Windows 10でFSLをネイティブ環境で起動する方法

FSL_on_Windows

2016年8月1日、Windows 10がAnniversary updateされました。
そこで、かねてから話題になっていたことですが、ついにUbuntuがWindowsに搭載されました。
ここ数年Ubuntuユーザーである私からしたら、別にどうってことないんですが、
これはWindowsで画像解析をやってきた方々には、すごく意味のある変化です。

Windows上でFSLが動かせる可能性が出てきた

ということですので。

早速、人柱的にやってみました。

普通に起動するところまでは成功しました!

  1. Windows 10 Anniversary Updateの入手(2016年9月9日現在、これはもうしなくて大丈夫です)
  2. まずはこれをしないことには話がはじまりません。(と書いていますが、2016年9月にはAnniversary Updateは普通に配布されているので、最新版に更新していただければ、終了です)

    Windows 10の「設定」→「更新とセキュリティ」に進んだ後、一番下にある「詳細情報」をクリックします。

    そうすると、Windows10の更新履歴のページが立ち上がるはずです。(直接左のリンクをクリックするのもありです)

    そこに「Anniversary Updateを入手する」とありますので、素直にクリックします。

    そうするとアップデートがはじまります。素直に従えば30分程度ですべて起動するはずです。

  3. Windows Subsystem for Linux(beta)の有効化
  4. 再起動後、スタートボタンを右クリックし、コントロールパネルを開きます。

    「プログラム」→「Windowsの機能の有効化または無効化」をクリックします。

    そうすると、ダイアログが開きますので、Windows Subsystem for Linux(beta)のチェックボックスにチェックを入れて「OK」とします。
    再起動を求められますので、再起動します。

  5. 開発者モードの有効化
  6. 次に、また「設定」→「更新とセキュリティ」に行きます。
    左側のメニューに「開発者向け」というものがあります。
    そこをクリックし、出てきた画面で、「開発者モード」を選択します。

    また再起動を要求されますので、再起動します。

  7. Xmingの入手
  8. 次に、Xmingを入手します。最新版はお金を寄付しないと入手できないようなので、無料版を手に入れます。
    こちらから入手できます。

    インストールはシンプルです。すべてデフォルトのままでOKです。

    早速起動します。といっても何もおきません。
    ただ、Windowsの右端のタスクバーを見ると、そこにちゃっかりといます。

    xming

    Xmingの上にマウスをもってくると、今の場合、Xming Server:0.0となっています。この0.0をあとで使います。

  9. bashの起動
  10. ここまで来たら、bashを起動します。

    まず、Windowsからコマンドプロンプトを起動します。簡単な方法は、メニュー左下の「何でもきいてください」というところに cmd とタイプすることです。
    そうすると、コマンドプロンプトが起動します。

    そこで

    bash
    

    とタイプしてください。
    そうすると、質問されますので “y” と答えると、bashのインストールがはじまります。
    そのうちに、ユーザー名とパスワードを設定するようにたずねられますので、それぞれ設定してください。

    ここでインストールされるものはUbuntu 14.04となります。

  11. FSLのインストール
  12. 次に、FSLをインストールします。

    下記をそのままコピペしてください。

    sudo apt-get update
    sudo apt-get dist-upgrade
    wget -O- http://neuro.debian.net/lists/trusty.jp.full | sudo tee /etc/apt/sources.list.d/neurodebian.sources.list
    sudo apt-key adv --recv-keys --keyserver hkp://pgp.mit.edu:80 0xA5D32F012649A5A9
    sudo apt-get update
    sudo apt-get install fsl
    

    何をしているかというと、

    ・リポジトリを更新します
    ・Ubuntuを最新の状態にアップデートします
    ・Neurodebianリポジトリを有効にします
    ・Neurodebianリポジトリのための鍵を入手します
    ・上記の作業を有効にするためにリポジトリを更新します
    ・FSLをインストールします

  13. .bashrcへの追記
  14. 最後に以下をタイプしてください。

    echo ". /etc/fsl/fsl.sh" >> ~/.bashrc
    echo "export DISPLAY=localhost:0.0" >> ~/.bashrc
    

    これは

    . /etc/fsl/fsl.sh
    export DISPLAY=localhost:0.0

    という2行を.bashrcというファイルに書き込みます。

    最初の行は、FSLの起動のために必要なコマンドで、
    2行目は、GUIを起動するためにbashにXmingがどこにあるかを伝えています。
    0.0は先ほどXmingで確認した数値です。もし、自分の環境で異なっていたら適宜修正してください。

