【FSL】ROI（VOI）を用いた画像計測

1. 目的
2. 計測コマンド
3. 複数人被験者がいる場合
3.1. フォルダ構造
3.2. ソースコード

1. 目的

• 関心領域ROI（VOI）内の画像の定量値を計測

2. 計測コマンド

FSLのfslstatsを使う。
各オプションは、以下の通り。

• -K: 関心領域ROI
• -M: ROI内の平均値の算出

fslstats -K <ROI> <input> -M

3. 複数人被験者がいる場合

複数人の被験者がいる場合、以下のようなフォルダ構造にならって各被験者ごとにファイルを用意し、後述するソースコードを実行することで、すべての被験者の計測結果をresult_mapstats.csvにまとめてくれる。

3.1. フォルダ構造

data
├── sub001
│   ├── basalganglia_roi_in_qsm.nii.gz
│   └── qsm_map.nii.gz
├── sub002
│   ├── basalganglia_roi_in_qsm.nii.gz
│   └── qsm_map.nii.gz
└── sub003
    ├── basalganglia_roi_in_qsm.nii.gz
    └── qsm_map.nii.gz

3.2. ソースコード

すべての被験者のデータが入っている「data」フォルダと同じ階層で以下のコマンドを実行。

# define name
foldername="data"
map="std_qsm_map"
roi="basalganglia_roi_in_qsm"

# make ROI name file
for roiname in \
"Region" \
"Left-Thalamus-Proper" \
"Left-Caudate" \
"Left-Putamen" \
"Left-Pallidum" \
"Brain-Stem/4th/Ventricle" \
"Left-Hippocampus" \
"Left-Amygdala" \
"Left-Accumbens-area" \
"Right-Thalamus-Proper" \
"Right-Caudate" \
"Right-Putamen" \
"Right-Pallidum" \
"Right-Hippocampus" \
"Right-Amygdala" \
"Right-Accumbens-area"
do
echo $roiname >> tmp1
done

# segment basal ganglia and calc volume
cd $foldername
for k in *;do
echo "processing $k"
echo $k > ../tmp2  # make ID name file
# measure mean value from QSM map using basal ganglia ROI
fslstats -K $k/$roi $k/$map -M \
|grep -v missing >> ../tmp2
## save ID and volume ,and accumulate them in result_vol.csv 
cat ../tmp2 > ../tmp3
paste ../tmp1 ../tmp3 > ../result_mapstats.csv
cat ../result_mapstats.csv > ../tmp1
# cd ..
done
cd ..

# remove temporaly files
rm tmp*

著者情報： 斎藤 勇哉

順天堂大学医学部 大学院医学研究科 放射線診断学講座所属
脳MRI 画像解析が専門であり、テーマは①神経変性疾患の機序解明、②医用人工知能の開発、③多施設データのハーモナイゼーション、④速読が脳に与える影響や学習効果、⑤SNS解析を用いたマーケティング戦略の改善。
医療分野に関わらず、自然言語処理・スクレイピング・データ分析・Web アプリ開発を得意とし、企業や他大学の研究を支援。
主な使用言語は、Python、Shell Script、MATLAB、HTML、CSS