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Home » 2021 » 12月 » の投稿:16

日別アーカイブ: 2021-12-16

【Python】縦断データの可視化(プロット・箱ひげ図・バイオリン図・信頼区間・ヒストグラム)


1. 目的
2. 準備
2.1. open-visualizationsのダウンロード
2.2. ライブラリのインストール
3. チュートリアル1 (plotnineを用いる場合)
3.1. ライブラリの読み込み
3.2. 保存用のフォルダを用意
3.3. データの読み込み
3.4. データの選択
3.5. プロット
3.6. プロットと直線
3.7. グループごとのプロットの位置を微妙に変える
3.8. プロットの色を変更
3.9. 箱ひげ図 (boxplots)
3.10. バイオリン図 (violin plot)
3.11. 信頼区間 (CI bar)
3.12. 各グループの平均を直線で結ぶ
3.13. プロット・箱ひげ図・バイオリン図・信頼区間
4. チュートリアル2 (matplotlibを使う場合)
4.1. ライブラリの読み込み
4.2. 保存用のフォルダを用意
4.3. データの初期化
4.4. プロット
4.5. プロットと直線
4.6. グループごとのプロットの位置を微妙に変える
4.7. the amount of jitter and create a dataframe containing the jittered x-axis values
4.8. 信頼区間 (CI bar)
4.9. バイオリン図 (violin plot)
4.10. 2群のBeforeとAfterをそれぞれプロット
4.11. さらに信頼区間の追加
4.12. プロット・箱ひげ図・バイオリン図・信頼区間
5. 高画質で保存したい場合
5.1. plotnineの場合
5.2. matplotlibの場合


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Python
2021-12-16斎藤 勇哉リンクURL コメントを残す

【Python】相関行列 (Correlation Matrix)とヒートマップ (Heat Map)の作り方


1. 目的
2. シンプルなヒートマップ
2.1. ライブラリのインポート
2.2. データの読み込み
2.3. 相関行列の計算
2.4. ヒートマップの作成
3. プロットの大きさを相関係数に応じて変える
3.1. heatmapzのインストール
3.2. ライブラリのインポート
3.3. データの読み込み
3.4. ヒートマップの作成


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Python
2021-12-16斎藤 勇哉リンクURL コメントを残す

【Python】バイオリンプロット(Violin Plot)


1. 目的
2. データ(例:AIの予測値と正解値)
2.1. PVHs.csv
3. コード
4. 実行結果


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Python
2021-12-16斎藤 勇哉リンクURL コメントを残す

【Python】箱ひげ図の作り方


1. 目的
2. 1つの図に3群の結果をプロット
2.1. データ準備
2.2. ソースコード
2.3. 結果確認
2.3.1. Boxplot
2.3.2. Boxplot_with_dot
2.3.3. Violinplot
3. 1つの図に3群の結果を各領域ごとにプロット
3.1. データ準備
3.2. ソースコード
3.3. 結果
4. 1つの図に3つの変数に対して4群の結果を3パターンプロット
4.1. データ準備
4.2. ソースコード
4.3. 結果


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Python
2021-12-16斎藤 勇哉リンクURL コメントを残す

【FreeSurfer】FreeSurferの結果のまとめ方 ~aparc, aseg, wmparc, brainstem~



1. 目的
2. フォルダ構造
3. aparcとasegのまとめ方
4. wmparcのまとめ方
5. Brain Stemの計測
6. 出力結果
6.1. aseg
6.2. wmparc
6.3. brainstem


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Freesurfer, neuroimaging
2021-12-16斎藤 勇哉リンクURL コメントを残す

【FSL】FSLを使ったVolumeの一括計測



1. 目的
2. Volume計算
3. 一括で計測する場合
3.1. フォルダ構造
3.2. コード
3.3. 結果


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FSL, neuroimaging
2021-12-16斎藤 勇哉リンクURL 5 コメント

【FSL】大脳基底核(Basal Ganglia)のセグメントと体積(Volume)計測



1. 目的
2. フォルダ構造
3. ソースコード
3.1. segcalc_basalganglia.sh
4. 実行
5. 結果
5.1. nresult_vol.csv


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FSL, neuroimaging
2021-12-16斎藤 勇哉リンクURL コメントを残す

【画像連結】画像をタイル状に並べる



1. 目的
2. 画像の確認
3. 画像の連結


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Linux, Shell_Script
2021-12-16斎藤 勇哉リンクURL コメントを残す

【FSL】ROI(VOI)を用いた画像計測



1. 目的
2. 計測コマンド
3. 複数人被験者がいる場合
3.1. フォルダ構造
3.2. ソースコード



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FSL, neuroimaging
2021-12-16斎藤 勇哉リンクURL コメントを残す

【FSL】TBSSで出た有意領域をマスクとして画像定量値を計測



1. 目的
2. ソースコード


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FSL, neuroimaging
2021-12-16斎藤 勇哉リンクURL 3 コメント

【FSL】XTRACTを用いたトラクトグラフィー



1. 目的
2. XTRACT
3. 前処理
4. 必要なファイル
5. 実行
6. 結果
7. XTRACTのトラクトを用いて、定量値のサンプル


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FSL, neuroimaging
2021-12-16斎藤 勇哉リンクURL 66 コメント
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