動的プログラミング言語を知っている人のためのPython入門

最近、Pythonの勉強をしていますが、いろいろ調べている中で、Matthew Brett氏がMatlabやRに慣れている人のためのPythonの手引き、”Brisk Introduction to Python“を書かれているのを見つけました。既にMatlabやRを知っている方々がPythonのコツを理解するのによいテキストと思います。このため、Brett氏の承諾を得て、研究室のメンバーで翻訳しました。

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macOS 10.15 (Catalina) でFSLのインストールがうまくいかない時の解決方法

FSLのMLに最近、macOS 10.15の方々がインストールがうまくいかないという相談がたくさんなされています。

エラーメッセージは以下のような感じです。

Stage 1
By installing this python distribution you agree to the license terms in
/usr/local/fsl/fslpython/LICENSE.txt
100%
/usr/local/fsl/etc/fslconf/fslpython_install.sh: line 188: /usr/local/fsl/fslpython/bin/conda: No such file or directory
/usr/local/fsl/etc/fslconf/fslpython_install.sh: line 189: /usr/local/fsl/fslpython/bin/conda: No such file or directory
/usr/local/fsl/etc/fslconf/fslpython_install.sh: line 190: /usr/local/fsl/fslpython/bin/conda: No such file or directory
/usr/local/fsl/etc/fslconf/fslpython_install.sh: line 191: /usr/local/fsl/fslpython/bin/conda: No such file or directory

これに対する解決法がFSLの中の人から示されています。

https://www.jiscmail.ac.uk/cgi-bin/webadmin?A2=FSL;bd0fa8bf.2004

具体的には以下になります。

  1. テキストエディタで fslpython_install.sh を開きます。管理者権限が必要です。
  2. sudo open -e /usr/local/fsl/etc/fslconf/fslpython_install.sh
    
  3. コードの修正
  4. 149行目が以下のようになっているはずです。

    dl_cmd_opts=”–fail”

    これを以下のように修正します。( -L を追加するだけです )

    dl_cmd_opts=”–fail -L”

  5. コマンドの実行
  6. 以下のコマンドを実行します。

    sudo rm -r /usr/local/fsl/fslpython
    sudo /usr/local/fsl/etc/fslconf/fslpython_install.sh  -f  /usr/local/fsl
    

私はCatalinaをまだ使っていませんが、たぶんはまる人がたくさんいると思いますので、掲載しておきます。

国際脳ヒトMRI研究ポータルサイト

東京大学の小池先生が国際脳のヒトMRI研究ポータルサイトを開設されました。

http://mriportal.umin.jp/

このサイトは、国際脳ヒト脳MRI研究プロジェクトで策定されたデータ取得手順、データ集約と共有化、前処理技術開発、Traveling subject project、倫理的配慮などの情報を集約し、国内のヒト脳MRI研究を発展させることを目的としたウェブサイトとのことです。

プロトコル論文がpreprintで公開されていたり、有用な情報が掲載されていますので、一見の価値ありです。