macOS 10.15 (Catalina) でFSLのインストールがうまくいかない時の解決方法

FSLのMLに最近、macOS 10.15の方々がインストールがうまくいかないという相談がたくさんなされています。

エラーメッセージは以下のような感じです。

Stage 1
By installing this python distribution you agree to the license terms in
/usr/local/fsl/fslpython/LICENSE.txt
100%
/usr/local/fsl/etc/fslconf/fslpython_install.sh: line 188: /usr/local/fsl/fslpython/bin/conda: No such file or directory
/usr/local/fsl/etc/fslconf/fslpython_install.sh: line 189: /usr/local/fsl/fslpython/bin/conda: No such file or directory
/usr/local/fsl/etc/fslconf/fslpython_install.sh: line 190: /usr/local/fsl/fslpython/bin/conda: No such file or directory
/usr/local/fsl/etc/fslconf/fslpython_install.sh: line 191: /usr/local/fsl/fslpython/bin/conda: No such file or directory

これに対する解決法がFSLの中の人から示されています。

https://www.jiscmail.ac.uk/cgi-bin/webadmin?A2=FSL;bd0fa8bf.2004

具体的には以下になります。

  1. テキストエディタで fslpython_install.sh を開きます。管理者権限が必要です。
  2. sudo open -e /usr/local/fsl/etc/fslconf/fslpython_install.sh
    
  3. コードの修正
  4. 149行目が以下のようになっているはずです。

    dl_cmd_opts=”–fail”

    これを以下のように修正します。( -L を追加するだけです )

    dl_cmd_opts=”–fail -L”

  5. コマンドの実行
  6. 以下のコマンドを実行します。

    sudo rm -r /usr/local/fsl/fslpython
    sudo /usr/local/fsl/etc/fslconf/fslpython_install.sh  -f  /usr/local/fsl
    

私はCatalinaをまだ使っていませんが、たぶんはまる人がたくさんいると思いますので、掲載しておきます。

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10 thoughts on “macOS 10.15 (Catalina) でFSLのインストールがうまくいかない時の解決方法

  1. 根本先生 
    FSLについて丁寧にご解説いただき感謝しております。 
    FSLインストール完了(imglob確認済み)後、fsleyes-0.34.0-をインストールしましたが、
    ターミナル にfsleyesと入力すると、/usr/local/fsl/fslpython/envs/fslpython/bin/pythonw: line 3: /usr/local/fsl/fslpython/envs/fslpython/python.app/Contents/MacOS/python: No such file or directory
    と出てきて起動できません。フォルダを確認すると、usr/local/fsl/fslpython/pkgs/fsleyes-0.34.0-py37hc8dfbb8_0/lib/python3.7/site-packages/fsleyesとなっています。この状態からfsleyeを起動させる
    方法をアドバイスいただけますよう、宜しくお願いいたします。

    • 佐藤先生

      返信が遅くなりすみません。

      まず、

      /usr/local/fsl/fslpython/pkgs/fsleyes-0.34.0-py37hc8dfbb8_0/lib/python3.7/site-packages/fsleyes

      これで起動するか確認していただけますか?

  2. 初めまして。
    FSLのインストールに際し、非常に参考にさせていただいております。誠にありがとうございます。
    現在 mac OS Mojaveに導入を試みているのですが、imglobと入れるとcommand not foundと表示されます。インストールがうまくていっていないと考え、fslpython_install.shの書き換えも行いました。しかし
    Stage 1
    By installing this python distribution you agree to the license terms in
    /usr/local/fsl/fslpython/LICENSE.txt
    100%
    Failed to install Miniconda – see /var/folders/pc/03cvkbm12p3bgtx5jrqxs58r0000gn/T/fslpythonXXXX.jBRwwyv0/fslpython_miniconda_installer.log for details

    と表示されてしまい進みません。解決策があれば教えていただきたいのですが、いかがでしょうか。よろしくお願いいたします。

    • ご質問ありがとうございます。
      今、困っている問題は、以下の方法で解決できる方法があると思います。
      以下のリンクをご覧いただけますか?

      https://www.nemotos.net/?p=2964

      具体的には以下になります。

      cd /usr/local/fsl
      sudo rm -r fslpython
      sudo -E $FSLDIR/etc/fslconf/fslpython_install.sh
      

      これで解決するかと思います。試してみてください。

      • お忙しい中早急な対応をありがとうございます。
        ご提案いただいた方法を行ってみましたが、
        sudo rm -r fslpython
        Password:
        rm: fslpython: No such file or directory
        と表示されます。また、その後
        sudo -E $FSLDIR/etc/fslconf/fslpython_install.sh
        Stage 1
        By installing this python distribution you agree to the license terms in
        /usr/local/fsl/fslpython/LICENSE.txt
        100%
        Failed to install Miniconda – see /var/folders/pc/03cvkbm12p3bgtx5jrqxs58r0000gn/T/fslpythonXXXX.1HAdAg7O/fslpython_miniconda_installer.log for details

        と表示されてしまいます。
        python -V と入力すると
        Python 3.7.6 と表示されるのですが、別にminicondaのインストールをする必要があるのでしょうか?

        お手数をおかけして申し訳ありません。よろしくお願いいたします。

        • そうだったのですね。

          ひとつ確認ですが、FSLのインストールの際に、python2.7 fslinstaller.py のように、python2系を明示してインストールされましたか?

          このminicondaというのは、FSLが独自でインストールするものなので、別にいれる必要はありません。

          そして、エラーメッセージが、fslpython_miniconda_installer.log に詳細が書いてあるとありますので、

          もしよろしかったらターミナルから

          open -e /var/folders/pc/03cvkbm12p3bgtx5jrqxs58r0000gn/T/fslpythonXXXX.1HAdAg7O/fslpython_miniconda_installer.log
          

          としていただき、(全部1行です)
          このログの中身を表示して、それをまるごとコピーで、返信にはりつけていただけませんか?
          そうしたら、原因が探れると思います。

          • なんども申し訳ありません。ご返信ありがとうございます。
            インストールの際にはpython2.7と入力しています。
            ログの内容は以下になります。

            Installing FSL conda distribution into /usr/local/fsl/fslpython
            curl: option –fail-L: is unknown
            curl: try ‘curl –help’ or ‘curl –manual’ for more information
            bash: /var/folders/pc/03cvkbm12p3bgtx5jrqxs58r0000gn/T/fslpythonXXXX.1HAdAg7O/fslpython_miniconda_installer.sh: No such file or directory

            お手数をおかけ致しますが、よろしくお願いいたします。

          • ログを見てわかりました。

            たぶん、/usr/local/fsl/etc/fslconf/fslpython_install.sh を修正してもらった際に、

            curl -fail -L と -fail と -L の間に 半角スペースが必要なのが、
            curl -fail-L とスペースがなくくっついているのが問題だと思います。

            そこを確認してもらってから、再度試してみていただけませんか。

          • お手数をおかけして申し訳ありません。
            半角スペースを入れたら解決できました。
            誠にありがとうございます。

          • 無事に解決できてよかったです。何かあったらまた聞いていただけたらと思います。

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