  15. 起動確認
  16. 一度bashを終了します。

    exit
    

    とタイプしてください。
    そうすると普通にコマンドラインに戻るので、改めて

    bash
    

    とタイプしてください。

    そのうえで

    fsl
    

    とタイプすると、FSLが起動しないでしょうか。

    fslview
    

    でFSLViewも起動します。

    お試しあれ。
    今後、いろいろ動きが起こりそうです。
    ここ最近何回かやってきたシェルスクリプトの講習会などもより意味を持つようになってきますね。

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43 thoughts on “Windows 10でFSLをネイティブ環境で起動する方法

  1. 根本 清貴 先生

    前回のコメント撤回させて下さい。GEの業者に問い合わせて、MPGファイルは企業秘密であるが、機密保持の確認書を取り交わして、MPGファイルを提供して頂ける事になりました。各ボクセルの
    拡散テンソルは各水平断面毎ではなく、各MPG毎にサンプリングされているようです。当方の不勉強の為、御迷惑をお掛け致しました。今後とも宜しくお願い致します。

    • 吉川先生

      すみません、どうも前回のコメントが正しく投稿されていなかったようです。
      (私は確認できていませんでしたので、投稿できていないようです)
      無事に解決できたようで何よりです。

      と思ったら、スパムに分類されてしまっていました。
      これから確認して他のところは回答します。

  2. 根本 清貴 先生

    当方、回復期リハ病棟で、脳卒中患者さんを診ています。先生の御本、すぐできるVBMを悪戦苦闘し、約8カ月で通読。SPM12でfMRIの処理は、何とか可能となりました。dTVⅡをダウンロードしましたが、MPGファイルがMRIデータの、何処にあるか分からず(MRI:GE製、1.5T,MPG15方向)、途方に暮れています。先生の御指示に従い、Windows 10にFSL、FSLview、ダウンロード出来ました。
    初歩的な質問で申し訳ありません。
    1)MPGファイルがなくても、楕円球体モデルを仮定する場合には、各ボクセルの3軸方向の固有単位ベクトル、固有値が分かればstream line 描出は可能でしょうか。
    2)FSLでも、tractography解析には、MPGファイル入力は必要でしょうか。
    3)FSL慣熟の為、sample data ダウンロードしました。sample data を、どこに格納し(Cドライブ?)、FSLから、どの様にアクセスすれば宜しいでしょうか。

    御教示頂けましたら、幸いです。

    • 吉川先生

      1, 2 の質問は解決済とします。
      3. についてですが、Windows10でFSLを走らせるのは、まだ実験的要素が強いので、初学者にはおすすめできません。
      よろしかったら、Lin4Neuroを使っていただけたらと思います。

  3. いつも参考にさせていただいております。おかげさまで、windows10でFSLの起動ができました。
    実際に解析しようとしたのですが、コマンド上で外付けHDDを読み込めません。
    exFATでフォーマットしたドライブで、windowsのエクスプローラーでは普通に開けます。
    どうすればよろしいでしょうか。よろしくお願いします。

  4. いつも参考にさせています。
    画像解析初心者です。
    動作確認のために、windowsとmacで同じ操作をしながら、fslでDTI画像解析をしております。
    run_first_allというコマンドを行うと、windowsではいくらかのファイル(例えば、_Caud_first.vtkや_Amyg_first.bvarsや_Hipp_first.vtkなどなどのファイル)が作成されておりませんでした。
    windowsのfslの設定の問題でしょうか?原因わかれば、お教えください。

    • itoさん

      ご質問ありがとうございます。

      すみません、私もWindows10でFSLを起動するところまでは確認しましたが、細かいところまでひとつひとつは確認できていません。

      つきましては、以下にご協力いただけませんでしょうか。

      run_first_allは、オプションとして、

        -d               : do not cleanup image output files (useful for debugging)
        -v               : verbose output
      

      というものが準備されています。

      エラーが起こるとしたら、このオプションをつけて解析したらわかると思います。

      よろしければ、

      run_first_all -d -v -i 入力画像 -o 出力名
      

      として、その結果をコピペしていただけませんでしょうか?
      そうしたら、何が起こっているのかを推測できるかと思います。
      よろしくお願いします。

    • 追記です。windowsでは_all_fast_firstseg.nii.gzというファイルが作成出来ておりません。

      • itoさん

        先ほどコメントしましたが、まず、出力ファイルを指定されていらっしゃいますか?

