PATH

これを保存してテキストエディットを閉じます。ターミナルを一度終了し、再度起動します。
パスがきちんと通っているか確認するために、以下をタイプします。

echo $PATH

一番最初に/Applications/CMake.app/Contents/binが確認できればOKです。

• command line toolsのインストール

最初に、App StoreからXcodeをインストールします。

その後、ターミナルを立ち上げ、以下をタイプします。

xcode-select --install

そうすると、インストールしますか？と聞かれますので、”Install”をクリックすればインストール完了です。

いよいよ本題に入っていきます。

• フォルダの準備

ANTsを準備するためのフォルダを準備しましょう。ホームフォルダの下にANTSを作成します。そのうえで、その中に build と install というフォルダを準備します。

cd
mkdir ANTS
cd ANTS
mkdir build install 

• ANTsのソースコードの入手

gitでソースコードを入手します。
ANTsというフォルダにソースコードが入ります。

pwd #今は、~/ANTS にいると仮定します。
workingDir=${PWD}
git clone https://github.com/ANTsX/ANTs.git

• コンパイル

早速コンパイルに入ります。
先程作成した build ディレクトリに移動し、そこでコンパイルを行います。
ターミナルから次のコマンドをタイプします。
下の make -j 4 の4はコア数です。自分のPC環境にあわせて変えてください。

cd build
cmake \
    -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=${workingDir}/install \
    ../ANTs 2>&1 | tee cmake.log
make -j 4 2>&1 | tee build.log

そうすると、以下のような画面になります。ITKをダウンロードなどします。私の場合、ここだけでだいたい20-30分くらいかかりました。ネットワークの遅い早いもあるかもしれませんが、じっと待ちます。



忍耐の結果、下記の画面のように、”Completed: ANTs”と出れば、無事にコンパイル完了です。



• インストール

インストールを行います。先程作成した install フォルダにインストールされます。

cd ANTS-build
make install 2>&1 | tee install.log

• パスの設定

最後に、ANTsのパス設定を行います。先ほどと同様、.bash_profileに記載します。

open -e ~/.bash_profile
　

すると、.bash_profileが立ち上がりますので、そこの一番下に以下の内容を記載します。
今、ANTsの実行ファイルは、~/ANTS/installにあります。

#ANTs
export ANTSPATH=~/ANTS/install/bin
export PATH=$PATH:$ANTSPATH

これを保存し、終了し、ターミナルを一度閉じて再度開きます。

ANTsのパスが通っているかどうかを確認するには、以下をタイプします。

which antsRegistration
antsRegistrationSyN.sh

最初のコマンドで

自分のホームディレクトリ/ANTS/install/bin/antsRegistration

となり、

次のコマンドで、antsRegistrationSyN.sh の説明がでれば正しくセットアップできています。

• ANTsのアップデート

今後、ANTsがアップデートされた場合、以下のようにすればよいとのことです。

cd ~/ANTS/ANTs
git pull origin master

これで、ANTsの中身が最新になりますので、再度コンパイルという形になります。