CONNチュートリアル 13: first-level Analysis: ROI-to-ROI & Seed-to-Voxel

Denoisingが終わった後、first-levelの画面に来ます。
first-levelということは、

個人のfunctional connectivityを見る

ということになります。

最初は、下のようなものしか見えません。

ROI-to-ROIとSeed-to-Voxelがひとつ
Voxel-to-VoxelとICA networksが次にきて、
最後にdynamic ICAがきます。

まずは、ROI-to-ROI, Seed-to-Voxelを見ていきましょう。

ROI-to-ROIをクリックします。

ここでは画面の右側でいろいろなことが確認できますので、右側のスクリーンショットで説明します。

上にある “Preview first-level analysis results”
の下に領域を選ぶことができます。

この領域は “Seed” になる領域です。

まず、わかりやすく、デフォルトモードネットワーク(DMN)を確認してみましょう。

atlas.FP r のところをクリックすると領域が多く出てきますので、スクロールして、”networks.DefaultMode.PCC (1,-61,38)”を選択してください。

画像が見えているところの右側にマウスをもっていくとスクロールバーがあらわれますので、適宜スクロールしていただくと、確かにDMNっぽい感じで見えます。

ただ、これは色がつきすぎの感じがしますね。

画面下を見ると threshold 0.25 と見えます。
これは、今の場合Default Mode NetworkのPCCと相関係数0.25以上の関係にある領域を描出しているということになります。

この値を変えてみることで変わります。

そして、一番右側にあるSubjectsを適宜クリックしていくと、各個人のDMNの様子を観察することができます。

ここで大きな問題がないことを確認したうえで、左下のDoneをクリックします。

そうすると、first-level Analysisの解析が行われます。

4 thoughts on “CONNチュートリアル 13: first-level Analysis: ROI-to-ROI & Seed-to-Voxel

  1. 初めて、お便りします。広島共立病院リハビリ科の吉川と申します。非常に基本的な質問で申し訳ありません。14:QA(Quality Assurance)、にやっと到達しましたが、最後のSelect 4 subjects の選択が、subject1,2,16,19 と間が空いているため、マウスで指定できません。クリックを押しながら選択するとなっていますが、具体的に、どうすればよろしいのでしょうか。当方のダウンロードしたconnは17a です。御教示頂けましたら、幸甚と存じます。

    • ご指摘ありがとうございます。これは私の間違いです。
      正しくは、「Ctrlキーを押しながら」です。

      Ctrlキーを押しながら選択することで、とびとびの値を選択できます。
      (ちなみにこれはExcelなどでも使える技ですので、知っていると便利です。)

      ブログの該当部位も修正させていただきました。

      以上、よろしくお願いします。

      • Kiyotaka 様
        早速の御返事、ありがとう御在ます。御指示の通り実施し、上手く行きました。
        感激です。
        今後ともよろしくお願い致します。

        • 無事にできたようでよかったです。続きはそのうち載せますので、よろしくお願いします。

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