        たとえば

        run_first_all -i 入力画像 -o subj1
        

        とすると、subj1_all_fast_firstseg.nii.gz

        というようなファイルができます。

        -o を省略すると、Windows上では隠しファイル扱いになってしまう気がします。
        (間違っているかもしれませんが)

        • コメントが行き違いになり申し訳ありません。
          出力ファイルは指定しております。

          • 了解しました。それでは、先ほどのように、-d -v オプションをつけていただいて、その結果を最初に入力したコマンドとともにコピペしていただけたらと思います。

            よろしくお願いします。

          • ありがとうございます。-i T1 -o T1としております。

            上記のコマンドの結果は
            STRUCTURES: L_Accu L_Amyg L_Caud L_Hipp L_Pall L_Puta L_Thal R_Accu R_Amyg R_Caud R_Hipp R_Pall R_Puta R_Thal BrStem
            /usr/share/fsl/5.0/bin/first_flirt T1 T1_to_std_sub

            となっております。

          • itoさん

            私が

            run_first_all -d -v -i Subj01.nii -o Subj01
            

            を行うと以下のようになります。
            FIRSTは時間がかかりますが、しばらくそのままにしておいても、端末にたった2行しか出てきませんでしょうか?

            $ run_first_all -d -v -i Subj01.nii -o Subj01
            STRUCTURES: L_Accu L_Amyg L_Caud L_Hipp L_Pall L_Puta L_Thal R_Accu R_Amyg R_Caud R_Hipp R_Pall R_Puta R_Thal BrStem
            /usr/share/fsl/5.0/bin/first_flirt Subj01 Subj01_to_std_sub
            /usr/share/fsl/5.0/bin/run_first -i Subj01 -t Subj01_to_std_sub.mat -n 50 -o Subj01-L_Accu_first -m /usr/share/fsl/5.0/data/first/models_336_bin/L_Accu_bin.bmv; /usr/share/fsl/5.0/bin/first_boundary_corr -s Subj01-L_Accu_first -o Subj01-L_Accu_corr -i Subj01 -b fast
            /usr/share/fsl/5.0/bin/run_first -i Subj01 -t Subj01_to_std_sub.mat -n 50 -o Subj01-L_Amyg_first -m /usr/share/fsl/5.0/data/first/models_336_bin/intref_thal/L_Amyg.bmv -intref /usr/share/fsl/5.0/data/first/models_336_bin/05mm/L_Thal_05mm.bmv; /usr/share/fsl/5.0/bin/first_boundary_corr -s Subj01-L_Amyg_first -o Subj01-L_Amyg_corr -i Subj01 -b fast
            /usr/share/fsl/5.0/bin/run_first -i Subj01 -t Subj01_to_std_sub.mat -n 30 -o Subj01-L_Caud_first -m /usr/share/fsl/5.0/data/first/models_336_bin/intref_thal/L_Caud.bmv -intref /usr/share/fsl/5.0/data/first/models_336_bin/05mm/L_Thal_05mm.bmv; /usr/share/fsl/5.0/bin/first_boundary_corr -s Subj01-L_Caud_first -o Subj01-L_Caud_corr -i Subj01 -b fast
            /usr/share/fsl/5.0/bin/run_first -i Subj01 -t Subj01_to_std_sub.mat -n 30 -o Subj01-L_Hipp_first -m /usr/share/fsl/5.0/data/first/models_336_bin/intref_thal/L_Hipp.bmv -intref /usr/share/fsl/5.0/data/first/models_336_bin/05mm/L_Thal_05mm.bmv; /usr/share/fsl/5.0/bin/first_boundary_corr -s Subj01-L_Hipp_first -o Subj01-L_Hipp_corr -i Subj01 -b fast
            /usr/share/fsl/5.0/bin/run_first -i Subj01 -t Subj01_to_std_sub.mat -n 40 -o Subj01-L_Pall_first -m /usr/share/fsl/5.0/data/first/models_336_bin/05mm/L_Pall_05mm.bmv; /usr/share/fsl/5.0/bin/first_boundary_corr -s Subj01-L_Pall_first -o Subj01-L_Pall_corr -i Subj01 -b none
            /usr/share/fsl/5.0/bin/run_first -i Subj01 -t Subj01_to_std_sub.mat -n 40 -o Subj01-L_Puta_first -m /usr/share/fsl/5.0/data/first/models_336_bin/05mm/L_Puta_05mm.bmv; /usr/share/fsl/5.0/bin/first_boundary_corr -s Subj01-L_Puta_first -o Subj01-L_Puta_corr -i Subj01 -b none
            /usr/share/fsl/5.0/bin/run_first -i Subj01 -t Subj01_to_std_sub.mat -n 40 -o Subj01-L_Thal_first -m /usr/share/fsl/5.0/data/first/models_336_bin/05mm/L_Thal_05mm.bmv; /usr/share/fsl/5.0/bin/first_boundary_corr -s Subj01-L_Thal_first -o Subj01-L_Thal_corr -i Subj01 -b none
