カテゴリ別アーカイブ： SPM

I used to write an article, “Run SPM2, SPM5, and SPM8 concurrently.” Though this is a smart way to run different version of SPM, we need to prepare scripts separately. So I came up with another script, called “SPM switcher”. This script brings up a dialog and you can select the version of SPM you want to run.

• Make a directory where you want to save scripts. (e.g. C:\Users\foo\Documents\MATLAB\)
• Add the directory to the path in Matlab. (File -> Set Path -> Add path)
• put spm_rmpath.m in SPM2 and SPM99 directory.

You find this file in SPM5 or SPM8 directory. You can just copy it from SPM5/8 to SPM2/99 directory.

• save switchspm.m in the directory you prepared.
• edit switchspm.m and change “spm_path=’C:\spm\'” according to your circumstance.

Typing switchspm in Matlab command window will bring up a dialog below and you can run different version of SPM easily.

Download switchspm.m (Right click –> Save as)

%switchspm: Run different version of SPM
%This tiny script prompts the dialog which SPM version you want to run.
%Prerequisites
%1. Each version of SPM is supporsed to be located under spm_path.
%2. Please copy spm_rmpath.m from SPM5 or later and put it into SPM99 and
%   SPM2 direcotry. Otherwise, Path removal won't work correctly.
%3. Please change the SPM path according to your environment

%%%Please change the path below according to your environment%%%
spm_path='C:\spm\';
%%%

%The path for each version of SPM
spm99_path=fullfile(spm_path,'spm99');
spm2_path=fullfile(spm_path,'spm2');
spm5_path=fullfile(spm_path,'spm5');
spm8_path=fullfile(spm_path,'spm8');
spm12_path=fullfile(spm_path,'spm12');

str = ['spm99 '; 'spm2  '; 'spm5  '; 'spm8  '; 'spm12'];
spmver = listdlg('PromptString','SPM ver you want to run...',...
                'SelectionMode','single',...
                'ListString',str);

switch spmver
    case 1, %spm99
    % remove spm path
    while true
      try
        spm_rmpath
        catch break;
      end;
    end;
    % add spm99 path
    addpath(spm99_path);
    % run spm99
    spm;
        
    case 2, %spm2
    % remove spm path
    while true
      try
        spm_rmpath
        catch break;
      end;
    end;
    % add spm2 path
    addpath(spm2_path);
    % run spm2
    spm;

    case 3, %spm5
    % remove spm path
    while true
      try
        spm_rmpath
        catch break;
      end;
    end;
    % add spm5 path
    addpath(spm5_path);
    % run spm5
    spm;
        
    case 4 %spm8
    % remove spm path
    while true
      try
        spm_rmpath;
        catch break;
      end;
    end;
    % add spm8 path
    addpath(spm8_path);
    % run spm8
    spm;

    case 5 %spm12
    % remove spm path
    while true
      try
        spm_rmpath;
        catch break;
      end;
    end;
    % add spm12 path
    addpath(spm12_path);
    % run spm12
    spm;
end

この記事は、http://www.nemotos.net/?p=17で紹介したものを日本語に訳しただけのものです。

2008年10月18日に、Carlton Chu氏がSPMのメーリングリストに便利なスクリプトを投稿しました。
メーリングリストでは特に反応はなかったのですが、非常に有用だと思いますので、本ブログで紹介させていただきます。

このスクリプトの目的はいたってシンプルです：AC-PCを自動的にあわせてくれます！

若干時間がかかります（1例に数分かかります）が、何百例もAC-PCをあわせなくてはいけないような状況では、大きな時間の節約になります。
もし関心があったら、次のスクリプトを試してみて下さい。SPM5、SPM8でうまく動きます。

