MRIConvertやdcm2niiを用いたDICOM→NIFTI変換の方法

画像解析のためには、DICOM画像をNIFTI画像に変換する必要があります。
主に使われるソフトウェアとして、MRI Convertとdcm2niiがあります。
開発者からスクリーンショットを使ってよいという許可をいただきましたので、
MRI Convertおよびdcm2niiの使用方法をPDFで公開します。

MRIConvertの使用方法(PDF)
dcm2niiの使用方法(PDF)

10 thoughts on “MRIConvertやdcm2niiを用いたDICOM→NIFTI変換の方法

  1. いつもお世話になっております。ご教示いただきたいことがあり質問します。私のところではDICOM形式の水平断25枚のスライスをNIFTI形式に変換するのですが矢状断と前額断がつぶれたようになります。スライス数が少ないためこのようになるのでしょうか。よろしくお願いします。

  2.  いつもお世話になっております。ご教示いただきたいことがあり質問します。私のところではDICOM形式の水平断25枚のスライスをNIFTI形式に変換するのですが、矢状断と前額断がつぶれたようになります。スライス数が少ないためこのようになるのでしょうか。よろしくお願いします。

    • ご質問いただいたような画像は、おそらく、1枚1枚のスライスの間にギャップがあると思います。
      水平断で25枚のスライスということは、たいていの場合、1枚のスライスが脳の5mmぐらいの厚さで、次のスライスとの間に2cmぐらいあいていてもおかしくありません。なので、NIFTI viewerには、そのスライスの間隔を考慮しないものが多いので、その場合、ギャップがつぶされる形になりますから、矢状断と冠状断がつぶれたように見えてもおかしくありません。
      これで回答になりますでしょうか?

      •  回答ありがとうございます。普通は何枚のスライスを変換するものなのでしょうか。また、自分が画像を変換し分割化したものは白質の容積がかなり少なく表示されます(通常の10分の1程度)。これは変換後の画像がつぶれていることが原因なのでしょうか。

        • 通常は、「3次元T1強調画像」なるものを撮像します。施設によって様々ですが、矢状断で、140枚〜180枚程度撮像しているところが多いと思います。
          もし、VSRADによる解析を行っているようでしたら、そのための画像がVBMに用いる画像となります。

          そして、白質の容積が少ない理由はご推察のとおりです。20枚程度のスライスでは、脳の多くの情報が失われていますので、容積はとても小さくなると思います。

          ご参考まで。

  3. 根本先生
    昨年のチュートリアルセミナーでは講義をうけました。また、すぐできるVBMの図書も購入し、実際のデータ解析に役立てようとしております。
    12月の講義ではniftiデータの扱いでした。
    手元のデータはdicomデータで、niftiデータにまず変換しなくてはと思い、先生の本に書いてありましたMRIconvertをダウンロードし使おうとしましたが、dicomファイルを選択しても
    どうしても、MRconvertの上方画面に読み込むことができません。
    どうしたら動くのでしょうか?
    どうぞよろしくお願い申し上げます。

    • 荒木先生

      ご質問、ありがとうございます。
      このページにある”MRIConvertの使用方法”をみていただいてもうまくできないということですね。
      もし、そうならば、一度、dcm2niiguiを使うことをおすすめします。
      このページにある”dcm2niiの使用方法”のPDFをダウンロードしていただき、それに従ってやってみてはいかがでしょうか?

      それでもだめならばまたご連絡いただけますか?よろしくお願いします。

  4. 他のソフトと大きく変わらず簡便だと思います。
    フォルダに他の撮像が入り交じっていてもきちんと種類分けしてどの撮像をを表示するか聞いてくれます。sagittal画像も変換してみましたがSPMで困ったことはありませんでしたので自動的にaxialになるのでしょうか。
    本質的ではありませんが現在iNPHの解析を行っていまして、viewerとしてcallosal angleも計測できるため使用しています。nifti viewerでangleの計測をできるものがなかなか無いようでした。いつも教えていただいてばかりなので、と思いましたがあまり変わりませんね。申し訳ありません。一度試しに使ってみてください。

    • 高橋先生

      よろしかったら、Mango viewerのいいところを教えていただけませんか?Linux版もあるようなので、試してみたいと思っています。

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