macOSへのFreeSurfer7.3.2のインストールスクリプト

FreeSurfer 7.3.2が公開されました。色々新しい機能が実装されています。

macOSへのインストールはデモ動画が示されていますが、コマンドラインで一気にインストールしたいと思いました。

インストールスクリプトを作成しましたので、公開します。

スクリプトの内容はこちらから確認できます。実際の方法は下に記載してありますので、そちらに従ってください。

インストールの前に2つだけ作業が必要です。

  • シェルをbashに変更 (Catalina以降)
    catalina以降ではデフォルトシェルがzshになっていますが、freesurferのスクリプトはcシェルもしくはbashを念頭に書かれているので、bashに変更します。
    以下をタイプして、ターミナルを一度終了してもう一度起動します。
chsh -s /bin/bash
  • license.txt の入手
    Registrationのページに必要事項を記載すると、メールで license.txt が添付されて送られてくるので、それをダウンロードの下に保存します。
  • スクリプトの実行

fs_setup_7.3.2_mac.shを右クリックして保存します。ダウンロードに保存されたと仮定します。

ターミナルから以下のようにして実行します。

cd Downloads
chmod 755 fs_setup_7.3.2_mac.sh
./fs_setup_7.3.2_mac.sh

以下の画面が表示されます。

Begin installation of FreeSurfer

This script will download and install Freesurfer on macOS
You need to prepare license.txt beforehand.
license.txt should be placed in /Users/kiyotaka/Downloads
Are you sure you want to begin the installation of FreeSurfer? (yes/no)

進める場合には、yes とタイプします。

こうすると、以下の事項が行われます。

  • Homebrewのセットアップもしくはアップデート
  • Xquartzのインストール
  • FreeSurfer 7.3.2のダウンロード
  • ダウンロードファイルが壊れていないかの確認
  • FreeSurfer 7.3.2のインストール
  • $HOME/freesurfer/subjects の準備
  • Freeviewのテスト

なお、FreeSurfer6を残しておきたい方々もいると思いますので、このスクリプトでは、7.3.2のインストール先を/Applicationsではなく、/usr/localにしています。FSLも /usr/local にしているので、特に問題はないかと思います。macの方でアプリケーションは必ず /Applications じゃなければ嫌という方は、FS6とFS7の併存のためにパスを工夫する必要があります。

これが終わると以下の表示がされます。

Installation finished!
Now close this terminal, open another terminal, then run freeview.

指示の通り、ターミナルを一度、閉じ、改めてターミナルを起動します。

新たに以下のような表示がターミナルの上部になされるはずです。

-------- freesurfer-darwin-macOS-7.3.2-20220804-6354275 --------
Setting up environment for FreeSurfer/FS-FAST (and FSL)
FREESURFER_HOME   /usr/local/freesurfer/7.3.2
FSFAST_HOME       /usr/local/freesurfer/7.3.2/fsfast
FSF_OUTPUT_FORMAT nii.gz
SUBJECTS_DIR      /Users/kiyotaka/freesurfer/7.3.2/subjects
MNI_DIR           /usr/local/freesurfer/7.3.2/mni
FSL_DIR           /usr/local/fsl

最後に、Freeviewを確認しましょう。

以下の確認は、本家のサイトにある指示をそのままやっているだけですが、念の為に記載しておきます。

  • freeview
  • 端末に、以下をそのままコピペしてください。

    cd $SUBJECTS_DIR
    freeview -v \
        bert/mri/T1.mgz \
        bert/mri/wm.mgz \
        bert/mri/brainmask.mgz \
        bert/mri/aseg.mgz:colormap=lut:opacity=0.2 \
        -f \
        bert/surf/lh.white:edgecolor=blue \
        bert/surf/lh.pial:edgecolor=red \
        bert/surf/rh.white:edgecolor=blue \
        bert/surf/rh.pial:edgecolor=red
    

    きちんとインストールされているならば、下記のような画面が出てくるはずです。

  • サンプルデータを用いて解析
  • 今、ホームディレクトリの下にあるfreesurfer/subjectsの中には、sample-001.mgzとsample-002.mgzと2つのファイルがあります。同一人物が2回撮影したファイルです。FreeSurferでは、これをbertというsubject IDで出力結果が入っていますが、一応、自分でもやってみましょう。subject IDをernieとしてみます。

    ターミナルから以下のようにタイプしてください。

    cd $SUBJECTS_DIR
    recon-all -s ernie -i sample-001.mgz -all
    

    これは機種にもよりますが、最低8時間程度かかります。とりあえず、動くかどうかだけ確認したかったら第1段階のところまででやめておくのも手です。そのときは、下記をタイプします。

    recon-all -s ernie -i sample-001.mgz -autorecon1
    

    これは30分前後で終わります。

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