            /usr/share/fsl/5.0/bin/run_first -i Subj01 -t Subj01_to_std_sub.mat -n 50 -o Subj01-R_Accu_first -m /usr/share/fsl/5.0/data/first/models_336_bin/R_Accu_bin.bmv; /usr/share/fsl/5.0/bin/first_boundary_corr -s Subj01-R_Accu_first -o Subj01-R_Accu_corr -i Subj01 -b fast
            /usr/share/fsl/5.0/bin/run_first -i Subj01 -t Subj01_to_std_sub.mat -n 50 -o Subj01-R_Amyg_first -m /usr/share/fsl/5.0/data/first/models_336_bin/intref_thal/R_Amyg.bmv -intref /usr/share/fsl/5.0/data/first/models_336_bin/05mm/R_Thal_05mm.bmv; /usr/share/fsl/5.0/bin/first_boundary_corr -s Subj01-R_Amyg_first -o Subj01-R_Amyg_corr -i Subj01 -b fast
            /usr/share/fsl/5.0/bin/run_first -i Subj01 -t Subj01_to_std_sub.mat -n 30 -o Subj01-R_Caud_first -m /usr/share/fsl/5.0/data/first/models_336_bin/intref_thal/R_Caud.bmv -intref /usr/share/fsl/5.0/data/first/models_336_bin/05mm/R_Thal_05mm.bmv; /usr/share/fsl/5.0/bin/first_boundary_corr -s Subj01-R_Caud_first -o Subj01-R_Caud_corr -i Subj01 -b fast
            /usr/share/fsl/5.0/bin/run_first -i Subj01 -t Subj01_to_std_sub.mat -n 30 -o Subj01-R_Hipp_first -m /usr/share/fsl/5.0/data/first/models_336_bin/intref_thal/R_Hipp.bmv -intref /usr/share/fsl/5.0/data/first/models_336_bin/05mm/R_Thal_05mm.bmv; /usr/share/fsl/5.0/bin/first_boundary_corr -s Subj01-R_Hipp_first -o Subj01-R_Hipp_corr -i Subj01 -b fast
            /usr/share/fsl/5.0/bin/run_first -i Subj01 -t Subj01_to_std_sub.mat -n 40 -o Subj01-R_Pall_first -m /usr/share/fsl/5.0/data/first/models_336_bin/05mm/R_Pall_05mm.bmv; /usr/share/fsl/5.0/bin/first_boundary_corr -s Subj01-R_Pall_first -o Subj01-R_Pall_corr -i Subj01 -b none
            /usr/share/fsl/5.0/bin/run_first -i Subj01 -t Subj01_to_std_sub.mat -n 40 -o Subj01-R_Puta_first -m /usr/share/fsl/5.0/data/first/models_336_bin/05mm/R_Puta_05mm.bmv; /usr/share/fsl/5.0/bin/first_boundary_corr -s Subj01-R_Puta_first -o Subj01-R_Puta_corr -i Subj01 -b none
            /usr/share/fsl/5.0/bin/run_first -i Subj01 -t Subj01_to_std_sub.mat -n 40 -o Subj01-R_Thal_first -m /usr/share/fsl/5.0/data/first/models_336_bin/05mm/R_Thal_05mm.bmv; /usr/share/fsl/5.0/bin/first_boundary_corr -s Subj01-R_Thal_first -o Subj01-R_Thal_corr -i Subj01 -b none
            /usr/share/fsl/5.0/bin/run_first -i Subj01 -t Subj01_to_std_sub.mat -n 40 -o Subj01-BrStem_first -m /usr/share/fsl/5.0/data/first/models_336_bin/BrStem_bin.bmv; /usr/share/fsl/5.0/bin/first_boundary_corr -s Subj01-BrStem_first -o Subj01-BrStem_corr -i Subj01 -b fast
            /usr/share/fsl/5.0/bin/fslmerge -t Subj01_all_fast_firstseg Subj01-L_Accu_corr Subj01-L_Amyg_corr Subj01-L_Caud_corr Subj01-L_Hipp_corr Subj01-L_Pall_corr Subj01-L_Puta_corr Subj01-L_Thal_corr Subj01-R_Accu_corr Subj01-R_Amyg_corr Subj01-R_Caud_corr Subj01-R_Hipp_corr Subj01-R_Pall_corr Subj01-R_Puta_corr Subj01-R_Thal_corr Subj01-BrStem_corr ; /usr/share/fsl/5.0/bin/fslmerge -t Subj01_all_fast_origsegs Subj01-L_Accu_first Subj01-L_Amyg_first Subj01-L_Caud_first Subj01-L_Hipp_first Subj01-L_Pall_first Subj01-L_Puta_first Subj01-L_Thal_first Subj01-R_Accu_first Subj01-R_Amyg_first Subj01-R_Caud_first Subj01-R_Hipp_first Subj01-R_Pall_first Subj01-R_Puta_first Subj01-R_Thal_first Subj01-BrStem_first ; /usr/share/fsl/5.0/bin/first_mult_bcorr -i Subj01 -u Subj01_all_fast_origsegs -c Subj01_all_fast_firstseg -o Subj01_all_fast_firstseg

