かつてauto_reorient.mというスクリプトを配布していましたが、これは現在のSPM12で動かなくなってしまいました。理由は単純でSPM12からspm_affregという機能がなくなってしまったからです。もし、過去のSPMからspm_affreg.mを持ってきたら問題なく使えるのですが、この機会に別の手法を考えてみました。
シンプルな方法は、MNI標準脳にCo-registrationすることです。これだけでかなりあいます。
しかし、画像の原点があまりにも違うところに設定されているとエラーが出ることがあります。
そこで、以前、山下先生に教わった方法を採用し、まず、originを画像の中心に設定し、そのうえで、SPM12に搭載されているicbm152.niiにco-registartionするスクリプトを書いてみました。
多くの画像で試してみましたが、それなりにうまくいきますし、処理速度も速いです。
よかったら試してみてください。
acpc_coreg.mをダウンロード（右クリックで保存してください）
Matlabのパスが通っているフォルダにこのファイルを置いていただき、
Matlabから
acpc_coreg
とタイプするだけです。