Mac (El Captain, Sierra) へのFreeSurfer 6.0のインストール

FreeSurferのMacへのインストールについては、本家のサイトにもstep-by-stepのわかりやすいインストラクションがありますが、ターミナルやFinderの設定も含めて示したいと思います。

  1. ターミナルの設定
  2. FreeSurferを使うには、ターミナルは必須となります。そこで、まず、ターミナルにすぐにアクセスできるように設定しましょう。

    • Spotlightでターミナルを見つける
    • Finderから アプリケーション→ユーティリティ→ターミナル と見つけてもいいですが、MacにはSpotlightという優秀な検索エンジンがありますので、そちらで見つけるのが速いかと思います。

      これでターミナルを起動してください。

      シンプルな以下のようなものです。

    • Dockに追加する
    • 次に、ターミナルをDockに追加しましょう。ターミナルが起動している時にDockのターミナルのところを右クリックして、 オプション→Dockに追加 を選択します。

      このようにすれば、今後、Spotlightから探さなくても常にターミナルがDockにいますのですぐに立ち上げられます。

  3. Finderの設定
  4. 色々な方のMacを見てきて、Finderが人によって見かけが違うので、これを統一するのは難しいのですが、 パスバーの表示 と ホームディレクトリをお気に入りに追加 は絶対役立つと思いますので、その設定を紹介します。

    • パスバーの表示
    • Finderのメニューから、 表示→パスバーを表示 を選択してください。

      そうすると、Finderの下に、パスが表示されるようになります。

      これを表示しておくと、便利な裏技を使うことができます。私も今日気づいたのですが、パスで、右クリックして、 サービス→フォルダに新規ターミナル と選んでいただくと、そのフォルダに移動した状態でターミナルが立ち上がります。最初はこの便利さを感じれないかもしれませんが、ターミナルをよく使うようになると、どれだけ便利かわかると思います。

    • ホームフォルダを「よく使う項目」に追加
    • 現在のMacでは、ホームフォルダ (/Users/foo) がFinderに表示されないようになっています。しかし、これはFreeSurferなどを使うときには非常に不便です。この設定をしましょう。

      とても簡単です。先程のパスバーのところから、自分のユーザー名(私の場合はkiyotakaとなっています)のアイコンをドラッグ&ドロップで、よく使う項目に持っていくだけです。これで、自分のホームフォルダ(ディレクトリ)に簡単にアクセスすることができるようになります。

  5. XQuartzのインストール
  6. FreeSurferを動かすためにはXQuartzというソフトをインストールする必要があります。FreeSurferの公式ページによると、MacOS 10.10以降では、Ver.2.7.6を入れることと書いてあります。FSLでも使うものなので、最新版をインストールします。

    • XQuartzの入手
    • XQuartzのホームページにいきます。そこにあるXQuartz-2.7.11.dmgをクリックしてダウンロードします。

    • XQuartzのインストール
    • Macでの通常のアプリのインストールと同じです。ここで困る人はいないと思うので、最初のところだけスクリーンショットを載せます。

    • ログアウト、再ログイン
    • インストールが終わると下記のメッセージが出てきます。それにしたがって、ログアウトし、再度ログインします。

    • バージョンの確認
    • 今はインストールしたばかりなので、バージョンはわかりますが、今後のことも考えておきます。Spotlightで検索すると、バージョンが表示されるので便利です。

  7. FreeSurferのインストール
  8. ここまできて、ようやくFreeSurferのインストールが可能になります。

    • ライセンスの要請
    • FreeSurferを使用するには、ライセンスを入手しなくてはなりません。
      まず、FreeSurfer Download and Registrationのページにアクセスします。

      必要事項を記載します。ライセンスはメールで送られてきますので、メールアドレスを間違えないように気をつけてください。

    • ライセンスの準備
    • 必要事項を記入すると、ほどなくして、自分のメールアドレスにライセンスが送られてきます。

      #—————CUT HERE—————
      someone@example.com
      数字4桁
      文字列
      文字列
      #—————CUT HERE—————

      といった感じです。

      このCUT HEREで囲まれた4行だけをコピーします。

      次に、テキストエディットを開きます。これもSpotlightからいきましょう。
      Spotlightにテキストエディットと入力して、テキストエディットをダブルクリックすれば、起動します。

      左下の「新規書類」を選択します。

      そうしたら、先程コピーした4行をペーストします。

      今、リッチテキストになってしまっているので、標準テキストに変換します。メニューから「フォーマット→標準テキストにする」を選択します。

      その後、タイトルの「名称未設定.txt」をクリックし、ファイル名を”license.txt“とします。これはこの名前でないと、FreeSurferが認識しませんので、必ずこのとおりにしてください。保存場所はDesktopにおいておくといいと思います。(後ほど移動します)

      これでライセンスの準備が完了しました。

    • FreeSurferインストーラーの入手
    • FreeSurferのインストーラーを入手します。FreeSurferのダウンロードのページにアクセスし、Mac用のファイルをダウンロードします。ダウンロードに数時間かかるので辛抱強くダウンロードしてください。

    • インストーラーの実行
    • ダウンロードしたFreeSurferのインストーラーはAppleの公式アプリではありませんので、そのままダブルクリックすると、エラーになってしまいます。

      そのため、右クリックから 開く を選択します。

      そうすると、freesurfer-Darwin-full.pkg ができますので、ダブルクリックするとインストールが始まります。

      そうすると、まず最初に以下の画面が出てきます。

      具体的に下記のように書いてあります。

      Do this now!
      
