1. 目的
2. コマンド
3. 使用例
3.1. 前準備
3.2. 拡散MRIのバイアス（信号ムラ）補正
1. 目的
- MRtrixを用いた拡散MRIのバイアス（信号ムラ）補正
2. コマンド
MRtrixを用いて拡散MRIのバイアス（信号ムラ）補正をするには、dwibiascorrectを使用する。
ここでは、ANTsのN4アルゴリズムを用いたバイアス補正を紹介する。ANTsアルゴリズムを使用する場合は、ANTsを前もってインストールしておく必要がある。
dwibiascorrectのヘルプは、次の通り。
クリックして展開
SYNOPSIS
Perform B1 field inhomogeneity correction for a DWI volume series
USAGE
dwibiascorrect [ options ] algorithm ...
algorithm Select the algorithm to be used to complete the script operation;
additional details and options become available once an
algorithm is nominated. Options are: ants, fsl
Options for importing the diffusion gradient table
-grad GRAD
Provide the diffusion gradient table in MRtrix format
-fslgrad bvecs bvals
Provide the diffusion gradient table in FSL bvecs/bvals format
Options common to all dwibiascorrect algorithms
-mask image
Manually provide a mask image for bias field estimation
-bias image
Output the estimated bias field
Additional standard options for Python scripts
-nocleanup
do not delete intermediate files during script execution, and do not delete
scratch directory at script completion.
-scratch /path/to/scratch/
manually specify the path in which to generate the scratch directory.
-continue <ScratchDir> <LastFile>
continue the script from a previous execution; must provide the scratch
directory path, and the name of the last successfully-generated file.
Standard options
-info
display information messages.
-quiet
do not display information messages or progress status. Alternatively, this
can be achieved by setting the MRTRIX_QUIET environment variable to a non-
empty string.
-debug
display debugging messages.
-force
force overwrite of output files.
-nthreads number
use this number of threads in multi-threaded applications (set to 0 to
disable multi-threading).
-config key value (multiple uses permitted)
temporarily set the value of an MRtrix config file entry.
-help
display this information page and exit.
-version
display version information and exit.
基本的な使い方は、以下の通り。
dwibiascorrect ants <入力画像> <出力画像>
3.使用例
3.1.前準備
まず、こちらの記事を参考に、拡散MRI（DWI.nii.gz）とそのMPG軸情報（bvecs, bvals）とヘッダー情報（headers.json）をまとめて、MIF形式（DWI.mif）に変換する。
mrconvert -fslgrad bvecs bvals -json_import headers.json DWI.nii.gz DWI.mif
3.2.拡散MRIのバイアス（信号ムラ）補正
以下のコマンドを実行する。-biasオプションを指定することで、バイアスフィールドを出力することができる。
dwibiascorrect ants DWI.mif DWI_unbiased.mif -bias bias.mif
補正後の画像は、以下。
著者情報： 斎藤 勇哉
順天堂大学医学部 大学院医学研究科 放射線診断学講座所属脳MRI 画像解析が専門であり、テーマは①神経変性疾患の機序解明、②医用人工知能の開発、③多施設データのハーモナイゼーション、④速読が脳に与える影響や学習効果、⑤SNS解析を用いたマーケティング戦略の改善。
医療分野に関わらず、自然言語処理・スクレイピング・データ分析・Web アプリ開発を得意とし、企業や他大学の研究を支援。
主な使用言語は、Python、Shell Script、MATLAB、HTML、CSS