          • それでファイルができていないのでしょうか?

            ターミナルから

            $ ls *.vtk
            

            とタイプしていただくと、私の場合

            Subj01-BrStem_first.vtk Subj01-L_Pall_first.vtk Subj01-R_Caud_first.vtk
            Subj01-L_Accu_first.vtk Subj01-L_Puta_first.vtk Subj01-R_Hipp_first.vtk
            Subj01-L_Amyg_first.vtk Subj01-L_Thal_first.vtk Subj01-R_Pall_first.vtk
            Subj01-L_Caud_first.vtk Subj01-R_Accu_first.vtk Subj01-R_Puta_first.vtk
            Subj01-L_Hipp_first.vtk Subj01-R_Amyg_first.vtk Subj01-R_Thal_first.vtk

            と最初の質問でないと言われていたHipp_first.vtkなどはしっかり作られていますが…。

          • STRUCTURES: L_Accu L_Amyg L_Caud L_Hipp L_Pall L_Puta L_Thal R_Accu R_Amyg R_Caud R_Hipp R_Pall R_Puta R_Thal BrStem
            /usr/share/fsl/5.0/bin/first_flirt T1 T1_to_std_sub
            /usr/share/fsl/5.0/bin/run_first -i T1 -t T1_to_std_sub.mat -n 50 -o T1-L_Accu_first -m /usr/share/fsl/5.0/data/first/models_336_bin/L_Accu_bin.bmv; /usr/share/fsl/5.0/bin/first_boundary_corr -s T1-L_Accu_first -o T1-L_Accu_corr -i T1 -b fast
            /usr/share/fsl/5.0/bin/run_first -i T1 -t T1_to_std_sub.mat -n 50 -o T1-L_Amyg_first -m /usr/share/fsl/5.0/data/first/models_336_bin/intref_thal/L_Amyg.bmv -intref /usr/share/fsl/5.0/data/first/models_336_bin/05mm/L_Thal_05mm.bmv; /usr/share/fsl/5.0/bin/first_boundary_corr -s T1-L_Amyg_first -o T1-L_Amyg_corr -i T1 -b fast
            /usr/share/fsl/5.0/bin/run_first -i T1 -t T1_to_std_sub.mat -n 30 -o T1-L_Caud_first -m /usr/share/fsl/5.0/data/first/models_336_bin/intref_thal/L_Caud.bmv -intref /usr/share/fsl/5.0/data/first/models_336_bin/05mm/L_Thal_05mm.bmv; /usr/share/fsl/5.0/bin/first_boundary_corr -s T1-L_Caud_first -o T1-L_Caud_corr -i T1 -b fast
            /usr/share/fsl/5.0/bin/run_first -i T1 -t T1_to_std_sub.mat -n 30 -o T1-L_Hipp_first -m /usr/share/fsl/5.0/data/first/models_336_bin/intref_thal/L_Hipp.bmv -intref /usr/share/fsl/5.0/data/first/models_336_bin/05mm/L_Thal_05mm.bmv; /usr/share/fsl/5.0/bin/first_boundary_corr -s T1-L_Hipp_first -o T1-L_Hipp_corr -i T1 -b fast
            /usr/share/fsl/5.0/bin/run_first -i T1 -t T1_to_std_sub.mat -n 40 -o T1-L_Pall_first -m /usr/share/fsl/5.0/data/first/models_336_bin/05mm/L_Pall_05mm.bmv; /usr/share/fsl/5.0/bin/first_boundary_corr -s T1-L_Pall_first -o T1-L_Pall_corr -i T1 -b none
            /usr/share/fsl/5.0/bin/run_first -i T1 -t T1_to_std_sub.mat -n 40 -o T1-L_Puta_first -m /usr/share/fsl/5.0/data/first/models_336_bin/05mm/L_Puta_05mm.bmv; /usr/share/fsl/5.0/bin/first_boundary_corr -s T1-L_Puta_first -o T1-L_Puta_corr -i T1 -b none
            /usr/share/fsl/5.0/bin/run_first -i T1 -t T1_to_std_sub.mat -n 40 -o T1-L_Thal_first -m /usr/share/fsl/5.0/data/first/models_336_bin/05mm/L_Thal_05mm.bmv; /usr/share/fsl/5.0/bin/first_boundary_corr -s T1-L_Thal_first -o T1-L_Thal_corr -i T1 -b none
