CONNチュートリアル 13: first-level Analysis: ROI-to-ROI & Seed-to-Voxel

(2017.11.26: 追記しました)

Denoisingが終わった後、first-levelの画面に来ます。
first-levelということは、

個人のfunctional connectivityを見る

ということになります。

最初は、下のようなものしか見えません。

ROI-to-ROIとSeed-to-Voxelがひとつ
Voxel-to-VoxelとICA networksが次にきて、
最後にdynamic ICAがきます。

まずは、ROI-to-ROI, Seed-to-Voxelを見ていきましょう。

ROI-to-ROIをクリックします。

ここでは画面の右側でいろいろなことが確認できますので、右側のスクリーンショットで説明します。

上にある “Preview first-level analysis results”
の下に領域を選ぶことができます。

この領域は “Seed” になる領域です。

まず、わかりやすく、デフォルトモードネットワーク(DMN)を確認してみましょう。

atlas.FP r のところをクリックすると領域が多く出てきますので、スクロールして、”networks.DefaultMode.PCC (1,-61,38)”を選択してください。

画像が見えているところの右側にマウスをもっていくとスクロールバーがあらわれますので、適宜スクロールしていただくと、確かにDMNっぽい感じで見えます。

ただ、これは色がつきすぎの感じがしますね。

画面下を見ると threshold 0.25 と見えます。
これは、今の場合Default Mode NetworkのPCCと相関係数0.25以上の関係にある領域を描出しているということになります。

この値を変えてみることで変わります。

そして、一番右側にあるSubjectsを適宜クリックしていくと、各個人のDMNの様子を観察することができます。

続いて、どんな解析をしていくのかを決定します。

画面中央をご覧ください。

ここに

Analysis type
Analysis options

とあり、それぞれ2項目設定する必要があります。

  • Analysis type
  • ここで、何の解析をするかを決定します。デフォルトは、”functional connectivity (Weighted GLM)” となっています。このままで大丈夫です。もし、Psychophysiological interaction (PPI)などをしたい場合は、変更します。

    その下の段のデフォルトは、”ROI-to-ROI analysis only” となっています。ここをクリックすると、”ROI-to-ROI” と “Seed-to-Voxel”を選ぶことができるのがわかります。いろいろな結果を見てみたいので、”ROI-to-ROI and “Seed-to-Voxel”をここでは選んでいます。

  • Analysis options
  • ここでは解析のオプションを指定します。上段の選択肢は4つ、”correlation (bivariate)”, “correlation (semipartial)”, “regression (bivariate)”, “regression (multivariate)” となります。 2変量の相関係数、半偏相関係数、2変量の回帰分析のβ, 多変量回帰分析のβということですね。どんな解析をするかによって異なります。今回は、シンプルにデフォルトの2変量の相関係数とします。

    その下の段のデフォルトは、デフォルトの no weighting で大丈夫です。タスクfMRIの時にここを変える必要が出てくると私は理解しています。

次に、画面左側の Voxel-to-Voxel をクリックします。

そうすると、画面中央が下のような図になるはずです。

  • Analysis type
  • ここでは、主成分分析、独立成分分析、MVPA、ALFFの計算などができます。
    私は、独立成分分析 (ICA) を行ってみたいので、Analysis typeの下をクリックして、”Group ICA” を選択しました。

  • Number of factors
  • これは、独立成分分析の際のFactor数です。デフォルトの20のままにしました。

  • Dimensionality Reduction
  • これは、独立成分分析を行う際に、connectivity matrixの次元を落とすというものです。デフォルトの64にしました。

その下に dyn-ICA circuits (dynamic ICA circuits) がありますが、ここは正直私の手にはおえないので、何も変更しませんでした。

このうえで、左下のDoneをクリックします。

そうすると、first-level Analysisの解析が行われます。

4 thoughts on “CONNチュートリアル 13: first-level Analysis: ROI-to-ROI & Seed-to-Voxel

  1. 初めて、お便りします。広島共立病院リハビリ科の吉川と申します。非常に基本的な質問で申し訳ありません。14:QA(Quality Assurance)、にやっと到達しましたが、最後のSelect 4 subjects の選択が、subject1,2,16,19 と間が空いているため、マウスで指定できません。クリックを押しながら選択するとなっていますが、具体的に、どうすればよろしいのでしょうか。当方のダウンロードしたconnは17a です。御教示頂けましたら、幸甚と存じます。

    • ご指摘ありがとうございます。これは私の間違いです。
      正しくは、「Ctrlキーを押しながら」です。

      Ctrlキーを押しながら選択することで、とびとびの値を選択できます。
      (ちなみにこれはExcelなどでも使える技ですので、知っていると便利です。)

      ブログの該当部位も修正させていただきました。

      以上、よろしくお願いします。

      • Kiyotaka 様
        早速の御返事、ありがとう御在ます。御指示の通り実施し、上手く行きました。
        感激です。
        今後ともよろしくお願い致します。

        • 無事にできたようでよかったです。続きはそのうち載せますので、よろしくお願いします。

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