覚えておくと便利なFSLViewのオプション3つ

FSLViewを使うと、2つの画像を簡単に重ねあわせて表示できるわけですが、その際に様々なオプションを組み合わせることで画像をわかりやすく見せることができます。

主に3つ覚えておけば、結構いけるなと思いましたので、その3つを紹介します。

その3つとは、

  • -l (Lookup table)
  • -b (Brightness)
  • -t (Transparency)

です。

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FSLViewで画像が正しい向きで表示されない時

FSLViewで画像を表示すると、思ったような向きで表示されないときがあります。
下に例を示します。

fslview01

ここでは、上にある水平断、冠状断が角度が変になってしまっています。

しかし、よくみると、FSLViewは画像の前後をきちんと認識しています。
画像のまわりにあるアルファベットはそれぞれ

A: anterior
P: posterior
L: left
R: right
I: inferior
S: superior

を意味しますが、正しくなっています。

それでは、「正しく」表示するにはどうしたらよいでしょうか。

fslにはfslreorient2stdというコマンドがあります。

元画像のファイル名をv001、向きを変えた画像をv001_stdとします。
次のように端末でタイプします。

$ fslreorient2std v001 v001_std

この結果作成されるv001_std.nii.gzをFSLで表示すると下のようになります。

fslview02

すっきりする表示の仕方ですね。

FSLViewでは、MRIのスキャナで撮影した通りに画像を表示するとのことです。
その向きが左下に表示されます。

例で使った画像は矢状断の画像ですので、左下が矢状断となったわけです。

詳しい説明はFSL−Wikiにあります。下記のリンクが参考になります。


http://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/Orientation Explained