Gridengine の Ubuntu 18.04LTS へのインストール方法

1. はじめに

FSLやそれを利用したHCPパイプラインでは、計算を高速化するためにCPUあるいはGPUを介した並列分散処理を行います。CPUの並列分散化には、Sun Microsystemsが開発していたオープンソースのSun Grid Engine(SGE)が使われます。しかし、同社は2010年にOracleが買収し、ソースコードがクローズドになってしまいました(現在はUnivaが引き継いでいますが、これもクローズドです)。これを受けて、リバプール大のグループがSun Grid Engineのオープンソースの最終版である6.2u5をベースに、オープンソースでの開発を継続し、Son of Grid Engineとして公開しています。(https://arc.liv.ac.uk/trac/SGE/wiki )しかし、Son of Grid Engineも2016年を最後に開発が停止しています。一方、Debian/Ubuntu系では、”gridengine” として同様の試みがなされてきており、現在も開発が継続されています。そこで、Ubuntu18.04LTSへのgridengineのインストール方法について紹介します。なお、本稿は京都大学精神科の宮田淳先生が作成した「Son of Grid EngineのUbuntu18.04LTSへのインストール方法」をベースに、筑波大学精神科の根本清貴が改変したものです。この場を借りて宮田淳先生に御礼申し上げます。なお根本は(もちろん宮田先生も)本マニュアルの内容に関して一切の責任を負いません。あくまで自己責任でこのマニュアルをご使用下さい。

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Son of Grid EngineのUbuntu 18.04 LTS / RHEL7 / CentOS7 へのインストール方法

FSLやそれを利用したHCPパイプラインでは、計算を高速化するためにCPUあるいはGPUを利用した介した並列分散処理を行います。CPU の並列分散化には、Sun Microsystems が開発していたオープンソースの Sun Grid Engine(SGE)が使われます。しかし同社は2010年にOracle買収し、ソースコードがクローズドになってしまいました。

これを受けて、リバプール大のグループがSun Grid Engine のオープンソースの最終版である 6.2u5 を利用したベースに、オープンソースでの開発を継続し、Son of Grid Engine として公開しています。Son of Grid Engine も SGE と呼ばれています。
https://arc.liv.ac.uk/trac/SGE/wiki

対応OSはLinuxのみで、Debian/Ubuntu系、RedHat/CentOS系があります。

インストールにはいろいろ工夫が必要ですが、このたび、京都大学の宮田淳先生がそのインストールマニュアルを作成してくださいました。

宮田先生のご厚意で公開をご快諾いただきましたので、公開します。

Son of Grid Engine の Ubuntu 18.04LTS へのインストール方法

Son of Grid Engine の CentOS7 へのインストール方法