            /usr/share/fsl/5.0/bin/run_first -i T1 -t T1_to_std_sub.mat -n 50 -o T1-R_Accu_first -m /usr/share/fsl/5.0/data/first/models_336_bin/R_Accu_bin.bmv; /usr/share/fsl/5.0/bin/first_boundary_corr -s T1-R_Accu_first -o T1-R_Accu_corr -i T1 -b fast
            /usr/share/fsl/5.0/bin/run_first -i T1 -t T1_to_std_sub.mat -n 50 -o T1-R_Amyg_first -m /usr/share/fsl/5.0/data/first/models_336_bin/intref_thal/R_Amyg.bmv -intref /usr/share/fsl/5.0/data/first/models_336_bin/05mm/R_Thal_05mm.bmv; /usr/share/fsl/5.0/bin/first_boundary_corr -s T1-R_Amyg_first -o T1-R_Amyg_corr -i T1 -b fast
            /usr/share/fsl/5.0/bin/run_first -i T1 -t T1_to_std_sub.mat -n 30 -o T1-R_Caud_first -m /usr/share/fsl/5.0/data/first/models_336_bin/intref_thal/R_Caud.bmv -intref /usr/share/fsl/5.0/data/first/models_336_bin/05mm/R_Thal_05mm.bmv; /usr/share/fsl/5.0/bin/first_boundary_corr -s T1-R_Caud_first -o T1-R_Caud_corr -i T1 -b fast
            /usr/share/fsl/5.0/bin/run_first -i T1 -t T1_to_std_sub.mat -n 30 -o T1-R_Hipp_first -m /usr/share/fsl/5.0/data/first/models_336_bin/intref_thal/R_Hipp.bmv -intref /usr/share/fsl/5.0/data/first/models_336_bin/05mm/R_Thal_05mm.bmv; /usr/share/fsl/5.0/bin/first_boundary_corr -s T1-R_Hipp_first -o T1-R_Hipp_corr -i T1 -b fast
            /usr/share/fsl/5.0/bin/run_first -i T1 -t T1_to_std_sub.mat -n 40 -o T1-R_Pall_first -m /usr/share/fsl/5.0/data/first/models_336_bin/05mm/R_Pall_05mm.bmv; /usr/share/fsl/5.0/bin/first_boundary_corr -s T1-R_Pall_first -o T1-R_Pall_corr -i T1 -b none
            /usr/share/fsl/5.0/bin/run_first -i T1 -t T1_to_std_sub.mat -n 40 -o T1-R_Puta_first -m /usr/share/fsl/5.0/data/first/models_336_bin/05mm/R_Puta_05mm.bmv; /usr/share/fsl/5.0/bin/first_boundary_corr -s T1-R_Puta_first -o T1-R_Puta_corr -i T1 -b none
            /usr/share/fsl/5.0/bin/run_first -i T1 -t T1_to_std_sub.mat -n 40 -o T1-R_Thal_first -m /usr/share/fsl/5.0/data/first/models_336_bin/05mm/R_Thal_05mm.bmv; /usr/share/fsl/5.0/bin/first_boundary_corr -s T1-R_Thal_first -o T1-R_Thal_corr -i T1 -b none
            /usr/share/fsl/5.0/bin/run_first -i T1 -t T1_to_std_sub.mat -n 40 -o T1-BrStem_first -m /usr/share/fsl/5.0/data/first/models_336_bin/BrStem_bin.bmv; /usr/share/fsl/5.0/bin/first_boundary_corr -s T1-BrStem_first -o T1-BrStem_corr -i T1 -b fast
            /usr/share/fsl/5.0/bin/fslmerge -t T1_all_fast_firstseg T1-L_Accu_corr T1-L_Amyg_corr T1-L_Caud_corr T1-L_Hipp_corr T1-L_Pall_corr T1-L_Puta_corr T1-L_Thal_corr T1-R_Accu_corr T1-R_Amyg_corr T1-R_Caud_corr T1-R_Hipp_corr T1-R_Pall_corr T1-R_Puta_corr T1-R_Thal_corr T1-BrStem_corr ; /usr/share/fsl/5.0/bin/fslmerge -t T1_all_fast_origsegs T1-L_Accu_first T1-L_Amyg_first T1-L_Caud_first T1-L_Hipp_first T1-L_Pall_first T1-L_Puta_first T1-L_Thal_first T1-R_Accu_first T1-R_Amyg_first T1-R_Caud_first T1-R_Hipp_first T1-R_Pall_first T1-R_Puta_first T1-R_Thal_first T1-BrStem_first ; /usr/share/fsl/5.0/bin/first_mult_bcorr -i T1 -u T1_all_fast_origsegs -c T1_all_fast_firstseg -o T1_all_fast_firstseg

