UbuntuへのConnectome mapperのインストール方法

Connectomeに関心が集まっている昨今、様々なソフトウェアが発表されています。
 それらの中にConnectome Mapping Toolkitがあります。Connectome Mapperがその根幹をなすものですが、Connectome mapperを動かすためには、

  • Diffusion Toolkit
  • Freesurfer
  • FSL
  • MRTrix
  • Camino
  • Camino-Trackvis
  • MITK
  • Nipype

を事前に準備しなくてはならず、そのうえでConnectome mapperを入れないといけません。

結構大変な作業です。

順天堂放射線科の神谷先生と情報交換をしながら、Ubuntuにこれらのソフトをいれ、Connectome mapperを起動させる手順書を作成しました。

悩んでいる人は試してみる価値があると思いますので、試してみてください。

PDFはこちらからダウンロードできます。

なお、Lin4Neuroの最新版(20140313)には、FreesurferとDiffusion Toolkitを除くこれらのソフトのすべてが入っています。めんどくさがりの方は、最新版のLin4Neuroを使用することをおすすめします。