FSLでFA画像を用いてMD画像を非線形変換する方法

FSLにはFA画像を非線形変換する際、FA_2_FMRIB58_1mm という設定ファイルが準備されており、比較的簡単に非線形変換ができます。
しかし、MD画像を非線形変換したい場合にはすぐにはうまくできません。
この時、FA画像の非線形変換のパラメーターを利用することで、可能になります。
ポイントは、flirt, fnirt, applywarp を上手に使うことです。
以下、sub1_FA.nii.gz, sub1_MD.nii.gz があるという前提でこれらを標準化するコマンドを記載します。コメントに意味を記載しています。

# FA画像を線形変換で標準化
# パラメータを affine.mat として出力(変換後の画像は出力しない)
flirt -ref $FSLDIR/data/standard/FMRIB58_FA_1mm \
      -in sub1_FA \
      -omat affine.mat
# FA画像を非線形変換で標準化
# 非線形変換のパラメータ画像を、sub1_cout.nii.gz として出力
# FA画像の標準化された画像を、sub1_FA_fnirted.nii.gz として出力
fnirt --config=FA_2_FMRIB58_1mm \
      --in=sub1_FA \
      --aff=affine.mat \
      --cout=sub1_cout \
      --iout=sub1_FA_fnirted
# MD画像を非線形変換で標準化
# 上記で得られた、affine.mat, sub1_cout.nii.gz を利用して、
# sub1_MD を変換させる
# sub1_FA と sub1_MD は全く同じ次元なので、パラメータだけ当てはめることができる
# MD画像の標準化された画像を、sub1_MD_fnirted.nii.gz として出力
applywarp --ref=$FSLDIR/data/standard/FMRIB58_FA_1mm \
          --in=sub1_MD \
          --warp=sub1_cout \
          --premat=affine.mat \
          --out=sub1_MD_fnirted

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2 thoughts on “FSLでFA画像を用いてMD画像を非線形変換する方法

  1. こんにちは。大学院生で研究をしている者です。
    最近fslを利用し始めた未熟者ですが、ご質問させてください。
    現在T2のデータ(8つのエコーの内1つ目)を入力してref=MNI152_T1_2mm, config=T1_2_MNI152_2mm.cnfとしてflirt,fnirtまで行いました。
    ここで得られたcoutとmatを用いて2つ目のエコーをapplywarpしました。(T2を扱うためapplywarpのrefは1つ目のエコーで得られた画像にしたいです。)
    しかし、一つ目のエコーは上手く行きましたが二つ目のエコーが上手くいきませんでした。(内容としては、脳の左半分が切れておりmatlabで確認しても左半分のボリュームデータはありませんでした。剛体変換等も上手くいってないように思えます。)
    上手く状況を説明できているかわかりませんがよろしくお願いします。
    現在のコードは以下です。
    cd /Users/swan/Desktop/MaskFolder/pt11
    flirt -ref $FSLDIR/data/standard/MNI152_T1_2mm_brain \
    -in 11mask1.nii \
    -omat affine.mat

    fnirt –config=T1_2_MNI152_2mm.cnf \
    –in=11mask1 \
    –aff=affine.mat \
    –cout=echo1_cout.nii \
    –iout=echo1_T2_fnirted

    applywarp –ref=echo1_T2_fnirted \
    –in=11mask2.nii \
    –warp=echo1_cout.nii \
    –premat=affine.mat \
    –out=echo2_T2_fnirted

    • すみません、このコメントがなぜだかスパム扱いされてしまっていました…。
      気づくのが遅くなって申し訳ありません。

      T2のデータを使っているのが問題を起こしていると思います。
      そしておっしゃるように剛体変換から失敗していると思います。

      なぜならば、
      flirtで reference としていらっしゃる MNI152_T1 はその名の通りT1強調画像ですし、
      fnirtで設定に使用している config T1_2_MNI152_2mm.cnf も、その名の通り、T1画像をMNIに非線形変換するための設定ファイルだからです。

      T1のデータがありませんか?

      私だったら、以下の方法をとります。

      – T1とT2を位置合わせをします。
      – T1をflirt, fnirtしてパラメータを出力します。
      – T2に対して、そのパラメータをあわせます。

      T1とT2をあわせる方法はおわかりになりますか?

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