          • 詳細な結果をコピペしていただきありがとうございます。
            今、確認しましたが、私の結果と全く同一です。

            これで生成されるファイルに足りないものがあるでしょうか?ご確認ください。

          • 同様の作業で、mac側には作成されているのですが、windows側には
            $ ls
            20160901_fMRI_language_DTI T1_brain.nii.gz T1_brain_pve_2.nii.gz T1_brain_seg_2.nii.gz
            T1.com T1_brain_mask.nii.gz T1_brain_pveseg.nii.gz T1_to_std_sub.mat
            T1.com2 T1_brain_mixeltype.nii.gz T1_brain_seg.nii.gz T1_to_std_sub.nii.gz
            T1.logs T1_brain_pve_0.nii.gz T1_brain_seg_0.nii.gz
            T1.nii.gz T1_brain_pve_1.nii.gz T1_brain_seg_1.nii.gz

            しか作成できませんでした。

          • そうなんですね。

            それでは、ログを確認してみましょう。

            $ cat T1.logs/*
            

            の結果を貼り付けていただけませんか?

          • 結果のコメントが反映されないのですが、コメントできていますでしょうか?

            model file not found
            Error: cannot find image T1-L_Accu_first
            model file not found
            Error: cannot find image T1-R_Caud_first
            model file not found
            Error: cannot find image T1-R_Hipp_first
            model file not found
            Error: cannot find image T1-R_Pall_first
            model file not found
            Error: cannot find image T1-R_Puta_first
            model file not found
            Error: cannot find image T1-R_Thal_first
            model file not found
            Error: cannot find image T1-BrStem_first
            model file not found
            Error: cannot find image T1-L_Amyg_first
            model file not found
            Error: cannot find image T1-L_Caud_first
            model file not found
            Error: cannot find image T1-L_Hipp_first
            model file not found
            Error: cannot find image T1-L_Pall_first
            model file not found

          • これは、FSLが結果のファイルをHDDにうまく書き込めていないようですね。
            作業ディレクトリはどこなのでしょうか?

          • ありがとうございます。
            作業ディレクトリはC:¥Users¥名前¥image_dataというところです。

          • そうしましたら、一度、Linux側にデータをもってきて試していただけませんか?

            $ cd <- Ubuntuのホームディレクトリ
            $ mkdir img_data
            $ cp Windowsのimg_dataのパス/T1.nii ~/img_data
            $ cd ~/img_data
            

            一連のやりとりで私が推測することは、Windowsのディレクトリにあるファイルを直接操作しようとすると、
            おそらく、一時ファイルを作る時点で、Windowsの書き込み権限のために問題が生じ、結果的にファイルが生成されないということが起きる気がします。この問題を回避するために、作業ディレクトリをLinux側に完全に持ってきて、そちらで作業してみようというものです。
            試してみていただけますか。