オリジナルの投稿では、若干動作しないバグがありました。そこを修正してあります。

使用方法：添付のファイルをダウンロードし、SPM5かSPM8に置いてください。その後、MATLABのコマンドウィンドウから、”auto_reorient”とタイプしてください。ファイル選択のウィンドウが立ち上がりますので、AC-PCを設定したいファイルを選択して下さい（複数選択できます）。

function auto_reorient(p)
spmDir=which('spm');
spmDir=spmDir(1:end-5);
tmpl=[spmDir 'canonical/avg152T1.nii'];
vg=spm_vol(tmpl);
flags.regtype='rigid';
p=spm_select(inf,'image');
for i=1:size(p,1)
f=strtrim(p(i,:));
spm_smooth(f,'temp.nii',[12 12 12]);
vf=spm_vol('temp.nii');
[M,scal] = spm_affreg(vg,vf,flags);
M3=M(1:3,1:3);
[u s v]=svd(M3);
M3=u*v';
M(1:3,1:3)=M3;
N=nifti(f);
N.mat=M*N.mat;
create(N);
end


auto_reorient.m

SPMは定期的にアップデートされています。spm_updateというコマンドをうつと、自分のSPMのバージョンが最新かどうかチェックできます。

>> spm_update
A new version of SPM is available on:
ftp://ftp.fil.ion.ucl.ac.uk/spm/spm8_updates/
(Your version: 4290 - New version: 4667)

これまで、FTPでアップデートをとってきていましたが、ある方に、spm_update(1)とやると、自動で最新ファイルを入手してくれるよと教わりました。

自分が使っているSPMがちょうどアップデートが必要だったのでやってみました。

>> spm_update(1)
A new version of SPM is available on:
ftp://ftp.fil.ion.ucl.ac.uk/spm/spm8_updates/
(Your version: 4290 - New version: 4667)
2781 files have been updated.

確かにアップデートされます。便利ですね。

I’m learning how to make a script for SPM.
Below is a simple script which converts the data type of the image file.
It should work for both SPM8 and SPM5.

%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
%Data type converter
%Convert the data type (uint8, int16, int32, float32, float64)
%Usage
%Change the value at line 26(options.dtype) to the datatype you want.
%Kiyotaka Nemoto 2 Jan 2010
P = spm_select(Inf,’image’,'Select Files to be converted’);
for i=1:size(P,1)
ref = deblank(P(i,:));
[pth,nam,ext] = spm_fileparts(ref);
odir = pth;
cvt = ['d' nam '.nii'];
matlabbatch{1}.spm.util.imcalc.input = {ref};
matlabbatch{1}.spm.util.imcalc.output = cvt;
matlabbatch{1}.spm.util.imcalc.outdir = {odir};
matlabbatch{1}.spm.util.imcalc.expression = ‘i1′;
matlabbatch{1}.spm.util.imcalc.options.dmtx = 0;
matlabbatch{1}.spm.util.imcalc.options.mask = 0;
matlabbatch{1}.spm.util.imcalc.options.interp = 1;
matlabbatch{1}.spm.util.imcalc.options.dtype = 4;
% uint8=2; int16=4; int32=8; float32=16; float64=64
spm_jobman(‘run’,matlabbatch);
end
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%

Download datatypeconv.m

包括型脳科学研究推進支援ネットワークで、2011年1月16日に、ワークショップ「精神疾患の画像研究スタートアップ」が行われました。

私がそこで参加者の皆様にお配りしたSPMのセットアップに関しての手引きに関していくつかリクエストをいただいたので公開します。

SPMのセットアップに困っている方々のお役に立つかもしれません。

SPMのセットアップ方法をダウンロード

私がSPMについて学び始めたころ、SPMの統計のところについての入門書的なリソースがないか探していた時に、Matthew Brett氏のIntroduction to SPM statisticsに出会いました。1999年に書かれたものなので、SPM96とSPM99を対象に書かれていますが、原則は同じですので、今でも十分に役立ちます。SPMの統計の基本を学びたい方にとっては必読と思います。

このたび、Matthew Brett氏から許可を得て日本語に翻訳しました。SPMの日本語リソースがまだまだ少ない中、お役に立てれば幸いです。

SPM統計入門(PDF)をダウンロード