Ubuntu 14.04/16.04以降でのexFAT形式のフォーマット

USBメモリは多くの場合、FAT32形式でフォーマットされています。これは汎用性がありますが、4GBの壁があり、4GBをこえるファイルは使うことができません。

WindowsにはNTFS形式があり、これは4GBを超えて保存できますが、MacでNTFSでフォーマットされたUSBメモリを読み込むにはひと手間必要です。

では、WindowsでもMacでもLinuxでも4GB以上のファイルをUSBメモリで扱うにはどうしたらいいでしょうか。
それに対する答えのひとつが exFAT形式です。
exFAT形式は、Microsoftが主にリムーバブルメディア向けに開発したファイルシステムだそうです。WindowsでもMacでも普通に読み込むことができます。

Ubuntuでもソフトウェアを2つ入れればすぐに使えます。それはexfat-fuse と exfat-utilsです。

Ubuntu 14.04の場合は、PPA経由で入れます。

sudo apt-add-repository ppa:relan/exfat
sudo apt-get update
sudo apt-get install exfat-fuse exfat-utils

Ubuntu 16.04以降では本家から普通に入れられます。

sudo apt-get update
sudo apt-get install exfat-fuse exfat-utils

それで、フォーマットの仕方は非常に簡単です。

sudo mkfs -t exfat [ -n 名前 ] デバイス

もしくは

sudo mkfs.exfat [ -n 名前 ] デバイス

mkfs -t exfatも、mkfs.exfatも mkexfatfs へのシンボリックリンクのようです

たとえば、/dev/sdf を DATA と名づけたい場合

sudo mkfs.exfat -n DATA /dev/sdf

となります。

フォーマットが非常に速くて便利です。

クロスプラットフォームで4GB超の大容量ファイルが扱えるのと、フォーマットの速さが魅力的なので今はUSBメモリはとりあえず exFAT にフォーマットしてから使用するようになりました。

Ubuntu 16.04への MRtrix3 インストールスクリプト

先日、ABiSチュートリアルで順天堂大学の鎌形先生から、FSL, FreeSurfer, MRtrix3を組み合わせたコネクトーム解析の素晴らしい講義を聞く機会がありました。

MRtrix3はインストールしなきゃと思いつつできていませんでしたが、せっかくですから、モチベーションが高いうちにインストールしようと思い、Ubuntu 16.04へのインストールを行いました。

http://mrtrix.readthedocs.io/en/latest/installation/linux_install.html

こちらに説明がありますが、これをまとめてみました。

関心のある方はこちらからダウンロードしてみてください。(右クリック→名前をつけて保存)

保存した後、

$ chmod 755 mrtrix3_installer_ubuntu1604.sh
$ ./mrtrix3_installer_ubuntu1604.sh

でインストールができます。

ちなみに、上記スクリプトは以下のようになっています。
GitHubからダウンロードし、コンパイルし、.bashrcにパスを通すというシンプルなことをやっています。

#!/bin/bash
#Script to setup mrtrix3 for Ubuntu 16.04

#Install prerequisite packages
sudo apt-get install git g++ python libgsl0-dev zlib1g-dev libqt4-opengl-dev libgl1-mesa-dev libqt5svg5* libeigen3-dev

#Download MRtrix3 source
if [ ! -e $HOME/git ]; then
 mkdir $HOME/git
fi

cd $HOME/git
git clone https://github.com/MRtrix3/mrtrix3.git

#Configuration and build
cd mrtrix3
./configure
./build

#.bashrc
echo >> $HOME/.bashrc
echo "#MRtrix3" >> $HOME/.bashrc
echo 'export PATH=$PATH:$HOME/git/mrtrix3/bin:$HOME/git/mrtrix3/scripts' >> $HOME/.bashrc