FSLViewで画像が正しい向きで表示されない時

FSLViewで画像を表示すると、思ったような向きで表示されないときがあります。
下に例を示します。

ここでは、上にある水平断、冠状断が角度が変になってしまっています。

しかし、よくみると、FSLViewは画像の前後をきちんと認識しています。
画像のまわりにあるアルファベットはそれぞれ

A: anterior
P: posterior
L: left
R: right
I: inferior
S: superior

を意味しますが、正しくなっています。

それでは、「正しく」表示するにはどうしたらよいでしょうか。

fslにはfslreorient2stdというコマンドがあります。

元画像のファイル名をv001、向きを変えた画像をv001_stdとします。
次のように端末でタイプします。

$ fslreorient2std v001 v001_std

この結果作成されるv001_std.nii.gzをFSLで表示すると下のようになります。

すっきりする表示の仕方ですね。

FSLViewでは、MRIのスキャナで撮影した通りに画像を表示するとのことです。
その向きが左下に表示されます。

例で使った画像は矢状断の画像ですので、左下が矢状断となったわけです。

詳しい説明はFSL−Wikiにあります。下記のリンクが参考になります。

http://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/Orientation Explained