      Include the following in your .profile file in your home directory:
      
      	export FREESURFER_HOME=/Applications/freesurfer
      	source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh
      
      The environment variable FREESURFER_HOME is the installation path (default is /Applications/freesurfer).
      

      .profileファイルに2行記載しろと書いてあります。

      私はこのとおりにやってみたのですが、.bash_profileに入力しなければだめでした。
      また、後ほど述べますが、画像データは保存場所を決めたほうがうまくいくので、その設定もしておくことにします。

      FSLなどを使っている人はすでにこのファイルを使ったことがあるはずです。

      ターミナルからテキストエディットを立ち上げてみます。

      ターミナルを起動し、以下のようにタイプしてください。

      open -a textedit .bash_profile
      

      もし、

      The file /Users/kiyotaka/.bash_profile does not exist.
      

      のようなエラーが出たとしたら、それはファイルがまだないということなので、次のようにして作成します。

      touch .bash_profile
      

      そのうえで再度

      open -a textedit .bash_profile
      

      とタイプしてください。

      そして、以下の4行をそのままコピペします。

      #FreeSurfer
      export SUBJECTS_DIR=~/freesurfer/subjects
      export FREESURFER_HOME=/Applications/freesurfer
      source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh

      一番最初の
      #FreeSurfer
      は、コメント文で、ここからFreeSurferの設定だよという意味です。

      次の
      export SUBJECTS_DIR=~/freesurfer/subjects
      は、FreeSurferが個々人の画像データがあると認識するフォルダがここですよと教えてあげています。

      export FREESURFER_HOME=/Applications/freesurfer
      は、コンピューターにFreeSurferのあり場所を教えています。

      最後の
      source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh
      は、FreeSurferの設定ファイルを実行させています。

      私の場合、色々なソフトの設定が書いてあるので、ごちゃごちゃしていますが、FreeSurferに必要なのは、上記だけです。

      保存していただければ、準備ができたことになります。

      さて、それではインストーラーに戻りましょう。通常のアプリケーションと同様に進めていきます。

    • データフォルダの準備
    • あともう一息です。
      FreeSurferは、アプリケーションフォルダにインストールされています。そして、デフォルトでは、画像データも全部アプリケーションフォルダの中に保存されていくことになります。これはとても使い勝手がよくないので、自分のフォルダの中に準備するようにしましょう。

      ターミナルを立ち上げてください。

      以下のようにタイプしてください。(コピペで結構です)

      mkdir freesurfer
      cp -r /Applications/freesurfer/subjects freesurfer
      

      これは以下の意味になります。
      ・ホームフォルダの下に freesurfer という名前のフォルダを作成
      ・/Applications/freesurfer/subjectsを全部 ホームフォルダに作成した free surferフォルダにコピー

    • ライセンスファイルの移動
    • 最後にライセンスファイルを/Applications/freesurferに移動します。
      先程準備したデスクトップにあるlicense.txtをアプリケーションフォルダの中にあるfreesurferの下にいれてください。

      そうすると、下図のように質問されますので、 認証 をクリックすれば移動できます。

      ここまでできたら、一度ログアウトし、再度ログインします。

    • FreeSurferの起動
    • ターミナルを起動してください。以下のようにFreeSurferに関する記述が出てきたらうまくいっていることになります。

      さらに以下をコピペしてみてください。

      cd $SUBJECTS_DIR
      freeview -v \
          bert/mri/T1.mgz \
          bert/mri/wm.mgz \
          bert/mri/brainmask.mgz \
          bert/mri/aseg.mgz:colormap=lut:opacity=0.2 \
          -f \
          bert/surf/lh.white:edgecolor=blue \
          bert/surf/lh.pial:edgecolor=red \
          bert/surf/rh.white:edgecolor=blue \
          bert/surf/rh.pial:edgecolor=red
      

      この結果、下図のようなものが出てくればバッチリです。

    • サンプルデータを用いて解析
    • 今、ホームディレクトリの下にあるfreesurfer/subjectsの中には、sample-001.mgzとsample-002.mgzと2つのファイルがあります。同一人物が2回撮影したファイルです。FreeSurferでは、これをbertというsubject IDで出力結果が入っていますが、一応、自分でもやってみましょう。subject IDをernieとしてみます。

      ターミナルから以下のようにタイプしてください。

      cd $SUBJECTS_DIR
      recon-all -s ernie -i sample-001.mgz -all
      

      こうすると処理がはじまります。license.txtがきちんと配置されていないと、ここでエラーとなります。

    以上、長くなりましたが、MacでのFreeSurferの設定でした。

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