Update of Lin4Neuro (28 Feb 2013)

Lin4Neuro was updated. Some changes are…

  • 3D Slicer was updated to 4.2.2-1 (only in 64bit version).
  • MITK and MITK Diffusion was updated to 2012.12 version (only in 64bit version).
  • nfs-common was added so that it can support NFS filesystem with default settings.

I also stopped developing Lin4Neuro based on Ubuntu 10.04LTS. I focus on developing Lin4Neuro based on Xubuntu 12.04LTS.

You can download latest Lin4Neuro from here.

New Lin4Neuro based on Xubuntu 12.04

I am pleased to announce the new release of Lin4Neuro based on Xubuntu 12.04LTS.
Only 64-bit version is released this time, but I’m working on 32-bit version so hopefully I will be able to release the 32-bit version in the near future.

I chose Xubuntu 12.04 as a base of Lin4Neuro simply because I don’t like Unity. If you look at the screenshot of new Lin4Neuro, you can tell that I made UI as simple as I could.

At the same time, I keep working on Lin4Neuro based on Ubuntu 10.04LTS, because FSLView doesn’t work on Ubuntu 12.04… I know some of users like to use FSLView, so I keep working on it.

Other than FSLView, there are some differences between versions.

  • New Lin4Neuro (L4N12.04) includes DSI studio in response to a request by Renaud Nicolas.
  • L4N12.04 doesn’t includ N3 tools. I haven’t been able to install the software yet.

So Now you have three options. From now on I will name the each version as following (I do not change the file name of old versions);

You can download each version from http://www.nemotos.net/lin4neuro/

Hope Lin4Neuro will help you enjoy playing with your images.

Lin4Neuro日本語版ページの開設

これまで需要がありましたが、多忙にかまけてさぼっていたLin4Neuroの日本語版のページを作成いたしました。英語が苦手な方やとりあえず、何がどうなってるのと思う方々には多少お役に立てるのではないかと思います。
このブログの上の方にある「Lin4Neuro日本語版」をクリックしていただくか、
こちらからご覧ください。

Update of Lin4Neuro (18Sep2012)

I updated Lin4Neuro. The main changes of this version are the following.

  • FSL was updated to 5.0.0.
  • Slicer was updated to 4.1.1. (only in 64bit version)

Since FSLView doesn’t work well with Ubuntu 12.04, I stick to Ubuntu 10.04 for the time being.
However, I’m in the process of developing Lin4Neuro based on Ubuntu 12.04 (actually Xubuntu 12.04) now. Hopefully I will be able to release 12.04base version by the end of this year.

You can get the iso images from www.nemotos.net/l4n-iso

Lin4NeuroをUSBメモリから起動する方法

普段Windowsを使っているけれども、Linuxを使ってみたい。そんな人はある程度いると思います。特に、画像解析をする人は特にそうかもしれません。
そんなとき、3つのオプションがあります。

  1. WindowsにVMware playerやVirtualboxなどの仮想化ソフトをインストールし、その中にLinuxをインストールする。
  2. これはなかなか便利です。私も普段、これで仕事をしています。Lin4Neuroの開発はVMware上で行なっています。何度も試行錯誤がきくからです。具体的な方法はこちらに記載しましたので、そちらを御覧ください。

  3. USBメモリにインストール
  4. これが今から示す方法です。これが便利なのは、自分のPCでなく、手元に転がっているPCで同じ環境を再現できるということです。もしくは、チュートリアルなどで人に何かを伝えたい場合に、自分で環境を準備しておいて、USBメモリを準備することで他の人が全く同一の環境を再現することができます。

  5. Macに乗り換える
  6. Mac OSXはBSDベースで、Bシェルが普通に走ります。これは結構便利で、最近、Macに乗り換えようかどうか真剣に考えています。でも、一つのことに傾倒しすぎるのはどうかなとも思っているので、MacBookProを持ってはいますが、まだメインマシンとはなっていません…。

LinuxをUSBメモリにインストールする方法は知っておくと何かと役に立つことがあります。Windowsのファイルが壊れてしまい、Windowsが立ち上がらなくなった時、LinuxブートのUSBメモリを持っておけば、それから起動してPCから多くのファイルを救出することができます。なので、Lin4Neuroに限ったことではないのですが、便利なのでその起動方法をPDFドキュメントにまとめてみました。下のリンクからどうぞ。

Lin4Neuro_USB.pdfをダウンロード

VMware player上でのLin4Neuroの使い方

画像解析に特化したカスタマイズOSのLin4Neuro。一定の需要があるようで、便利という声をいただいております。
画像解析のためだけにWindowsからLinuxに乗り換えることを躊躇している人も多いと思います。正直、私も画像解析のメインマシンはLinuxですが、日頃の雑多な仕事はまだWindows上で行なっています。Linuxは基本いいのですが、つまずいたときにすぐにトラブルシューティングできるだけの能力がまだないからです。

64bitでメモリもたくさんのっかる世の中、仮想環境がずいぶん充実してきました。Lin4Neuroも仮想環境でけっこういい感じで動きます。めちゃくちゃメモリを使う仕事でなければ、ノートPCに8GBのメモリを載せ、そのうち4GBを仮想に割り当ててそこでLin4Neuroを走らせれば、けっこういい感じで解析ができます。

ということで、VMware player(無償で入手できます)上でのLin4Neuroの動かし方をPDFドキュメントにしてみました。必要な方はダウンロードしてください。

Lin4Neuro_VMwareのダウンロード