          • すみません。
            ubuntuのホームディレクトリはどうやって確認すればよいのでしょうか。

          • cp C:/Users/名前/img_data/T1.nii ~/img_data
            cp: `C:/Users/名前/img_data/T1.nii’ を stat できません: そのようなファイルやディレクトリはありません

            となりました。

          • Ubuntu側では、Windowsのパスは最初に/mnt/をつけます。
            そして、:は無視します。

            そして、Ubuntuのホームディレクトリは/home/ユーザ名となります。
            ホームディレクトリはLinuxでは ~ で代用できます。

            以下のようになります。

            $ cd   <- cdだけうつと、Linuxではホームディレクトリに移動するという約束事があります
            $ mkdir img_data    <- これによって/home/ユーザ名/img_dataができます。
            $ cp /mnt/c/Users/名前/img_data/T1.nii ~/img_data    <- Linux側にコピーします
            $ cd ~/img_data    <- Linux側のimg_dataに移動します
            $ run_first_all -i T1.nii -o T1
            

            これでどうでしょうか?

          • 今の場合でしたら    の続きを拝見できませんでした。

            cp /mnt/c/Users/名前/img_data/T1.nii ~/img_data
            cp: `/mnt/c/Users/名前/img_data/T1.nii’ を stat できません: そのようなファイルやディレクトリはありません

            どこが間違っておりますでしょうか?

            sambaをインストールした方が共有しやすいでしょうか。。。?

          • 失礼しました。「今の場合でしたら」以降は、ミスです。削除しました。

            コマンドプロンプトから
            bash
            とタイプした時に
            どのようなプロンプトに変わるか教えていただけませんか?

            私の場合、

            kiyotaka@PC名:/mnt/c/Users/ユーザ名/img_data$

            となっているのですが。

            Sambaをインストールする前に、ここをきちんと確認した方がいいと思います。

          • 名前@MYCOMPUTER:/mnt/c/Users/名前$

            2016-09-09 の 19:38のコメントに個人名が入っており削除願えますでしょうか。すみません。

          • cp /mnt/c/Users/名前/img_data/T1.nii.gz ~/img_data
            とうったところできました。

          • 個人名が入ったものは削除しました。

            T1.nii.gzだったのですね。
            それでは、Linux側に無事にファイルを持ってこれましたから、
            それでrun_first_allをやってみてください。

          • 本当にありがとうございます。
            結果が出ましたら、またご連絡いたします。

            linux側のimg_data内にできたファイルをwindows側に移動する方法もご教授ください。

          • 先ほどと逆で大丈夫です。ただ、FIRSTの結果はディレクトリも含んでいるので、-rをつけるとなおいいと思います。
            上書きされるのを防ぐために、
            Windows側のimg_dataの下にfirst_resultなどのサブディレクトリを作成し、

             
            $ cp -r ~/img_data/* /mnt/c/Users/名前/img_data/first_result 
            

            を試してみてください。

          • そうなんですね。

            今、私は学会出張中で、手元にWindows環境がないので、
            来週頭にでもWindows環境での状況を確認します。

            基本動作は確認しましたが、FSLが小さなプログラムがたくさん集まったものであることを考えると、やはり仮想マシンを使うほうが無難なのかもしれませんね。

          • ls
            T1.com T1.com2 T1.com3 T1.logs T1.nii.gz T1_to_std_sub.mat T1_to_std_sub.nii.gz

            これだけしかできておりませんでした。

          • すみません。時間がかかりました。
            私のWindows環境でやってみて、理由がわかりました。
            FSL-FIRSTのためには、もうひとつインストールしなければいけないんです。

            sudo apt-get install fsl-first-data

            をしてみて、それから再度トライしていただけますか。

    • 無事にこれまでと同様に解析することができました。
      本当にありがとうございました。

      • よかったです。fsl-first-data はデフォルトではインストールされないので、FSL-FIRSTをやる際には気をつけなければいけませんね。
        私も勉強になりました。

  5. 初めまして。いつも参考にさせていただいております。
    windows10でFSL起動できるようになりました。ありがとうございます。
    FSL viewですが、起動はしているのですが、表示がうまくいかず、青紫色の画面が表示されたまま、画像の選択などができない状態となります。解決法をご存じでしたら、ご教授ください。

    • 度々、申し訳ありません。
      単純に画面外にコマンドボタンがあっただけでした。すみませんでした。

      • 情報提供をありがとうございました。
        こういう情報が蓄積することで皆が使えるようになると思いますので、
        こういう情報はWelcomeです。
        今後ともよろしくお願いします。

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