CONNチュートリアル 09: Setup – Conditions and Covariates 1st-level

Setupの確認はあともう一息です。

左メニューから”Conditions”をクリックします。
rs-fMRIの場合、Conditionsはいじらなくて大丈夫です。
なのでこんな感じとだけ見ておきましょう。

conn034

その次に、”Covariates 1st-level”をクリックします。

画面中央のやや左に”realignment”と”scrubbing”の2つがあるのが見えます。

realignmentは位置合わせの情報を読み込んでいます。
x, y, z方向に頭がどれだけ動いたかの指標になります。

conn035

scrubbingは、外れ値になるスキャンがどこになるかを示したものです。
この詳しい説明はいつかすることとします。
個人によっては動きが非常に激しい人がいることがわかります。
これも解析に加味されます。

conn036

13 thoughts on “CONNチュートリアル 09: Setup – Conditions and Covariates 1st-level

  1. ありがとうございます。
    もう一度やってみます。ただ、普通に1st-level-analysisは表示されているので、解析はできているということでしょうか?

    • はい、解析はできています。ただ、scrubbingの結果が反映されていないというだけです。
      scrubbingに全くひっかからなかった可能性はあるのですが、realignmentのパラメータもないというのはおかしいので、
      その点では、もう一度前処理をかけてもらって、realignmentのパラメータがあるかどうかを確認してもらった方が安心かと思います。

      • もう一度、前処置しましたがやはり同患者のみ同じ結果でした。
        撮像時の問題でしょうか。わかりませんね。

        • 確認ですが、”realignment”の方は大丈夫ですか?
          scrubbingだけ、何もないとしたら、その被験者が全然動かなかった優秀な被験者だったという可能性もあるかと思います。

          • ”realignment”の方は、詳しい見方はわかりませんが、データはあります。(黄、紫、赤のグラフが表示されています)。

          • それならば問題ないです。
            被験者が優秀だった可能性が高いと思います。

  2. いつも勉強にさせていただいてます。
    自験例でscrubbingで“No data selected”となっているsubjectがあるのですが。これは何を意味しているのでしょうか?この患者だけ外れ値がなかったのでしょうか?ご教授ください。

    • もう少し詳しい情報をいただけますか?
      1st levelのところで、ある特定の方だけ、scrubbingの共変量に”no data selected”となるということでしょうか?
      スクリーンショットがあるとわかりやすいのですが、このコメントって、ファイルの添付はできませんね…。

      • お返事ありがとうございます。先生のおっしゃる通り、1st levelのところで、10名の内1名のみ、scrubbingの共変量に”no data selected”と表示されております。

        • 了解しました。

          scrubbingのデータですが、画像ファイルがある同じフォルダに

          art_regression_outliers_wau画像ファイル名.mat

          というファイルがあるはずですが、見つかりますでしょうか?
          もし、なければ、なんらかの理由でファイルが保存されなかったということになります。

          もし、あるようでしたら、

          CONNの

          Covariate 1st-levelで、先ほどNo data selectedとなっているところを選び、

          一番右側の”Select covariate files”とあるところで、本来のファイルを選択し、下の”Select”をクリックしていただければscrubbingの情報を割り当てることができます。

          もしないようであれば、前処理をもう一度やる必要があるかと思います。

          • ご連絡ありがとうございます。Subject4にart_regression_outliers_waursf04.matを選択すると“1 files assigned to 1 sessions x 1 subjects”と聞かれ、OKとしましたが、
            【1 file】x【size 394 0】
            G:/…gression_outliers_waursf04.matと表示され、その下にはやはり“No data selected”となっております。

          • size 394 0となっていますので、データ成分がないと思われます。
            念のために、前処理をもう一度された方がよいかもしれませんね。

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