FSLをCPUによる並列処理で高速化する（Chris Rorden版fsl_subの使用）

FSL(FMRIB Software Library)には、fsl_subというプログラムがあります。これは並列処理をするためのプログラムですが、基本、クラスターコンピューティングを想定しており、CPUによる並列処理に対応していません。
Chris Rorden先生が、CPUでの並列処理に対応したfsl_subを公開されています。CPUでの高速化の手順を研究室の黒下君がまとめてくれましたので、公開します。

• fsl_subをCPU並列処理対応版に入れ替え

Terminalを立ち上げ、ネットワークに繋がった状態で、次のコマンドを実行します。
ここでは、並列処理対応版を入手し、FSLのオリジナルのfsl_subをfsl_sub_origとファイル名を変更したうえで、FSLのディレクトリにCPUでの並列処理対応版のfsl_subをコピーします。

cd ~/git
git clone https://github.com/neurolabusc/fsl_sub.git
sudo mv $FSLDIR/bin/fsl_sub $FSLDIR/bin/fsl_sub_orig
sudo cp ~/git/fsl_sub/fsl_sub $FSLDIR/bin/.



• CPUによる並列処理の有効化

Terminalで次のコマンドを実行します。FSLPARALLELは1と設定すると、並列処理に使うCPUのコア数を自動で決めます。もし、使いたいコア数を特定したい場合には、その数字を指定します。

export FSLPARALLEL=1

ただしそのままだとPC再起動で無効に戻ります。常に有効にするには、~/.bashrc に上記のコマンドを追記しておけばよいです。

• 測定スクリプトの解凍

Terminalで次のコマンドを実行します。

cd ~/git/fsl_sub
unzip bedpostTest.zip

• 測定スクリプト（CPU用）での動作確認

Terminalで次のコマンドを実行します。数十分かかります。
まず並列処理無効で測定が行われ、次に並列処理有効で測定が行われます。並列処理有効の方が早いことが確認されます。

cd ~/git/fsl_sub/
./runme_quick.sh



上に示した例では、最初はBedpostx Monitorの下に

real 26m3.158s

と出ていますので、26分かかったことがわかります。

次にBedpostx Monitorと出てくるすぐ下に
fsl_sub running 4 cores to process 6 tasks

とあります。
検証に使ったPCは非力で4コアしかないものなので、これが4となっています。

それでも、その下に出てくる処理時間は

real 10m50.174s

となっていますので、処理時間が半分になったことがわかります。